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- PDB-6keq: Crystal structure of D113A mutant of Drosophila melanogaster Nopp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6keq
タイトルCrystal structure of D113A mutant of Drosophila melanogaster Noppera-bo, glutathione S-transferase epsilon 14 (DmGSTE14), in apo-form
要素Glutathione S-transferase E14
キーワードTRANSFERASE / Glutathione / Glutathione S-transferase / GST
機能・相同性
機能・相同性情報


ecdysteroid biosynthetic process / steroid Delta-isomerase activity / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cholesterol homeostasis / response to toxic substance / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione S-transferase E14
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Koiwai, K. / Inaba, K. / Morohashi, K. / Yumoto, F. / Niwa, R. / Senda, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)18am0101113j0002 日本
Japan Society for the Promotion of Science15K14719 日本
Japan Society for the Promotion of Science18K19163 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: An integrated approach to unravel a crucial structural property required for the function of the insect steroidogenic Halloween protein Noppera-bo.
著者: Koiwai, K. / Inaba, K. / Morohashi, K. / Enya, S. / Arai, R. / Kojima, H. / Okabe, T. / Fujikawa, Y. / Inoue, H. / Yoshino, R. / Hirokawa, T. / Kato, K. / Fukuzawa, K. / Shimada-Niwa, Y. / ...著者: Koiwai, K. / Inaba, K. / Morohashi, K. / Enya, S. / Arai, R. / Kojima, H. / Okabe, T. / Fujikawa, Y. / Inoue, H. / Yoshino, R. / Hirokawa, T. / Kato, K. / Fukuzawa, K. / Shimada-Niwa, Y. / Nakamura, A. / Yumoto, F. / Senda, T. / Niwa, R.
履歴
登録2019年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年4月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms ...atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.occupancy / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Polymer geometry / 詳細: Gln123 in the chain BA was flipped. / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.22020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Glutathione S-transferase E14
BA: Glutathione S-transferase E14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0002
ポリマ－55,0002
非ポリマー00
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, homodimer, gel filtration, homodimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.717, 75.476, 107.114
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase E14 / Protein noppera-bo


分子量: 27499.756 Da / 分子数: 2 / 変異: D113A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: GstE14, GSTD14-14, nobo, CG4688 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7JYX0, glutathione transferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Authors state that the conflicts are due to natural valiant.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 % / 解説: Orthorhombic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 42.5% (v/v) PPG400, 100 mM Bis-Tris, and pH 6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月29日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.838→46.34 Å / Num. obs: 42116 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 31.41 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 21.31
反射 シェル解像度: 1.838→1.904 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 4095 / CC1/2: 0.837 / Rpim(I) all: 0.306 / Rrim(I) all: 1.141 / % possible all: 98.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KEM

6kem


解像度: 1.84→46.34 Å / SU ML: 0.2525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.6499
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2405 2165 5.14 %Random selection
Rwork0.208 39937 --
obs0.2097 42102 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→46.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3477 0 0 174 3651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00473579
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72164862
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0434555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.29282938
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.880.37371390.30972557X-RAY DIFFRACTION97.86
1.88-1.930.35981440.30392606X-RAY DIFFRACTION99.78
1.93-1.980.29421570.28092623X-RAY DIFFRACTION99.93
1.98-2.040.29691410.25832649X-RAY DIFFRACTION99.96
2.04-2.10.29651470.26922621X-RAY DIFFRACTION99.82
2.1-2.180.28341370.24932659X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.270.32961530.24182608X-RAY DIFFRACTION99.89
2.27-2.370.26041330.22722660X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.490.32151350.22412654X-RAY DIFFRACTION99.96
2.49-2.650.241400.22042662X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.860.25021550.2192651X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.140.26381580.21692673X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.60.20881450.20452714X-RAY DIFFRACTION100
3.6-4.530.17361420.15922738X-RAY DIFFRACTION100
4.53-46.340.21561390.18232862X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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