PDB-7jta: Crystal structure of a putative nuclease with anti-Cas9 activity ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jta

タイトル

Crystal structure of a putative nuclease with anti-Cas9 activity from an uncultured Clostridia bacterium

要素

NTF2-like nuclease/anti-CRISPR

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Anti-CRISPR / nuclease / phage protein / Cas9

機能・相同性

NITRATE ION / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Clostridia bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.801 Å

データ登録者

Werther, R. / Forsberg, K.J. / Stoddard, B.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: The novel anti-CRISPR AcrIIA22 relieves DNA torsion in target plasmids and impairs SpyCas9 activity.
著者: Forsberg, K.J. / Schmidtke, D.T. / Werther, R. / Uribe, R.V. / Hausman, D. / Sommer, M.O.A. / Stoddard, B.L. / Kaiser, B.K. / Malik, H.S.

履歴

登録	2020年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jta.cif.gz	36.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jta.ent.gz	23.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jta.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7jta_validation.pdf.gz	461 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jta_full_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示
XML形式データ	7jta_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	7jta_validation.cif.gz	8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/7jta ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/7jta	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5cql-d 5oeg-d 7bfw-d 5qts-2 1r7x-d 4frm-d 1zj0-d 2pgv-d 1zhj-d 1lzj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NTF2-like nuclease/anti-CRISPR

B: NTF2-like nuclease/anti-CRISPR

ヘテロ分子

13.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NTF2-like nuclease/anti-CRISPR

ヘテロ分子

A: NTF2-like nuclease/anti-CRISPR

ヘテロ分子

B: NTF2-like nuclease/anti-CRISPR

ヘテロ分子

B: NTF2-like nuclease/anti-CRISPR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes from gel filtration as hexamer, dimer shown in asu
26.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.561, 128.561, 128.561
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	212
Space group name H-M	P4₃32

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid -1 through 13 or (resid 14...
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ALA	ALA	(chain A and (resid -1 through 13 or (resid 14...	A	A	-1 - 13	4 - 18
1	2	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain A and (resid -1 through 13 or (resid 14...	A	A	14	19
1	3	MET	MET	ILE	ILE	(chain A and (resid -1 through 13 or (resid 14...	A	A	-1 - 54	4 - 59
1	4	MET	MET	ILE	ILE	(chain A and (resid -1 through 13 or (resid 14...	A	A	-1 - 54	4 - 59
1	5	MET	MET	ILE	ILE	(chain A and (resid -1 through 13 or (resid 14...	A	A	-1 - 54	4 - 59
1	6	MET	MET	ILE	ILE	(chain A and (resid -1 through 13 or (resid 14...	A	A	-1 - 54	4 - 59
2	1	MET	MET	ILE	ILE	chain B	B	B	-1 - 54	4 - 59

#1: タンパク質	NTF2-like nuclease/anti-CRISPR 分子量: 6394.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridia bacterium (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B9TEE9
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 40% MPD, 0.2M ammonium nitrate, 10mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 108 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 1.02111 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.02111 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 9344 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 10.4 % / B_iso Wilson estimate: 82.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.112 / Χ²: 0.967 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 96848

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.8-2.9	10.7	0.906	920	0.837	0.289	0.953	0.828	100
2.9-3.02	10.6	0.651	909	0.921	0.207	0.684	0.861	100
3.02-3.15	10.6	0.347	930	0.969	0.111	0.364	0.943	100
3.15-3.32	10.6	0.226	909	0.984	0.072	0.237	0.945	99.8
3.32-3.53	10.5	0.158	922	0.99	0.051	0.167	1.037	99.8
3.53-3.8	10.5	0.125	938	0.994	0.04	0.132	0.988	99.6
3.8-4.18	10.4	0.11	933	0.995	0.035	0.116	1.016	99.4
4.18-4.79	10.3	0.085	951	0.996	0.026	0.089	0.982	99.2
4.79-6.03	10.2	0.086	945	0.996	0.027	0.091	1.034	98.1
6.03-50	9.4	0.084	987	0.995	0.029	0.09	1.045	92.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.32 Å	42.85 Å
Translation	3.32 Å	42.85 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.8.1	位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Robetta model

解像度: 2.801→42.854 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2463	933	10 %
R_work	0.2222	8401	-
obs	0.2247	9334	98.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 179.44 Å² / B_iso mean: 83.5074 Å² / B_iso min: 41.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.801→42.854 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	810	0	50	3	863
B_iso mean	-	-	101.08	61.74	-
残基数	-	-	-	-	112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	840
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.61	1138
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.563	501
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	149

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	476	X-RAY DIFFRACTION	9.32	TORSIONAL
1	2	B	476	X-RAY DIFFRACTION	9.32	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.8014-2.9491	0.3031	131	0.3065	1178	100
2.9491-3.1338	0.3559	132	0.2699	1191	100
3.1338-3.3757	0.271	131	0.2446	1172	100
3.3757-3.7152	0.2505	131	0.2158	1186	100
3.7152-4.2524	0.2664	132	0.2108	1197	99
4.2524-5.356	0.2006	137	0.1786	1224	99
5.356-42.8	0.2451	139	0.2477	1253	95

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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