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- EMDB-22475: Composite cryo-EM density map of the radial spoke 1 isolated from... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22475
タイトルComposite cryo-EM density map of the radial spoke 1 isolated from Chlamydomonas reinhardtii
マップデータcomposite map
試料
  • 複合体: radial spoke 1
    • タンパク質・ペプチド: x 19種
  • リガンド: x 1種
キーワードcilia / native / complex / mechanoregulation / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


radial spoke head / radial spoke / positive regulation of cilium-dependent cell motility / cilium movement involved in cell motility / axoneme assembly / cilium movement / motile cilium assembly / 酸化還元酵素 / Set1C/COMPASS complex / ciliary plasm ...radial spoke head / radial spoke / positive regulation of cilium-dependent cell motility / cilium movement involved in cell motility / axoneme assembly / cilium movement / motile cilium assembly / 酸化還元酵素 / Set1C/COMPASS complex / ciliary plasm / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / dynein complex / motile cilium / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / : / axoneme / cilium assembly / microtubule-based process / cell projection / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / microtubule / calmodulin binding / cytoskeleton / oxidoreductase activity / cilium / calcium ion binding / ATP binding / metal ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase 6 / : / Radial spoke protein 14 / IQ and ubiquitin-like domain-containing protein / Radial spokehead-like protein / Radial spoke 3 / : / Radial spokehead-like protein / Radial spoke protein 3 / : ...Nucleoside diphosphate kinase 6 / : / Radial spoke protein 14 / IQ and ubiquitin-like domain-containing protein / Radial spokehead-like protein / Radial spoke 3 / : / Radial spokehead-like protein / Radial spoke protein 3 / : / Sdc1/DPY30 / : / : / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / MORN motif / MORN repeat / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / EF hand / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / DnaJ domain / IQ calmodulin-binding motif / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / DnaJ domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / IQ motif profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Armadillo-like helical / EF-hand domain pair / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IQ and ubiquitin-like domain-containing protein / Cytochrome b5 domain-containing protein 1 / EF-hand domain-containing protein / Radial spoke protein 14 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Flagellar radial spoke protein 3 ...IQ and ubiquitin-like domain-containing protein / Cytochrome b5 domain-containing protein 1 / EF-hand domain-containing protein / Radial spoke protein 14 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Flagellar radial spoke protein 3 / Flagellar radial spoke protein 4 / Flagellar radial spoke protein 6 / Flagellar radial spoke protein 1 / Radial spoke protein 11 / Radial spoke protein 10 / Radial spoke head protein 9 homolog / Flagellar radial spoke protein 5 / Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm / Nucleoside diphosphate kinase 6 / Flagellar radial spoke protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gui M / Ma M / Sze-Tu E / Wang X / Koh F / Zhong E / Berger B / Davis J / Dutcher S / Zhang R / Brown A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of radial spokes and associated complexes important for ciliary motility.
著者: Miao Gui / Meisheng Ma / Erica Sze-Tu / Xiangli Wang / Fujiet Koh / Ellen D Zhong / Bonnie Berger / Joseph H Davis / Susan K Dutcher / Rui Zhang / Alan Brown /
要旨: In motile cilia, a mechanoregulatory network is responsible for converting the action of thousands of dynein motors bound to doublet microtubules into a single propulsive waveform. Here, we use two ...In motile cilia, a mechanoregulatory network is responsible for converting the action of thousands of dynein motors bound to doublet microtubules into a single propulsive waveform. Here, we use two complementary cryo-EM strategies to determine structures of the major mechanoregulators that bind ciliary doublet microtubules in Chlamydomonas reinhardtii. We determine structures of isolated radial spoke RS1 and the microtubule-bound RS1, RS2 and the nexin-dynein regulatory complex (N-DRC). From these structures, we identify and build atomic models for 30 proteins, including 23 radial-spoke subunits. We reveal how mechanoregulatory complexes dock to doublet microtubules with regular 96-nm periodicity and communicate with one another. Additionally, we observe a direct and dynamically coupled association between RS2 and the dynein motor inner dynein arm subform c (IDAc), providing a molecular basis for the control of motor activity by mechanical signals. These structures advance our understanding of the role of mechanoregulation in defining the ciliary waveform.
履歴
登録2020年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月16日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jtk
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7jtk
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22475.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22475.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 560 pix.
= 610.4 Å		1.09 Å/pix.
x 560 pix.
= 610.4 Å		1.09 Å/pix.
x 560 pix.
= 610.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006 / ムービー #1: 0.006
最小 - 最大0.0 - 0.07739167
平均 (標準偏差)0.000085046835 (±0.0009487174)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 610.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z560560560
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z610.400610.400610.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1081340
NX/NY/NZ13584349
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS560560560
D min/max/mean0.0000.0770.000

-
添付データ

+
マスク #1

ファイルemd_22475_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_22475_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #3

ファイルemd_22475_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #4

ファイルemd_22475_msk_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #5

ファイルemd_22475_msk_5.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #6

ファイルemd_22475_msk_6.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #7

ファイルemd_22475_msk_7.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #8

ファイルemd_22475_msk_8.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: #6

ファイルemd_22475_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: #5

ファイルemd_22475_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #4

ファイルemd_22475_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #3

ファイルemd_22475_additional_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: #2

ファイルemd_22475_additional_5.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #8

ファイルemd_22475_additional_6.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: #7

ファイルemd_22475_additional_7.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: #1

ファイルemd_22475_additional_8.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : radial spoke 1

全体名称: radial spoke 1
要素
  • 複合体: radial spoke 1
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 7
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 9
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 10
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 11
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 12
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 14
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 16
    • タンパク質・ペプチド: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 23
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b5 heme-binding domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein
    • タンパク質・ペプチド: Predicted protein
  • リガンド: PHOSPHATE ION

+
超分子 #1: radial spoke 1

超分子名称: radial spoke 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#19
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-1690 / Organelle: cilia

+
分子 #1: Flagellar radial spoke protein 1

分子名称: Flagellar radial spoke protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 87.873445 KDa
配列文字列: MALGPFVLPF RGDQYSFGIN FKSSPEEKLN FDLSCVAFDV KGQLHDTLHA RKPTALDGAL VKGFEKQALP EETVQVEGDD VIYMFPKKF ERQVEVLLFV ASAPSIPGKK HDLDSSSKLE FAVSYSDVGG QAFNQSFDLK PLAAQGGVSS IIVAVMYLQA E GGWTLRSV ...文字列:
MALGPFVLPF RGDQYSFGIN FKSSPEEKLN FDLSCVAFDV KGQLHDTLHA RKPTALDGAL VKGFEKQALP EETVQVEGDD VIYMFPKKF ERQVEVLLFV ASAPSIPGKK HDLDSSSKLE FAVSYSDVGG QAFNQSFDLK PLAAQGGVSS IIVAVMYLQA E GGWTLRSV GDCHPFDSPG LIVPELKQTI LNLRDHHGVQ LDAADAIQAI DPAERVPVTR QFQDQSLDEA SAGRAAEPAP VK KLRIDLS WTFWPPPPPT EEGEEPPEEP ALEYNLVMYN KDGEEVQSIS TGNREATGAR AGRPEPEEDE EEEKEEEKEE PEE GEEGEE GEGGEPKEPP PPPPAPKVDP YEFKERDVIY LDVPDLPAEV RSMVLLVTNY DEENGFTRVR TVRCRLVDVS NGEA PLPGS KAAVAAAAAA AEQGLAAPPN PERVLADYGV LSKYEDDKAT TQVALMKLYK EYADSAFNVF RGAGVDNVAA FIGQE PDTI INQLKAYLEA TKKQKAAEAA AAAAAEESGE EITADPKPHV WRFRALGLNF GGDSLEAIEH DLKNLFAFDG DLAPGA ARD SDTSRSSFPN GDTYFGSYAD DVKHGPGLYA FATGAGYAGE YAGGKRHGRG VMVFPDGGTY VGEFVADKFE GQGQYRY PD GSVYTGSWAA GQKHGPGVYW DTARGCLRGE WKKGLLVGKG TYEQPALRFE GEFVRGMPAG TATYTLTGHR TLDMPCFA A QHIQAEEGPT LALPCAYGIP PGSGDEPQLD EEGQPIEDTD KPPLPAHPKY EGLTFTAEQL PGAAPDTVFP PEEGKPVPI TAVPAFSVST GLVA

UniProtKB: Flagellar radial spoke protein 1

+
分子 #2: Flagellar radial spoke protein 2

分子名称: Flagellar radial spoke protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 77.445297 KDa
配列文字列: MAPTQAGHDT AYLKETVGEA LARGCAAAIS AQPNDPVEYL GLWLLKYVKN AEVEGNFYRE RQQDLQKKKD RLVKEAQSEQ AAKSVALTR KEAADALALV TAEPRELLEA AVKLVKQHTA AGAAYAAVVA EPEEPDWVAP EDDEAAAVET EDEAAGGAAL A EGEEPPPE ...文字列:
MAPTQAGHDT AYLKETVGEA LARGCAAAIS AQPNDPVEYL GLWLLKYVKN AEVEGNFYRE RQQDLQKKKD RLVKEAQSEQ AAKSVALTR KEAADALALV TAEPRELLEA AVKLVKQHTA AGAAYAAVVA EPEEPDWVAP EDDEAAAVET EDEAAGGAAL A EGEEPPPE PEPEPEAAPE DGEGDAPAPK IPRPVDYSKK YFAYVAASAG QEHVLEADLY RPAPPPEDAD EDFKPEPLPY SF RVLDEKL PMLYVPNVAA EERVKFFRKF PKIGSYQACG VALPASGEFK ALLAADTLFP EGSGQPLSAD DRDFVWEVSQ SLS RALEAV QARAAEALAA TSAAEAVEEL KAKVAELREQ AAAEAAAAAP PPPAEGEEGE GEAPPAEEEP PAEEEAEEEE EEAE EGAEE GAEEGEEGEE APPKPKKKKK VFNPIPGLQA AIEKLTAAAE AATEADARAQ AAVALEKQAL DEVVALASSH SDATL SSLR NMLSVPQGTY HVVKALLHLL GRPAASFSTW KRAHSHFSPR LFEDMAAYDA TAERDMAVWG RVRSCYKAAP AAKKLD AEM PNTLFGSVAL MYIKQVRRVA RKAVLQRELA AKLAKAQQDL ADKQAALVEA ERVKAEREAE EARLAAEAEA AAAAEAE AA ARAAAEAEAA AAAEAAAEAA AEAAAAAAEA AAEAGEGEAV AEREAAPAEA EAAPAEGEAA PPAEGEGEAQ PAQEGSNS S SSSSDSSSSE ESKAAAE

UniProtKB: Flagellar radial spoke protein 2

+
分子 #3: Flagellar radial spoke protein 3

分子名称: Flagellar radial spoke protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 56.856688 KDa
配列文字列: MVQAKAQQQL YTHAAEPKAV QQRRAKYRED ETTQTLPTAN IMFDRRVVRG NTYAARILPA DATQTQTKGP SPASTKKRTT RTLPPRTPE AVDGRRHIDI QTDVYLEELT DTVPEADTST QTDAFLDRPP TPLFVPQKTG TDAITQIENG DLFDFDFEVE P ILEVLVGK ...文字列:
MVQAKAQQQL YTHAAEPKAV QQRRAKYRED ETTQTLPTAN IMFDRRVVRG NTYAARILPA DATQTQTKGP SPASTKKRTT RTLPPRTPE AVDGRRHIDI QTDVYLEELT DTVPEADTST QTDAFLDRPP TPLFVPQKTG TDAITQIENG DLFDFDFEVE P ILEVLVGK VLEQGLMEVL EEEELAAMRA HQEHFEQIRN AELVATQRME AAERRKLEEK ERRMQQERER VERERVVRQK VA ASAFARG YLSGIVNTVF DRLVSSGYIY DPVMREVETA FMPWLKEQAI GYLARGVVAR RVVDKLVEDA AAALAANRST LAD KAASTA ATVDAWAERQ AKMEAELQGK ELEAVRRRPT FVLRELKPAV ASADAVEAAA AELTAQAEEA ANAKWEADKA EAAE KARAE AEAAAEEQKA LLEELAATAA AEAEERGEEP PAEPPSLPDG VEPVDVEAEV AKAVEAVPKP PVKEVTDIDI LSYMM DKGA ITKDAIIQAL AVHALGDKAY TNHPAFAEAE GA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #4: Flagellar radial spoke protein 4

分子名称: Flagellar radial spoke protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.84377 KDa
配列文字列: MAAVDSVAQA LAYLQVHSPQ DGTSMYDHLV KLVSKVLEDQ PKNAVDLLET SLLVKKSTFD PKESSPLVPI PVAPDATQTQ AAVSIFGDP ELPINPATGE PVPADPPNEF EAENMLGAAA VLDCLGVGLG RELGVNIALA AKRIGEDPKL AVRSVRFFGK F LGLYSDYF ...文字列:
MAAVDSVAQA LAYLQVHSPQ DGTSMYDHLV KLVSKVLEDQ PKNAVDLLET SLLVKKSTFD PKESSPLVPI PVAPDATQTQ AAVSIFGDP ELPINPATGE PVPADPPNEF EAENMLGAAA VLDCLGVGLG RELGVNIALA AKRIGEDPKL AVRSVRFFGK F LGLYSDYF VFEVAFKKEA AKEAAPAAPA PERVEGEAAS SSAPEVPVEE PGKGANKFTY LVCSSLGGPL TRLPDVTPAQ VK ASRRIKK LLTGRLTSHV STYPAFPGNE ANYLRALIAR ISAATVVAPS DLFSLNDETG ELERAEDWEP PAGREMAAPT AWV HVRPHL KSQGRCEVHK RELPEDADED EFYNEDELEE GPDLLAALEE DAQLPGEQAA WTPIYSSASE AVKTQAGGLR SLVW PGAVC GGRGSEWTCV YVGWGVKNAP FVPLPPPPVA QEFAWGEVET QELELKPAPP PPEEEAEADE

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #5: Flagellar radial spoke protein 5

分子名称: Flagellar radial spoke protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 酸化還元酵素
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 55.403551 KDa
配列文字列: MSEPGEEPVA APAGPAPDPV LNELYGSERP AVELLPGVPL SPIVNSCWLP ADAKAMLAES WIPVPPEDAG EEAGPPPPAF EAAAPEYNE LVRRLAKTAP FRKWNELTIQ AKQLEQEVAG LKGPDAEAKQ AELENVKVQI ADAEAAVAEV KQSFSDDPLS L TGWMQALT ...文字列:
MSEPGEEPVA APAGPAPDPV LNELYGSERP AVELLPGVPL SPIVNSCWLP ADAKAMLAES WIPVPPEDAG EEAGPPPPAF EAAAPEYNE LVRRLAKTAP FRKWNELTIQ AKQLEQEVAG LKGPDAEAKQ AELENVKVQI ADAEAAVAEV KQSFSDDPLS L TGWMQALT DLADGGMTTF EVSGQGWPYC SLRQLFGEMP SAAPPAGFFD GVERVLGTFK RRYEKERGPG SVQLMLKLAP NV FSDAWST GGAPAAVAAV EAYVERARAN VFGPDGGVTP EGVPEPLDLV QLVWWDFAAA DPLPVLKALQ RMATDQLQVD EDS GEVSVS EPKKIRGIGL VDFPADRLKA AIQAGVPITC VQVEHSVLVR SAQPVLDLCA KYGIKVLARG GTLGGLLSAK YLGA PPPDP VRGDADLDSV PGCLDAVNNV GGWARLQAAL AVIKGIADKH GVKPETVALR WQIDAGCFPL VTTRWSSRVW RQFGY EGWS SFEVSGGRPG VDGPLFQVES FLDVEDVRAL AGLAAVH

UniProtKB: Flagellar radial spoke protein 5

+
分子 #6: Flagellar radial spoke protein 6

分子名称: Flagellar radial spoke protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 48.884551 KDa
配列文字列: MAADVGQALA FLQQVKTTQG ASIYEGLKAA LAKVLEDRPV NAVEALETSV LSTPPAANLS VPLVPAASAA AAAAAVAKAS LFGDPEPVL DPESGEPIDP DAPNEFECED VEGDGDLLDG LGVGLGRQEM YAAMLAVKRL GEDAKRGVST VRFFGKFFGT Q ADYYVFET ...文字列:
MAADVGQALA FLQQVKTTQG ASIYEGLKAA LAKVLEDRPV NAVEALETSV LSTPPAANLS VPLVPAASAA AAAAAVAKAS LFGDPEPVL DPESGEPIDP DAPNEFECED VEGDGDLLDG LGVGLGRQEM YAAMLAVKRL GEDAKRGVST VRFFGKFFGT Q ADYYVFET TLQSNPDMPE APEGTIPLEP YGEGVNAYIY FVSNTLGGPL QQLPYVTPEQ IKASRLLRRY LTGRLDAPVS AF PAFPGNE ANYLRALIAR ISAATVCCPR GFFTADDDSA ELSANDEWVP LKGREMALPV NWSHRYAHLK GQGRTVTHKR DPP DEEEEP EKNFWTAEEM EAGPPPLATL DTDAPLPAAT GDKVPPPAWS PVFASASVTT RNQVAGVRSN RWPGAVCACA GRHF TSMYV GWGIKAGGEW SPCPPPPPVP QWGAPAAGVE GGQQLLLECN DLPPKPAPPE EEDE

UniProtKB: Flagellar radial spoke protein 6

+
分子 #7: Flagellar radial spoke protein 7

分子名称: Flagellar radial spoke protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 54.781898 KDa
配列文字列: MSSTYQKPIT IPGDFPAILK AFTREILRAQ PSNIYEFGAR YFSGLQGQAE PEGLGRAAPV EPASTSHAAT SKATDVEETA VMFDIAALT PAELEPILMK LFIEADADRS GFLDRHEFTA VLRNANLKLS DRQIRQILAE ADENDDDVIQ YKEFLPIMVD I LQSIKAKE ...文字列:
MSSTYQKPIT IPGDFPAILK AFTREILRAQ PSNIYEFGAR YFSGLQGQAE PEGLGRAAPV EPASTSHAAT SKATDVEETA VMFDIAALT PAELEPILMK LFIEADADRS GFLDRHEFTA VLRNANLKLS DRQIRQILAE ADENDDDVIQ YKEFLPIMVD I LQSIKAKE QAKAMMHGVE TMVRTEVETM LLHGLPQEEL QALMLKVFKK ADADGSGQLN RHEFKEALKA AELGLTRKDI NL ILSHIDV DRDGLVSYEE FIPVCFQVLV ERFKDEIVVN DILGNADELQ QMLLGAFRDA DPDNTGLLSQ RQVKSIFKEL SYK ALGLTT LQMVSLISQA PTTPDGMVQY IQFVPQAASI IRSMYDVETM KGRMHAIKAV AEAGGIAALG ALDLDQLRGV LEQA FQRVD TEGAGQLTLP QVTQVLDGLN SLAPDANLAL SDQHMKAMFA AIDADESGTV DWTELVNFIC DALEHIEREA YVANM RDGG AGGAGEAEAS PGDEEA

UniProtKB: EF-hand domain-containing protein

+
分子 #8: Flagellar radial spoke protein 9

分子名称: Flagellar radial spoke protein 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 29.572348 KDa
配列文字列: MVQLEPNITL VLKHLASCGA VVSAEQQAAL DHSIPIKRIE AGLRSLTLWG RLTTLNGKDY LVAEGYNVAS SKEGAAVYET KYFYSQDGA RWSDLQPVDS ETATRCARIK GMLSGDPAKN YELEEKDPNA PEPSPEAEEE VKPLVFQIPE LAVLRCRVDA I ATATSVIP ...文字列:
MVQLEPNITL VLKHLASCGA VVSAEQQAAL DHSIPIKRIE AGLRSLTLWG RLTTLNGKDY LVAEGYNVAS SKEGAAVYET KYFYSQDGA RWSDLQPVDS ETATRCARIK GMLSGDPAKN YELEEKDPNA PEPSPEAEEE VKPLVFQIPE LAVLRCRVDA I ATATSVIP TDSTILNAAS QVVPNRLFAG AAYPEKLESY QHRFSLPGSG VTLSQDLRGT WAVQYDAFKG VAQVRSLLFP GY FFYYAAN ELTWGSLYVG DGLRNNDLIF ML

UniProtKB: Radial spoke head protein 9 homolog

+
分子 #9: Flagellar radial spoke protein 10

分子名称: Flagellar radial spoke protein 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.553943 KDa
配列文字列: MADDELPPQP VWEGPLDEDG KPHGLGKMEY PPPPMGEDDE EEKPGDKFEG TMEHGVRTGK GTYTWGVSGA VYTGDYVNGK KHGKGKMVY PDKGVYEGDW VEDVMQGQGT YTYPNGDIYQ GAFWAGKRHG KGMYHYKGPC CQLVGDWADG GFTYGRWVYA D GSMFMGKF ...文字列:
MADDELPPQP VWEGPLDEDG KPHGLGKMEY PPPPMGEDDE EEKPGDKFEG TMEHGVRTGK GTYTWGVSGA VYTGDYVNGK KHGKGKMVY PDKGVYEGDW VEDVMQGQGT YTYPNGDIYQ GAFWAGKRHG KGMYHYKGPC CQLVGDWADG GFTYGRWVYA D GSMFMGKF GGAAADSKPT AGSYFYSSSS LVQEGHFAKD GSWVGHRDPA VGKEFSVA

UniProtKB: Radial spoke protein 10

+
分子 #10: Flagellar radial spoke protein 11

分子名称: Flagellar radial spoke protein 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 21.504635 KDa
配列文字列: MDVEPIFCAE QIVIPHNLAD ILKAYTKEVI RRQPTDLIAF SAKYFTNLAN VASGVSNSSA PAKEQLRQVY TRGGSGGATL TESQVTGLC QQAGIADAVV AKVMEVGAFT PAAVDLSKFV FLCLAMSCED FNRVCMGVFD VFSDNGSLPA QDLLTLIAHL G PDMDPEVT ...文字列:
MDVEPIFCAE QIVIPHNLAD ILKAYTKEVI RRQPTDLIAF SAKYFTNLAN VASGVSNSSA PAKEQLRQVY TRGGSGGATL TESQVTGLC QQAGIADAVV AKVMEVGAFT PAAVDLSKFV FLCLAMSCED FNRVCMGVFD VFSDNGSLPA QDLLTLIAHL G PDMDPEVT PAFLDAVAAE LPAGGGAVTY MELCEAPSLK PKLGLS

UniProtKB: Radial spoke protein 11

+
分子 #11: Flagellar radial spoke protein 12

分子名称: Flagellar radial spoke protein 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidylprolyl isomerase
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 19.632256 KDa
配列文字列:
MDFESNGAMM EYCKSTGRTY CAFSIQQSSK LLGTVVLELF TDIAPATCAN FIKYIKDGYQ GTPLHRIVPN GWVQGGDIVD GSGKGDPGF VLPDETYSVK HDAPGVLGMA TGGQPHTANT QFYISLSPLP FLDGKRVAFG RVLNKQSLEN LLALQTLPTF Q NERPVPDV VIASCHVIYN PNS

UniProtKB: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

+
分子 #12: Flagellar radial spoke protein 14

分子名称: Flagellar radial spoke protein 14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 40.597703 KDa
配列文字列: MDSQARIQAN LRHIQAFEAK PNPKALPETA VTRGFEKVAF PKLVRELTCD NAVVRKKSLL AARELLSSPV NHVQCVAAGA TPAIVALLQ DQTDDETRYY AAGTLKLLAA KEVGARDLAQ HSGLDALAAA LEDPSEGVRD EAYGALIEAA RFDSTRRALE A CGSGAVLP ...文字列:
MDSQARIQAN LRHIQAFEAK PNPKALPETA VTRGFEKVAF PKLVRELTCD NAVVRKKSLL AARELLSSPV NHVQCVAAGA TPAIVALLQ DQTDDETRYY AAGTLKLLAA KEVGARDLAQ HSGLDALAAA LEDPSEGVRD EAYGALIEAA RFDSTRRALE A CGSGAVLP RLMELALLEA QGGAAGRAQQ GLVLLFTCTQ ARHNAGILSQ LVDVAQAIPH LAGLLKPELP MPVRHAAAEL LG ALATRED AKIQAVQVGA VPLLLLAASP SVPVPFATSA VAALGAITIR REGKYAALES PGGLAGLVSV LDPCHEQLCI NAM TAVSNV AEAPEARAIL VASGAGPKLQ HIFETATVEV VKRAAAQAIR QCRFKHLPYE VLPGAPPINE E

UniProtKB: Radial spoke protein 14

+
分子 #13: Flagellar radial spoke protein 16

分子名称: Flagellar radial spoke protein 16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 39.052676 KDa
配列文字列: MTRGLDYYEV MGLTRSANDI DIRRAYRRLA LKYHPDINKD GAAGDEFLRI CEAYEVLCDP KTKGFYDLYG EDALKDGISD GNGGLKGPM YRFNPEESPK AVFERFFGTA NPYEALEALS NQFESMTSEE APARGKNKVY PLELTLEEIF HGCLKKVAHK R KVLLFSGE ...文字列:
MTRGLDYYEV MGLTRSANDI DIRRAYRRLA LKYHPDINKD GAAGDEFLRI CEAYEVLCDP KTKGFYDLYG EDALKDGISD GNGGLKGPM YRFNPEESPK AVFERFFGTA NPYEALEALS NQFESMTSEE APARGKNKVY PLELTLEEIF HGCLKKVAHK R KVLLFSGE YVEEERQLTV DVKPGLPTGT RFVFEGEGNK TPKKEPGPVV FVLKPKPHPR FVRRGSDLVH KVTLPLHHAL IG TTLDIRT LDDRDLKVPI SDIMRPGSSL TVPGEGMPLP ATPSARGNLV IEIDLLFPTH LTETQKMLLR SAFFLPPPTE QNE ETKKAL RDYEAAFKHD LKGWATVFKR

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #14: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm

分子名称: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.336775 KDa
配列文字列:
MASGSSKAVI KNADMSEEMQ ADAVDCATQA LEKYNIEKDI AAYIKKEFDR KHNPTWHCIV GRNFGSYVTH ETKHFIYFYL GQVAILLFK SG

UniProtKB: Dynein 8 kDa light chain, flagellar outer arm

+
分子 #15: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 2.91158 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #16: Flagellar radial spoke protein 23

分子名称: Flagellar radial spoke protein 23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: nucleoside-diphosphate kinase
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 61.422211 KDa
配列文字列: MAELEKTFAL IKPDAVRAGK AQEIMQLIEL NGFTIIAKQK LQLTRARAEE FYGEHKGKEF FPKLVNFMTS GPIWALVLAK PGAILAWRA LMGPTNVFKA RAEQPKCLRA LYGTDGTQNA THGSDSPISA AREIKFFFPT LSGDPTIYAE PTAAAEYITK R IQPALAKA ...文字列:
MAELEKTFAL IKPDAVRAGK AQEIMQLIEL NGFTIIAKQK LQLTRARAEE FYGEHKGKEF FPKLVNFMTS GPIWALVLAK PGAILAWRA LMGPTNVFKA RAEQPKCLRA LYGTDGTQNA THGSDSPISA AREIKFFFPT LSGDPTIYAE PTAAAEYITK R IQPALAKA LAALAREKPS ADKFEAITFV AGYLLQNNPN KPKVLMPDEW DPALMGDDED DEADFINARL AAPTGNDGAT KA EFDAMVE AAKADTGGAA PAQEFVYPDS KPTTPVVPAP PAPGSKPPSA SGARPQSARP TSARPPSASA APPAPLAPVP PPA SSSRPA SGSGRPPSAT ARPPSATPPP PPPAVELEEA DDPAQLDEAA TKVQAAFRGY QARKEVAVMR SEAQPGEAAA EPEQ EAELQ PEAEPEPQPE GEQEPQPQAS ASSSFLPDGV TEEMAAEAAT RVQAHMRGHL ARKQVAAIKA QQAAPAVAES SEALA EPEP QPEAEAEPQP QASVSSSFLP DGVTEEMAAE AATLVQAHMR GHLARKQVAA IKAQQAAPAV AESSEAQAEA EQTEAE AEP QPDAEAEAGA AEGEAEPEPE AAE

UniProtKB: Nucleoside diphosphate kinase 6

+
分子 #17: Cytochrome b5 heme-binding domain-containing protein

分子名称: Cytochrome b5 heme-binding domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 26.60907 KDa
配列文字列: MAPPRGPLRR YYTPYEVAMH NTPDDCWVSF LGGVYNLTDL IKANQGALAA PLIAAAGQDL THWFDPTTKD PKRHICPATH IERFYTPMG RFIHVPPPEP MCNWDTSFGL PWWRDAKKYQ IGLLSARTRV IRVRNVLTDQ EDQIEVPCEE KLVEIRERYL E LNAHAKSY ...文字列:
MAPPRGPLRR YYTPYEVAMH NTPDDCWVSF LGGVYNLTDL IKANQGALAA PLIAAAGQDL THWFDPTTKD PKRHICPATH IERFYTPMG RFIHVPPPEP MCNWDTSFGL PWWRDAKKYQ IGLLSARTRV IRVRNVLTDQ EDQIEVPCEE KLVEIRERYL E LNAHAKSY TWKALVRDPN GDTHVFQELD LNLTLEENGV PDETPVFEDH HVPTDYFIPV LHVYWNDDLT VA

UniProtKB: Cytochrome b5 domain-containing protein 1

+
分子 #18: Uncharacterized protein

分子名称: Uncharacterized protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 75.037945 KDa
配列文字列: MSDPEAEQGE QGYEESPEEP GPGSEAPSPS RIDNGLDTII DIDPQTQHAE EGSNTAYESE QPDVISSYTG GQQEEDGEQA GNGAIDETT EEAAGEADDG GKASGFAVEV DAGTDAAAEG DLEPEPEPER PASASGEPQP TASTSRPASG AAARPASARP T SARPGSAA ...文字列:
MSDPEAEQGE QGYEESPEEP GPGSEAPSPS RIDNGLDTII DIDPQTQHAE EGSNTAYESE QPDVISSYTG GQQEEDGEQA GNGAIDETT EEAAGEADDG GKASGFAVEV DAGTDAAAEG DLEPEPEPER PASASGEPQP TASTSRPASG AAARPASARP T SARPGSAA PRQPSASGGS RPGSGHPVNL APDSVGLAQQ QQQKSQIEVG AQAYEARGSS RPQSGGDAYG QAEEASAAAA AG RPSTSQS GSRPPPSREG VAVVPSIPED QPLAVPIHIE RYIAPGLKAI EVEVAQGPGM PHRLVRVLLD YTQCDAKPYL GGF RNKRTG AVYHHGATQT PRAPKYSEAD RKLSRETQTV KIKQHSQQTV REQATQMARP GVLLDNDYDK EVTPGRYQTA DERD EIVLR STLRIQRWVR GWLGRKRAAY LRGKKMEREA FLRDQEARAQ SEAEEHRRRE IQRRMHPRTA ADFEVLYNEL EAWRL QETR KIKEAGLAKE QEQQVLQQLL HKETKLLQTI DRLKINANQE NKEARIQHTL NEMSKPKKFA LRNGGKVDVH TPFTTR AKE LQQLYNGLNL PLLTVDERLD VLLHVKWTVK EFDCDLTREL VDLIDREADL LNRGRNPKML EGLRKRISSL FLNFIET PE FNPEAVRFQI VPMDFEAYLY EQVGKATAKA GTSVGTRTLS

UniProtKB: IQ and ubiquitin-like domain-containing protein

+
分子 #19: Predicted protein

分子名称: Predicted protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 8.111163 KDa
配列文字列:
MSSQYSESRP LHGSAAQTPL YEKMRDYAHS NKVQELLQKM TADLFIERPA DPVTWMIKWL SEEQKRSGTA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #20: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 4 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッド前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2320543
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Negative staining map calculated using the same sample
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 221836
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る