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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jr9 | ||||||||||||
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タイトル | Chlamydomonas reinhardtii radial spoke minimal head complex | ||||||||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Cilia / Radial spoke / Mechano-regulation | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() radial spoke head / radial spoke / kinocilium / cilium movement involved in cell motility / motile cilium assembly / axoneme assembly / motile cilium / axoneme / spermatid development / membrane ...radial spoke head / radial spoke / kinocilium / cilium movement involved in cell motility / motile cilium assembly / axoneme assembly / motile cilium / axoneme / spermatid development / membrane / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å | ||||||||||||
![]() | Grossman-Haham, I. / Coudray, N. / Yu, Z. / Wang, F. / Bhabha, G. / Vale, R.D. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the radial spoke head and insights into its role in mechanoregulation of ciliary beating. 著者: Iris Grossman-Haham / Nicolas Coudray / Zanlin Yu / Feng Wang / Nan Zhang / Gira Bhabha / Ronald D Vale / ![]() 要旨: Motile cilia power cell locomotion and drive extracellular fluid flow by propagating bending waves from their base to tip. The coordinated bending of cilia requires mechanoregulation by the radial ...Motile cilia power cell locomotion and drive extracellular fluid flow by propagating bending waves from their base to tip. The coordinated bending of cilia requires mechanoregulation by the radial spoke (RS) protein complexes and the microtubule central pair (CP). Despite their importance for ciliary motility across eukaryotes, the molecular function of the RSs is unknown. Here, we reconstituted the Chlamydomonas reinhardtii RS head that abuts the CP and determined its structure using single-particle cryo-EM to 3.1-Å resolution, revealing a flat, negatively charged surface supported by a rigid core of tightly intertwined proteins. Mutations in this core, corresponding to those involved in human ciliopathies, compromised the stability of the recombinant complex, providing a molecular basis for disease. Partially reversing the negative charge on the RS surface impaired motility in C. reinhardtii. We propose that the RS-head architecture is well-suited for mechanoregulation of ciliary beating through physical collisions with the CP. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 233.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 188.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 758.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 764 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Radial spoke protein ... , 2種, 3分子 ABE
#1: タンパク質 | 分子量: 29572.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RSP9, CHLRE_07g330200v5, CHLREDRAFT_182960 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q27YU5 #6: タンパク質 | | 分子量: 23553.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RSP10, CHLRE_01g005450v5, CHLREDRAFT_185792 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q27YU4 |
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-Flagellar radial spoke protein ... , 4種, 4分子 CDFG
#2: タンパク質 | 分子量: 52159.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RSP4 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q01656 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 48884.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RSP6 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q01657 |
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 698.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: タンパク質・ペプチド | 分子量: 528.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: radial spoke minimal head complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 30 mM HEPES, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 0.001 mm |
撮影 | 電子線照射量: 73.3 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2886 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 30 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 35 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1775590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 251088 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |