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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jr8 | ||||||
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タイトル | H-PDGS complexed with a 2-phenylimidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide inhibitors | ||||||
要素 | Hematopoietic prostaglandin D synthase | ||||||
キーワード | Isomerase (異性化酵素) / Transferase/Inhibitor / Hematopoietic prostaglandin D2 synthase / inhibitor (酵素阻害剤) / Transferase-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 プロスタグランジン-Dシンターゼ / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / 薬物代謝 / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / locomotory behavior ...プロスタグランジン-Dシンターゼ / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / 薬物代謝 / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / locomotory behavior / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / magnesium ion binding / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / 核質 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.13 Å | ||||||
データ登録者 | Nolte, R.T. / Somers, D.O. / Gampe, R.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2021 タイトル: A knowledge-based, structural-aided discovery of a novel class of 2-phenylimidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide H-PGDS inhibitors. 著者: Schulte, C.A. / Deaton, D.N. / Diaz, E. / Do, Y. / Gampe, R.T. / Guss, J.H. / Hancock, A.P. / Hobbs, H. / Hodgson, S.T. / Holt, J. / Jeune, M.R. / Kahler, K.M. / Kramer, H.F. / Le, J. / ...著者: Schulte, C.A. / Deaton, D.N. / Diaz, E. / Do, Y. / Gampe, R.T. / Guss, J.H. / Hancock, A.P. / Hobbs, H. / Hodgson, S.T. / Holt, J. / Jeune, M.R. / Kahler, K.M. / Kramer, H.F. / Le, J. / Mortenson, P.N. / Musetti, C. / Nolte, R.T. / Orband-Miller, L.A. / Peckham, G.E. / Petrov, K.G. / Pietrak, B.L. / Poole, C. / Price, D.J. / Saxty, G. / Shillings, A. / Smalley Jr., T.L. / Somers, D.O. / Stewart, E.L. / Stuart, J.D. / Thomson, S.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jr8.cif.gz | 356.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jr8.ent.gz | 244.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jr8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/7jr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/7jr8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 23427.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPGDS, GSTS, PGDS, PTGDS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O60760, プロスタグランジン-Dシンターゼ, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ |
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-非ポリマー , 7種, 608分子
#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein buffer 50mM TRIS pH 7.5 50mM NaCl ammneded with 15mM GSH, 5mM MgCl2, 5mM DTT, 1mM EDTA Well Buffer 20-32% PEG 6K, 1% 1,4 DIOXANE, 10mM DTT, 5% EG, 50mM TRIS pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.078 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.13→32.55 Å / Num. obs: 129853 / % possible obs: 84.58 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 6.85 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 13.11 |
反射 シェル | 解像度: 1.13→1.17 Å / 冗長度: 1.7 % / Num. unique obs: 7258 / CC1/2: 0.84 / CC star: 0.955 / % possible all: 49.01 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.13→32.55 Å / SU ML: 0.0629 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 12.6764 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.13→32.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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