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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7juv | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor APS-9-95-1 | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / Pseudokinase / drug target / cell signaling and cancer / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitogen-activated protein kinase kinase / MAP-kinase scaffold activity / regulation of Golgi inheritance / spindle pole body / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / MAP kinase kinase activity / calcium-mediated signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants ...mitogen-activated protein kinase kinase / MAP-kinase scaffold activity / regulation of Golgi inheritance / spindle pole body / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / MAP kinase kinase activity / calcium-mediated signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of cold-induced thermogenesis / late endosome / protein tyrosine kinase activity / Ras protein signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / early endosome / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / mitochondrion / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.36 Å | |||||||||
データ登録者 | Khan, Z.M. / Dar, A.C. / Scopton, A.P. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structural basis for the action of the drug trametinib at KSR-bound MEK. 著者: Khan, Z.M. / Real, A.M. / Marsiglia, W.M. / Chow, A. / Duffy, M.E. / Yerabolu, J.R. / Scopton, A.P. / Dar, A.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7juv.cif.gz | 168.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7juv.ent.gz | 104.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7juv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7juv_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7juv_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7juv_validation.xml.gz | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7juv_validation.cif.gz | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/7juv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/7juv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7juqC 7jurC 7jusC 7jutC 7juuC 7juwC 7juxC 7juyC 7juzC 7jv0C 7jv1C 2y4iS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 BC
#1: タンパク質 | 分子量: 39748.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KSR2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q6VAB6, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 43119.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P29678, mitogen-activated protein kinase kinase |
-非ポリマー , 4種, 17分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-VKG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.07 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.35→50 Å / Num. obs: 18486 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.02 % / Biso Wilson estimate: 107.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.35→3.44 Å / Num. unique obs: 1331 / CC1/2: 0.599 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2Y4I 解像度: 3.36→29.77 Å / SU ML: 0.5043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.3975 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 107.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.36→29.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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