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万見
- PDB-7jtp: Crystal structure of Protac MS67 in complex with the WD repeat-co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jtp
タイトルCrystal structure of Protac MS67 in complex with the WD repeat-containing protein 5 and pVHL:ElonginC:ElonginB
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • WD repeat-containing protein 5
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードPROTEIN BINDING / Protac / protein degradation / ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / MLL3/4 complex / elongin complex / VCB complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / MLL3/4 complex / elongin complex / VCB complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cardiogenesis / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular non-membrane-bounded organelle / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / regulation of embryonic development / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / transcription factor TFIID complex / MLL1 complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / histone acetyltransferase complex / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / methylated histone binding / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / skeletal system development / gluconeogenesis / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / mitotic spindle / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / HATs acetylate histones / histone binding / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / protein stabilization / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / G-protein beta WD-40 repeat / Ubiquitin-like domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X6M / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / WD repeat-containing protein 5 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Kottur, J. / Jain, R. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2021
タイトル: A selective WDR5 degrader inhibits acute myeloid leukemia in patient-derived mouse models.
著者: Yu, X. / Li, D. / Kottur, J. / Shen, Y. / Kim, H.S. / Park, K.S. / Tsai, Y.H. / Gong, W. / Wang, J. / Suzuki, K. / Parker, J. / Herring, L. / Kaniskan, H.U. / Cai, L. / Jain, R. / Liu, J. / ...著者: Yu, X. / Li, D. / Kottur, J. / Shen, Y. / Kim, H.S. / Park, K.S. / Tsai, Y.H. / Gong, W. / Wang, J. / Suzuki, K. / Parker, J. / Herring, L. / Kaniskan, H.U. / Cai, L. / Jain, R. / Liu, J. / Aggarwal, A.K. / Wang, G.G. / Jin, J.
履歴
登録2020年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
A: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5856
ポリマ－75,4634
非ポリマー1,1222
水7,945441
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area26400 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)63.831, 98.611, 127.629
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 JKLA

#1: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / プラスミド: pCDF Duet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / プラスミド: pCDF Duet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 34037.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964

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非ポリマー , 3種, 443分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-X6M / N-(6-fluoro-3'-{[6-oxo-4-(trifluoromethyl)-1,6-dihydropyridine-3-carbonyl]amino}-4'-[(3R,5S)-3,4,5-trimethylpiperazin-1-yl][1,1'-biphenyl]-3-carbonyl)glycyl-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl}-L-prolinamide / Protac MS67


分子量: 1030.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C52H59F4N9O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 30% PEG300 / PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97936 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月17日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→78.033 Å / Num. all: 46516 / Num. obs: 46516 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 35.02 Å2 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.102 / Rsym value: 0.095 / Net I/av σ(I): 4.7 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 331442
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs
2.12-2.237.20.5671.34815666810.2260.6110.5673.4
2.23-2.376.80.4271.74306763590.1770.4630.4274.2
2.37-2.536.90.2942.64121359520.120.3180.2945.7
2.53-2.7470.2033.63906455810.0830.220.2037.9
2.74-37.70.1375.33964851300.0530.1470.13711.6
3-3.357.60.0977.13581646900.0370.1040.09716.3
3.35-3.877.30.0758.83024941380.030.0810.07521.2
3.87-4.746.70.06110.22384435520.0250.0670.06124
4.74-6.76.90.05411.11935828000.0220.0590.05423.9
6.7-78.0336.80.0545.51102716330.0240.060.05425.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.13精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2GNQ & 1VCB

2gnq

1vcb


解像度: 2.12→57.089 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2238 2344 5.05 %
Rwork0.1908 44104 -
obs0.1924 46448 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.47 Å2 / Biso mean: 40.2234 Å2 / Biso min: 16.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→57.089 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4957 0 79 441 5477
Biso mean--28.21 44.05 -
残基数----634
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.12-2.16330.32551310.25482539
2.1633-2.21030.27191370.23592576
2.2103-2.26180.29281280.24072546
2.2618-2.31830.29931330.2332558
2.3183-2.3810.27921300.22742566
2.381-2.45110.27591410.22112576
2.4511-2.53020.28871310.2152564
2.5302-2.62060.2821650.21762539
2.6206-2.72550.24851340.20722575
2.7255-2.84960.25391360.20562576
2.8496-2.99980.25881430.20232580
2.9998-3.18770.22761370.20782616
3.1877-3.43380.23041400.19762593
3.4338-3.77930.21641490.18452607
3.7793-4.32610.16461190.16042644
4.3261-5.44970.1661310.14772661
5.4497-57.0890.18941590.18012788

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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