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- PDB-7jt5: Mycobacterium tuberculosis dethiobiotin synthetase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jt5
タイトルMycobacterium tuberculosis dethiobiotin synthetase in complex with fragment analogue 9
要素ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / inhibitor / LIGASE / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dethiobiotin synthase BioD / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VJS / Dethiobiotin synthetase BioD
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pederick, J.P. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Inhibition of Mycobacterium tuberculosis Dethiobiotin Synthase ( Mt DTBS): Toward Next-Generation Antituberculosis Agents.
著者: Schumann, N.C. / Lee, K.J. / Thompson, A.P. / Salaemae, W. / Pederick, J.L. / Avery, T. / Gaiser, B.I. / Hodgkinson-Bean, J. / Booker, G.W. / Polyak, S.W. / Bruning, J.B. / Wegener, K.L. / Abell, A.D.
履歴
登録2020年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
B: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
C: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
D: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,90523
ポリマ－93,1434
非ポリマー2,76219
水7,170398
1
A: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
B: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,00112
ポリマ－46,5712
非ポリマー1,42910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA
2
C: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
D: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,90411
ポリマ－46,5712
非ポリマー1,3339
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area16910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.648, 105.023, 152.719
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD / DTB synthetase / DTBS / Dethiobiotin synthase


分子量: 23285.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: bioD, Rv1570, MTCY336.33c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WPQ5, dethiobiotin synthase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-VJS / {(1R,2R)-2-[4-(carboxymethyl)benzene-1-carbonyl]cyclopentyl}propanedioic acid


分子量: 334.321 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.2 - 1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8, 10-15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.17 Å / Num. obs: 61426 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 16.4 / Num. measured all: 815221 / Scaling rejects: 40
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.0513.61.4926118144880.8280.4181.551.9100
8.94-49.1712.30.026984579910.0070.02767.299.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.7 Å46.81 Å
Translation6.7 Å46.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.18.2-3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NMZ

6nmz


解像度: 2→46.81 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 3023 4.93 %
Rwork0.2035 58267 -
obs0.205 61290 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.17 Å2 / Biso mean: 42.4613 Å2 / Biso min: 25.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→46.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6242 0 175 398 6815
Biso mean--39.12 44.54 -
残基数----906
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.030.32391470.291425912738
2.03-2.060.32691670.276925992766
2.06-2.10.30811510.266325762727
2.1-2.140.31191300.259926362766
2.14-2.180.30561470.256325792726
2.18-2.220.26841300.2426422772
2.22-2.270.24161290.238625922721
2.27-2.330.30421250.232626672792
2.33-2.380.26821420.220825922734
2.38-2.450.22421270.223526382765
2.45-2.520.26291450.216526382783
2.52-2.60.26861150.22926342749
2.6-2.690.29561260.23626602786
2.69-2.80.29421140.230926632777
2.8-2.930.24851220.232126632785
2.93-3.080.27241480.221726412789
3.08-3.280.24851540.219526532807
3.28-3.530.22271460.210626212767
3.53-3.880.25371400.191626722812
3.89-4.450.18041390.169126902829
4.45-5.60.18861560.168427392895
5.6-46.810.18491230.170928813004

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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