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Yorodumi- PDB-6e05: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dethiobiotin synt... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 600000 | ||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dethiobiotin synthetase in complex with cytidine triphosphate solved by precipitant-ligand exchange (crystals grown in sulfate precipitant) | ||||||
Components | ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / enzyme / synthetase / nucleotide triphosphate binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Thompson, A.P. / Wegener, K.L. / Bruning, J.B. / Polyak, S.W. | ||||||
Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2018 Title: Precipitant-ligand exchange technique reveals the ADP binding mode in Mycobacterium tuberculosis dethiobiotin synthetase. Authors: Thompson, A.P. / Wegener, K.L. / Booker, G.W. / Polyak, S.W. / Bruning, J.B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6e05.cif.gz | 345.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6e05.ent.gz | 280.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6e05.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6e05_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6e05_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | 6e05_validation.xml.gz | 39.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6e05_validation.cif.gz | 54.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/6e05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/6e05 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6czdC 6e06C 6cveS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23473.914 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: bioD, Rv1570, MTCY336.33c / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: P9WPQ5, dethiobiotin synthase #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-CTP / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 1.2 - 1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8 and 10 - 15% glycerol. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: D03B-MX1 / Wavelength: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jun 28, 2018 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→52.65 Å / Num. obs: 31792 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.352 / Rpim(I) all: 0.102 / Rrim(I) all: 0.367 / Net I/σ(I): 7.1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6CVE Resolution: 2.5→48.979 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / Phase error: 29.6
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.56 Å2 / Biso mean: 40.5339 Å2 / Biso min: 8.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→48.979 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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