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- PDB-7jtn: Human Complement Factor B Inhibited by a Slow Off-Rate Modified A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jtn
タイトルHuman Complement Factor B Inhibited by a Slow Off-Rate Modified Aptamer of 29 Bases
要素
  • Complement factor B
  • DNA (30-MER)
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA / Complement / Protease / Convertase / Inhibitor / Aptamer / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / classical-complement-pathway C3/C5 convertase complex / complement binding / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation, alternative pathway / complement activation / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / blood microparticle ...alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / classical-complement-pathway C3/C5 convertase complex / complement binding / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation, alternative pathway / complement activation / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / blood microparticle / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Complement factor B / Complement B/C2 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. ...Complement factor B / Complement B/C2 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Complement factor B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Xu, X. / Geisbrecht, B.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI113552 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS104767 米国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2021
タイトル: Inhibition of the Complement Alternative Pathway by Chemically Modified DNA Aptamers That Bind with Picomolar Affinity to Factor B.
著者: Xu, X. / Zhang, C. / Denton, D.T. / O'Connell, D. / Drolet, D.W. / Geisbrecht, B.V.
履歴
登録2020年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement factor B
B: DNA (30-MER)
C: Complement factor B
D: DNA (30-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,8074
ポリマ－192,8074
非ポリマー00
水00
1
A: Complement factor B
B: DNA (30-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4032
ポリマ－96,4032
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Complement factor B
D: DNA (30-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4032
ポリマ－96,4032
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.126, 144.407, 87.185
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Complement factor B / C3/C5 convertase / Glycine-rich beta glycoprotein / GBG / PBF2 / Properdin factor B


分子量: 85641.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P00751, alternative-complement-pathway C3/C5 convertase
#2: DNA鎖 DNA (30-MER)


分子量: 10761.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SL1103 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M bis-tris, 0.2 M ammonium acetate, 25% peg-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97243 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97243 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 36509 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.248 / Χ2: 0.923 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 209444
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1-3.214.10.86435250.5730.4610.9850.61996
3.21-3.344.70.72536300.6790.3670.8160.73899.3
3.34-3.495.20.56336210.8210.2710.6270.70499.7
3.49-3.685.50.4236630.9060.1940.4640.85399.8
3.68-3.915.70.33436480.9180.1520.3680.99799.7
3.91-4.215.20.25436390.9540.120.2820.97899.5
4.21-4.636.50.19736790.9760.0840.2140.9799.9
4.63-5.37.10.17236730.9780.070.1861.03599.9
5.3-6.676.90.15237070.9860.0620.1651.01999.9
6.67-506.40.12737240.9560.0540.1391.04899.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.17精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OK5

2ok5


解像度: 3.1→42.9 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2413 1993 5.47 %
Rwork0.2079 34462 -
obs0.2098 36455 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 185.84 Å2 / Biso mean: 60.891 Å2 / Biso min: 16.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→42.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11080 1422 40 0 12542
Biso mean--136.15 --
残基数----1462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01312972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.62117836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.8542096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751878
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072078
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.180.33291230.28772132225587
3.18-3.260.34961390.29052424256398
3.26-3.360.27891480.268825502698100
3.36-3.470.25651410.251524332574100
3.47-3.590.31731450.23725162661100
3.59-3.730.24121400.221324472587100
3.73-3.90.27811430.209124852628100
3.9-4.110.2271440.190324722616100
4.11-4.370.211410.186924932634100
4.37-4.70.21811450.17124652610100
4.7-5.180.23251410.173225042645100
5.18-5.920.18341480.193425102658100
5.92-7.460.21521450.202224892634100
7.46-42.90.23111500.1992542269299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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