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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jum | ||||||
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タイトル | Pfs230 D1 domain in complex with neutralizing antibody LMIV230-01 | ||||||
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![]() | CELL INVASION / Pfs230D1 / Pfs230 / monoclonal antibody | ||||||
機能・相同性 | : / 6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / cell surface / plasma membrane / Gametocyte surface protein P230![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tolia, N. / Tang, W.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A human monoclonal antibody blocks malaria transmission and defines a highly conserved neutralizing epitope on gametes. 著者: Coelho, C.H. / Tang, W.K. / Burkhardt, M. / Galson, J.D. / Muratova, O. / Salinas, N.D. / Alves E Silva, T.L. / Reiter, K. / MacDonald, N.J. / Nguyen, V. / Herrera, R. / Shimp, R. / Narum, D. ...著者: Coelho, C.H. / Tang, W.K. / Burkhardt, M. / Galson, J.D. / Muratova, O. / Salinas, N.D. / Alves E Silva, T.L. / Reiter, K. / MacDonald, N.J. / Nguyen, V. / Herrera, R. / Shimp, R. / Narum, D.L. / Byrne-Steele, M. / Pan, W. / Hou, X. / Brown, B. / Eisenhower, M. / Han, J. / Jenkins, B.J. / Doritchamou, J.Y.A. / Smelkinson, M.G. / Vega-Rodriguez, J. / Truck, J. / Taylor, J.J. / Sagara, I. / Renn, J.P. / Tolia, N.H. / Duffy, P.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 274.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 219.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21881.838 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFS230, PF230, S230 / 発現宿主: ![]() #2: 抗体 | 分子量: 27154.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 26 % PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.998→19.74 Å / Num. obs: 85033 / % possible obs: 99.43 % / 冗長度: 3.22 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 5.34 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 5629 / CC1/2: 0.59 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.998→19.739 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.246 / WRfactor Rwork: 0.199 / SU B: 5.391 / SU ML: 0.143 / Average fsc free: 0.8858 / Average fsc work: 0.8981 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.245 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.998→19.739 Å
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拘束条件 |
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