+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jut | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with ANP-PNP, and allosteric MEK inhibitor Selumetinib | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / Pseudokinase / drug target / cell signaling and cancer / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() mitogen-activated protein kinase kinase / MAP-kinase scaffold activity / regulation of Golgi inheritance / spindle pole body / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / MAP kinase kinase activity / calcium-mediated signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants ...mitogen-activated protein kinase kinase / MAP-kinase scaffold activity / regulation of Golgi inheritance / spindle pole body / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / MAP kinase kinase activity / calcium-mediated signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein tyrosine kinase activity / Ras protein signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / early endosome / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / mitochondrion / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Khan, Z.M. / Dar, A.C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the action of the drug trametinib at KSR-bound MEK. 著者: Khan, Z.M. / Real, A.M. / Marsiglia, W.M. / Chow, A. / Duffy, M.E. / Yerabolu, J.R. / Scopton, A.P. / Dar, A.C. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 103.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7juqC ![]() 7jurC ![]() 7jusC ![]() 7juuC ![]() 7juvC ![]() 7juwC ![]() 7juxC ![]() 7juyC ![]() 7juzC ![]() 7jv0C ![]() 7jv1C ![]() 2y4iS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39748.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6VAB6, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 43119.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P29678, mitogen-activated protein kinase kinase | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-3EW / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.29 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.09→50 Å / Num. obs: 23591 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.76 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.09→3.17 Å / Num. unique obs: 19007 / CC1/2: 0.513 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2Y4I 解像度: 3.09→35.431 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.83 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.09→35.431 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|