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- PDB-7jv3: Crystal structure of alkanesulfonate monooxygenase MsuD from Pseu... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jv3

タイトル

Crystal structure of alkanesulfonate monooxygenase MsuD from Pseudomonas fluorescens

要素

Alkanesulfonate monooxygenase

キーワード

FLAVOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE / TIM barrel

機能・相同性

alkanesulfonate monooxygenase / Alkanesulphonate monooxygenase, FMN-dependent / alkanesulfonate monooxygenase activity / alkanesulfonate catabolic process / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / nucleotide binding / Alkanesulfonate monooxygenase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Liew, J.J.M. / Dowling, D.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structures of the alkanesulfonate monooxygenase MsuD provide insight into C-S bond cleavage, substrate scope, and an unexpected role for the tetramer.
著者: Liew, J.J.M. / El Saudi, I.M. / Nguyen, S.V. / Wicht, D.K. / Dowling, D.P.

履歴

登録	2020年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jv3.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jv3.ent.gz	835.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jv3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7jv3_validation.pdf.gz	488.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jv3_full_validation.pdf.gz	501.9 KB	表示
XML形式データ	7jv3_validation.xml.gz	79.2 KB	表示
CIF形式データ	7jv3_validation.cif.gz	106.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/7jv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/7jv3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7jw9C 7jybC 7k14C 7k64C 1nqkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7jv3-2 7k14-2 7k64-2 7k64-1 7jyb-2 3c8n-d 7jyb-1 6rs1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (3)

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集合体

登録構造単位

A: Alkanesulfonate monooxygenase

B: Alkanesulfonate monooxygenase

C: Alkanesulfonate monooxygenase

D: Alkanesulfonate monooxygenase

E: Alkanesulfonate monooxygenase

F: Alkanesulfonate monooxygenase

G: Alkanesulfonate monooxygenase

H: Alkanesulfonate monooxygenase

354 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Alkanesulfonate monooxygenase

B: Alkanesulfonate monooxygenase

C: Alkanesulfonate monooxygenase

D: Alkanesulfonate monooxygenase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, size exclusion chromatography
177 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

E: Alkanesulfonate monooxygenase

F: Alkanesulfonate monooxygenase

G: Alkanesulfonate monooxygenase

H: Alkanesulfonate monooxygenase

登録者が定義した集合体
177 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.650, 210.050, 94.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.569, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 19 or (resid 20...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 68 or (resid 69...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 1 through 67 or (resid 68...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 1 through 19 or (resid 20...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 1 through 67 or (resid 68...
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 1 through 67 or (resid 68...
d_7	ens_1	(chain "G" and (resid 1 through 19 or (resid 20...
d_8	ens_1	(chain "H" and (resid 1 through 67 or (resid 68...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	MET	HIS	A	2 - 248
d_1	2	ens_1	GLU	LYS	A	250 - 277
d_1	3	ens_1	TYR	LEU	A	279 - 316
d_2	1	ens_1	MET	HIS	B	2 - 248
d_2	2	ens_1	GLU	LEU	B	250 - 261
d_2	3	ens_1	GLY	LYS	B	263 - 278
d_2	4	ens_1	TYR	LEU	B	280 - 317
d_3	1	ens_1	MET	HIS	C	2 - 248
d_3	2	ens_1	GLU	LEU	C	253 - 264
d_3	3	ens_1	GLY	LYS	C	267 - 282
d_3	4	ens_1	TYR	LEU	C	284 - 321
d_4	1	ens_1	MET	HIS	D	2 - 248
d_4	2	ens_1	GLU	LEU	D	256 - 267
d_4	3	ens_1	GLY	LYS	D	270 - 285
d_4	4	ens_1	TYR	LEU	D	287 - 324
d_5	1	ens_1	MET	HIS	E	1 - 247
d_5	2	ens_1	GLU	LYS	E	249 - 276
d_5	3	ens_1	TYR	LEU	E	278 - 315
d_6	1	ens_1	MET	HIS	F	2 - 248
d_6	2	ens_1	GLU	LEU	F	253 - 264
d_6	3	ens_1	GLY	LYS	F	267 - 282
d_6	4	ens_1	TYR	LEU	F	284 - 321
d_7	1	ens_1	MET	HIS	G	2 - 248
d_7	2	ens_1	GLU	LEU	G	256 - 267
d_7	3	ens_1	GLY	LYS	G	270 - 285
d_7	4	ens_1	TYR	LEU	G	289 - 326
d_8	1	ens_1	MET	HIS	H	2 - 248
d_8	2	ens_1	GLU	LEU	H	253 - 264
d_8	3	ens_1	GLY	LYS	H	266 - 281
d_8	4	ens_1	TYR	LEU	H	283 - 320

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要素

#1: タンパク質	Alkanesulfonate monooxygenase / FMNH2-dependent aliphatic sulfonate monooxygenase / flavin-dependent methanesulfonate monooxygenase 分子量: 44278.887 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: Pf0-1 / 遺伝子: msuD, ssuD, Pfl01_3916 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3K9A1, alkanesulfonate monooxygenase

#1: タンパク質

Alkanesulfonate monooxygenase / FMNH2-dependent aliphatic sulfonate monooxygenase / flavin-dependent methanesulfonate monooxygenase

分子量: 44278.887 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: Pf0-1 / 遺伝子: msuD, ssuD, Pfl01_3916 / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3K9A1, alkanesulfonate monooxygenase

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.45 % / 解説: Monoclinic
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 3350, sodium acetate

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データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→64.79 Å / Num. obs: 75178 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 89.78 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 1.109 / Net I/σ(I): 12.33 / Num. measured all: 353339 / Scaling rejects: 485

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.8-2.87	3.011	0.865	1.6	16972	5857	5636	0.606	1.008	96.2
2.87-2.95	4.818	0.995	2.14	26291	5661	5457	0.607	1.116	96.4
2.95-3.04	4.666	0.759	2.66	24599	5523	5272	0.708	0.855	95.5
3.04-3.13	4.493	0.57	3.52	22692	5341	5051	0.785	0.646	94.6
3.13-3.23	5.019	0.465	4.61	25427	5217	5066	0.873	0.519	97.1
3.23-3.35	5.036	0.383	5.6	24561	5050	4877	0.907	0.428	96.6
3.35-3.47	4.97	0.278	7.66	23360	4863	4700	0.951	0.312	96.6
3.47-3.61	4.9	0.198	10.11	22146	4686	4520	0.971	0.223	96.5
3.61-3.78	4.825	0.154	12.5	20954	4519	4343	0.98	0.174	96.1
3.78-3.96	4.821	0.12	15.22	19847	4311	4117	0.986	0.136	95.5
3.96-4.17	4.742	0.096	17.22	18282	4064	3855	0.991	0.108	94.9
4.17-4.43	4.548	0.078	20.13	16486	3901	3625	0.99	0.09	92.9
4.43-4.73	4.486	0.069	22.15	15262	3654	3402	0.994	0.078	93.1
4.73-5.11	5.037	0.067	23.85	16001	3366	3177	0.994	0.075	94.4
5.11-5.6	5.043	0.066	24.12	14903	3150	2955	0.994	0.074	93.8
5.6-6.26	5.003	0.065	23.95	13093	2811	2617	0.995	0.073	93.1
6.26-7.23	5.038	0.059	26.27	11682	2519	2319	0.995	0.066	92.1
7.23-8.85	4.696	0.046	30.57	8862	2115	1887	0.997	0.052	89.2
8.85-12.52	5.186	0.036	35.78	7738	1640	1492	0.999	0.04	91
12.52-64.79	5.162	0.037	35.76	4181	929	810	0.999	0.041	87.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NQK

1nqk

解像度: 2.8→64.79 Å / SU ML: 0.4395 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.1704
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2212	3756	5 %
R_work	0.1803	71397	-
obs	0.1824	75153	95.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→64.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19789	0	0	0	19789

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	20299
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6068	27676
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0623	3070
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	3603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.0825	7258

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.420930397925
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.445642817174
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.400334130028
ens_1	d_5	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.463878935462
ens_1	d_6	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.449207320557
ens_1	d_7	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.383569106538
ens_1	d_8	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.399672923251

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.84	0.4232	139	0.3547	2646	X-RAY DIFFRACTION	96.23
2.84-2.87	0.3956	142	0.3432	2707	X-RAY DIFFRACTION	96.41
2.87-2.91	0.3552	138	0.3091	2608	X-RAY DIFFRACTION	96.59
2.91-2.95	0.3172	143	0.2781	2731	X-RAY DIFFRACTION	96.64
2.95-3	0.3365	139	0.263	2624	X-RAY DIFFRACTION	95.77
3-3.04	0.3113	138	0.2597	2638	X-RAY DIFFRACTION	95.1
3.04-3.09	0.2934	136	0.2458	2567	X-RAY DIFFRACTION	93.4
3.09-3.15	0.2704	143	0.2312	2728	X-RAY DIFFRACTION	97.39
3.15-3.21	0.2949	141	0.2295	2670	X-RAY DIFFRACTION	97.13
3.21-3.27	0.2836	142	0.2327	2712	X-RAY DIFFRACTION	97.14
3.27-3.33	0.2698	140	0.2286	2657	X-RAY DIFFRACTION	96.65
3.33-3.41	0.2542	142	0.226	2699	X-RAY DIFFRACTION	96.76
3.41-3.49	0.2578	141	0.2198	2673	X-RAY DIFFRACTION	96.97
3.49-3.57	0.2419	141	0.1962	2668	X-RAY DIFFRACTION	96.7
3.57-3.67	0.2192	142	0.1843	2700	X-RAY DIFFRACTION	96.24
3.67-3.78	0.2253	141	0.1781	2677	X-RAY DIFFRACTION	96.77
3.78-3.9	0.234	140	0.1706	2659	X-RAY DIFFRACTION	96.12
3.9-4.04	0.2274	139	0.1713	2654	X-RAY DIFFRACTION	95.32
4.04-4.2	0.2045	138	0.1607	2620	X-RAY DIFFRACTION	94.68
4.2-4.39	0.1734	136	0.149	2584	X-RAY DIFFRACTION	93.66
4.39-4.62	0.1705	136	0.145	2573	X-RAY DIFFRACTION	92.05
4.62-4.91	0.1703	139	0.1419	2644	X-RAY DIFFRACTION	95.37
4.91-5.29	0.203	139	0.1483	2651	X-RAY DIFFRACTION	94.26
5.29-5.82	0.2364	138	0.1648	2611	X-RAY DIFFRACTION	94.02
5.82-6.66	0.2207	136	0.1732	2596	X-RAY DIFFRACTION	93.21
6.66-8.39	0.1907	135	0.1613	2559	X-RAY DIFFRACTION	91.45
8.39-64.79	0.1964	132	0.1752	2541	X-RAY DIFFRACTION	89.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6332320769	-1.1191010539	0.632103914078	2.66669533634	-2.1102001187	2.59973018182	0.209372533899	0.326225097473	-0.484553810223	-0.285352940518	-0.305227612747	0.33482627074	0.543222480924	0.46584951981	0.0212420543482	0.872077135291	0.0520670470147	0.0411909096176	0.726779207284	0.0428247983122	0.709265605452	8.9561672712	0.25074052279	2.80865678731
2	2.2415656066	0.178994104563	-0.596334976381	1.88750230093	-1.33801174073	3.36263123882	0.101305012117	0.377885773448	0.643652885499	-0.181571351744	-0.0953164530681	0.331844553768	-0.910877227213	-0.066004787828	-0.0680001532012	0.68980750017	0.0662422721045	-0.0397517693852	0.616921593942	-0.0453570997198	0.686411461726	-0.557972161702	3.83898717745	6.18168153853
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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