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- PDB-7jsl: Crystal structure of the DNA binding domain of human transcriptio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jsl
タイトルCrystal structure of the DNA binding domain of human transcription factor ERF in the oxidized form, in complex with double-stranded DNA ACCGGAAGTG
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
  • ETS domain-containing transcription factor ERF
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Transcription / Tumor suppressor / ETS family / repressor / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Oncogene Induced Senescence / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / ETS domain-containing transcription factor ERF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.51 Å
データ登録者Hou, C. / Tsodikov, O.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)PC150300 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA243529 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Insight into the DNA Binding Function of Transcription Factor ERF.
著者: Hou, C. / McCown, C. / Ivanov, D.N. / Tsodikov, O.V.
履歴
登録2020年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
J: ETS domain-containing transcription factor ERF
A: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
E: ETS domain-containing transcription factor ERF
F: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
H: ETS domain-containing transcription factor ERF
I: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
L: ETS domain-containing transcription factor ERF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,25012
ポリマ－81,25012
非ポリマー00
水00
1
B: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
J: ETS domain-containing transcription factor ERF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3123
ポリマ－20,3123
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area7850 Å2
手法PISA
2
A: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
E: ETS domain-containing transcription factor ERF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3123
ポリマ－20,3123
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area7860 Å2
手法PISA
3
F: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
H: ETS domain-containing transcription factor ERF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3123
ポリマ－20,3123
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area7860 Å2
手法PISA
4
I: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
L: ETS domain-containing transcription factor ERF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3123
ポリマ－20,3123
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area7890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.537, 128.464, 174.914
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')


分子量: 3094.042 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 2995.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質
ETS domain-containing transcription factor ERF / Ets2 repressor factor / PE-2


分子量: 14222.460 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal region GPHM is a leftover after affinity tag cleavage. The C-terminal region KLVL...SGSS is disordered.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P50548
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.1 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG 4000, 0.1M Hepes pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→50 Å / Num. obs: 8678 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 4.5→4.58 Å / Num. unique obs: 418 / CC1/2: 0.73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JSA

7jsa


解像度: 4.51→36.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 71.617 / SU ML: 0.784 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.899 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2642 434 5 %RANDOM
Rwork0.2243 ---
obs0.2263 8243 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 347.29 Å2 / Biso mean: 212.875 Å2 / Biso min: 138.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.08 Å2-0 Å20 Å2
2--1.2 Å2-0 Å2
3---1.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.51→36.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2888 1612 0 0 4500
残基数----409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0124778
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0183679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0871.4536763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2131.9428533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4485325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.68820.625192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.02515558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5481528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021173
LS精密化 シェル解像度: 4.512→4.628 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 19 -
Rwork0.367 563 -
all-582 -
obs--94.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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