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万見
- PDB-7jri: High-resolution Crystal Structures of Transient Intermediates in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jri
タイトルHigh-resolution Crystal Structures of Transient Intermediates in the Phytochrome Photocycle, 33 ms structure
要素Photoreceptor-histidine kinase BphP
キーワードSIGNALING PROTEIN / light perception / red light receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of visible light / histidine kinase / photoreceptor activity / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily ...Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3Q8 / BENZAMIDINE / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schmidt, M. / Stojkovic, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF-1231306 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: High-resolution crystal structures of transient intermediates in the phytochrome photocycle.
著者: Carrillo, M. / Pandey, S. / Sanchez, J. / Noda, M. / Poudyal, I. / Aldama, L. / Malla, T.N. / Claesson, E. / Wahlgren, W.Y. / Feliz, D. / Srajer, V. / Maj, M. / Castillon, L. / Iwata, S. / ...著者: Carrillo, M. / Pandey, S. / Sanchez, J. / Noda, M. / Poudyal, I. / Aldama, L. / Malla, T.N. / Claesson, E. / Wahlgren, W.Y. / Feliz, D. / Srajer, V. / Maj, M. / Castillon, L. / Iwata, S. / Nango, E. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Fangjia, L. / Tono, K. / Owada, S. / Westenhoff, S. / Stojkovic, E.A. / Schmidt, M.
履歴
登録2020年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoreceptor-histidine kinase BphP
B: Photoreceptor-histidine kinase BphP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2615
ポリマ－103,9632
非ポリマー1,2983
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area43770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.690, 83.400, 86.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Photoreceptor-histidine kinase BphP / PCM Myxobacterial Phytochrome


分子量: 51981.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
株: DW4/3-1 / 遺伝子: STIAU_8420
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q09E27
#2: 化合物 ChemComp-3Q8 / 3-[2-[[5-[[(3E,4S)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl]methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl]-5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 41817

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 % / 解説: plates (5 x 5 x 10 um**3)
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: 0.17 M Ammonium acetate, 0.085 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 25.5% w/v Polyethylene glycol 4000, 15% v/v Glycerol (cryo-screen solution) and 3 % w/v Benzamidine Hydrochloride ...詳細: 0.17 M Ammonium acetate, 0.085 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 25.5% w/v Polyethylene glycol 4000, 15% v/v Glycerol (cryo-screen solution) and 3 % w/v Benzamidine Hydrochloride mixed with 60 mg/mL protein (3:2) protein to mother liquor ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.38 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 68919 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 449.4 % / CC1/2: 0.994 / R split: 0.094 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 203 % / Num. unique obs: 2561 / CC1/2: 0.31 / R split: 1.12 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementPulse duration: 10 fsec.
Serial crystallography sample delivery解説: Folded in Nuclear Grade Grease / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: nuclear grade grease / Crystal conc.: 1000 / 解説: viscous jet extrusion / Flow rate: 4 µL/min / Injector diameter: 100 µm / Injector temperature: 293 K / Jet diameter: 100 µm / Power by: HPLC / Preparation: crytals folded in viscous medium
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 89389 / Frames indexed: 41817

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PTQ

6ptq


解像度: 2.4→24.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 16.929 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.86 / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33349 1792 4.7 %RANDOM
Rwork0.29241 ---
obs0.29435 36457 85.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.116 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20 Å20.32 Å2
2---0.57 Å2-0 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→24.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7320 0 95 99 7514
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0137739
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0177364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.121.6810575
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2331.5916932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.2775971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.7319.95400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg28.073151179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2991580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.210.2945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021661
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.872.3213878
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8682.3213877
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0673.4784848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0673.4794849
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4192.4133861
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4192.4143862
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3933.5795727
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.11528.3499272
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.11828.3769264
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.577 103 -
Rwork0.451 2131 -
obs--68.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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