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万見
- PDB-7jtk: Radial spoke 1 isolated from Chlamydomonas reinhardtii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jtk
タイトルRadial spoke 1 isolated from Chlamydomonas reinhardtii
要素
  • (Flagellar radial spoke protein ...) x 14
  • Cytochrome b5 heme-binding domain-containing protein
  • Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
  • Predicted protein
  • Uncharacterized protein
  • Unknown protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cilia / native / complex / mechanoregulation
機能・相同性
機能・相同性情報


radial spoke head / radial spoke / positive regulation of cilium-dependent cell motility / cilium movement involved in cell motility / axoneme assembly / cilium movement / motile cilium assembly / 酸化還元酵素 / ciliary plasm / Set1C/COMPASS complex ...radial spoke head / radial spoke / positive regulation of cilium-dependent cell motility / cilium movement involved in cell motility / axoneme assembly / cilium movement / motile cilium assembly / 酸化還元酵素 / ciliary plasm / Set1C/COMPASS complex / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / dynein complex / nucleoside diphosphate kinase activity / motile cilium / GTP biosynthetic process / : / axoneme / cilium assembly / microtubule-based process / cell projection / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / microtubule / cytoskeleton / calmodulin binding / oxidoreductase activity / cilium / calcium ion binding / ATP binding / metal ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase 6 / : / Radial spoke protein 14 / IQ and ubiquitin-like domain-containing protein / Radial spokehead-like protein / Radial spoke 3 / : / Radial spokehead-like protein / Radial spoke protein 3 / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain ...Nucleoside diphosphate kinase 6 / : / Radial spoke protein 14 / IQ and ubiquitin-like domain-containing protein / Radial spokehead-like protein / Radial spoke 3 / : / Radial spokehead-like protein / Radial spoke protein 3 / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / : / Sdc1/DPY30 / : / : / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / MORN motif / MORN repeat / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / EF hand / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / DnaJ domain / IQ calmodulin-binding motif / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / EF-hand domain pair / DnaJ domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / IQ motif profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Armadillo-like helical / EF-hand domain pair / Armadillo-type fold / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / IQ and ubiquitin-like domain-containing protein / Cytochrome b5 domain-containing protein 1 / EF-hand domain-containing protein / Radial spoke protein 14 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein ...PHOSPHATE ION / IQ and ubiquitin-like domain-containing protein / Cytochrome b5 domain-containing protein 1 / EF-hand domain-containing protein / Radial spoke protein 14 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Flagellar radial spoke protein 3 / Flagellar radial spoke protein 4 / Flagellar radial spoke protein 6 / Flagellar radial spoke protein 1 / Radial spoke protein 11 / Radial spoke protein 10 / Radial spoke head protein 9 homolog / Flagellar radial spoke protein 5 / Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm / Nucleoside diphosphate kinase 6 / Flagellar radial spoke protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gui, M. / Ma, M. / Sze-Tu, E. / Wang, X. / Koh, F. / Zhong, E. / Berger, B. / Davis, J. / Dutcher, S. / Zhang, R. / Brown, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of radial spokes and associated complexes important for ciliary motility.
著者: Miao Gui / Meisheng Ma / Erica Sze-Tu / Xiangli Wang / Fujiet Koh / Ellen D Zhong / Bonnie Berger / Joseph H Davis / Susan K Dutcher / Rui Zhang / Alan Brown /
要旨: In motile cilia, a mechanoregulatory network is responsible for converting the action of thousands of dynein motors bound to doublet microtubules into a single propulsive waveform. Here, we use two ...In motile cilia, a mechanoregulatory network is responsible for converting the action of thousands of dynein motors bound to doublet microtubules into a single propulsive waveform. Here, we use two complementary cryo-EM strategies to determine structures of the major mechanoregulators that bind ciliary doublet microtubules in Chlamydomonas reinhardtii. We determine structures of isolated radial spoke RS1 and the microtubule-bound RS1, RS2 and the nexin-dynein regulatory complex (N-DRC). From these structures, we identify and build atomic models for 30 proteins, including 23 radial-spoke subunits. We reveal how mechanoregulatory complexes dock to doublet microtubules with regular 96-nm periodicity and communicate with one another. Additionally, we observe a direct and dynamically coupled association between RS2 and the dynein motor inner dynein arm subform c (IDAc), providing a molecular basis for the control of motor activity by mechanical signals. These structures advance our understanding of the role of mechanoregulation in defining the ciliary waveform.
履歴
登録2020年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22475
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22475
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar radial spoke protein 1
B: Flagellar radial spoke protein 1
C: Flagellar radial spoke protein 2
D: Flagellar radial spoke protein 2
E: Flagellar radial spoke protein 3
F: Flagellar radial spoke protein 3
G: Flagellar radial spoke protein 4
H: Flagellar radial spoke protein 4
I: Flagellar radial spoke protein 5
J: Flagellar radial spoke protein 5
K: Flagellar radial spoke protein 6
L: Flagellar radial spoke protein 6
M: Flagellar radial spoke protein 7
N: Flagellar radial spoke protein 7
O: Flagellar radial spoke protein 9
P: Flagellar radial spoke protein 9
Q: Flagellar radial spoke protein 9
R: Flagellar radial spoke protein 9
S: Flagellar radial spoke protein 10
T: Flagellar radial spoke protein 10
U: Flagellar radial spoke protein 11
V: Flagellar radial spoke protein 11
W: Flagellar radial spoke protein 12
X: Flagellar radial spoke protein 14
Y: Flagellar radial spoke protein 16
Z: Flagellar radial spoke protein 16
a: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
b: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
c: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
d: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
e: Unknown protein
i: Flagellar radial spoke protein 23
j: Flagellar radial spoke protein 23
k: Cytochrome b5 heme-binding domain-containing protein
s: Uncharacterized protein
u: Predicted protein
v: Predicted protein
y: Flagellar radial spoke protein 16
z: Flagellar radial spoke protein 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,572,37843
ポリマ－1,571,99839
非ポリマー3804
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Flagellar radial spoke protein ... , 14種, 30分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZyzij

#1: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 1


分子量: 87873.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q27YU0
#2: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 2


分子量: 77445.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UBQ3
#3: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 3


分子量: 56856.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J2J7, UniProt: P12759*PLUS
#4: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 4


分子量: 49843.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I550, UniProt: Q01656*PLUS
#5: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 5


分子量: 55403.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q27YU7, 酸化還元酵素
#6: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 6


分子量: 48884.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q01657
#7: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 7


分子量: 54781.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DL29
#8: タンパク質
Flagellar radial spoke protein 9


分子量: 29572.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q27YU5
#9: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 10


分子量: 23553.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q27YU4
#10: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 11


分子量: 21504.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q27YU3
#11: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 12 / PPIase


分子量: 19632.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I2U9, peptidylprolyl isomerase
#12: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 14 / Flagellar-associated protein 132


分子量: 40597.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HNV0
#13: タンパク質
Flagellar radial spoke protein 16


分子量: 39052.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IKR9
#16: タンパク質 Flagellar radial spoke protein 23 / radial spoke protein 23


分子量: 61422.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q69B19, nucleoside-diphosphate kinase

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タンパク質 , 4種, 8分子 abcdksuv

#14: タンパク質
Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm


分子量: 10336.775 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q39580
#17: タンパク質 Cytochrome b5 heme-binding domain-containing protein


分子量: 26609.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DCN8
#18: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 75037.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D359
#19: タンパク質 Predicted protein


分子量: 8111.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JDM3

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 5分子 e

#15: タンパク質・ペプチド Unknown protein


分子量: 2911.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#20: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: radial spoke 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#19 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-1690 / Organelle: cilia
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2RELION粒子像選択
3SerialEM画像取得
5CTFFINDCTF補正
6RELIONCTF補正
9UCSF Chimeraモデルフィッティング
10Cootモデルフィッティング
15RELION3.1３次元再構成
16PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2320543
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 221836 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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