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- PDB-7jr6: H-PDGS complexed with a 2-phenylimidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jr6
タイトルH-PDGS complexed with a 2-phenylimidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide inhibitors
要素Hematopoietic prostaglandin D synthase
キーワードIsomerase / Transferase/Inhibitor / Hematopoietic prostaglandin D2 synthase / inhibitor / Transferase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / locomotory behavior ...prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / locomotory behavior / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / magnesium ion binding / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Chem-VH4 / Hematopoietic prostaglandin D synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Nolte, R.T. / Somers, D.O. / Gampe, R.T.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: A knowledge-based, structural-aided discovery of a novel class of 2-phenylimidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide H-PGDS inhibitors.
著者: Schulte, C.A. / Deaton, D.N. / Diaz, E. / Do, Y. / Gampe, R.T. / Guss, J.H. / Hancock, A.P. / Hobbs, H. / Hodgson, S.T. / Holt, J. / Jeune, M.R. / Kahler, K.M. / Kramer, H.F. / Le, J. / ...著者: Schulte, C.A. / Deaton, D.N. / Diaz, E. / Do, Y. / Gampe, R.T. / Guss, J.H. / Hancock, A.P. / Hobbs, H. / Hodgson, S.T. / Holt, J. / Jeune, M.R. / Kahler, K.M. / Kramer, H.F. / Le, J. / Mortenson, P.N. / Musetti, C. / Nolte, R.T. / Orband-Miller, L.A. / Peckham, G.E. / Petrov, K.G. / Pietrak, B.L. / Poole, C. / Price, D.J. / Saxty, G. / Shillings, A. / Smalley Jr., T.L. / Somers, D.O. / Stewart, E.L. / Stuart, J.D. / Thomson, S.A.
履歴
登録2020年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hematopoietic prostaglandin D synthase
B: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,36610
ポリマ－46,8562
非ポリマー1,5108
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area17940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.872, 67.997, 69.096
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.831, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hematopoietic prostaglandin D synthase / H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / ...H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / Glutathione-requiring prostaglandin D synthase / Prostaglandin-H2 D-isomerase


分子量: 23427.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPGDS, GSTS, PGDS, PTGDS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60760, prostaglandin-D synthase, glutathione transferase

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非ポリマー , 5種, 377分子

#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-VH4 / 1-(3-fluorophenyl)-N-[trans-4-(2-hydroxypropan-2-yl)cyclohexyl]-1,4,6,7-tetrahydro-5H-pyrazolo[4,3-c]pyridine-5-carboxamide


分子量: 400.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29FN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein diluted to 10mG/mL in 15mM GSH, 50mM TRIS pH 7.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, 5mM DTT, 1mM EDTA Well Buffer 22% PEG 6K, 1% 1,4 DIOXANE, 10mM DTT, 5% Glycerol, 50mM TRIS pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→37.57 Å / Num. obs: 34104 / % possible obs: 82.54 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.66 Å2 / CC1/2: 0.932 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06436 / Net I/σ(I): 11.35
反射 シェル解像度: 1.88→1.947 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.048 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 1625 / CC1/2: 0.592 / CC star: 0.862 / % possible all: 44.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.88→37.57 Å / SU ML: 0.222 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.4773
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2227 1764 5.83 %
Rwork0.1763 28499 -
obs0.179 30263 82.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→37.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3244 0 102 369 3715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00533463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67974725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0419515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.38581253
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.930.3032770.25941102X-RAY DIFFRACTION42.46
1.93-1.990.2703760.23991454X-RAY DIFFRACTION54.41
1.99-2.050.28361000.22811783X-RAY DIFFRACTION67.08
2.05-2.130.26891160.22462116X-RAY DIFFRACTION79.32
2.13-2.210.27791570.21472352X-RAY DIFFRACTION89.48
2.21-2.310.2641620.20972413X-RAY DIFFRACTION92
2.31-2.430.26821580.19242464X-RAY DIFFRACTION93.04
2.43-2.580.22661500.17222516X-RAY DIFFRACTION95.11
2.59-2.780.241580.17962564X-RAY DIFFRACTION96.56
2.78-3.060.22471650.18122602X-RAY DIFFRACTION97.67
3.06-3.510.22251260.16132159X-RAY DIFFRACTION80.69
3.51-4.420.17931630.13962280X-RAY DIFFRACTION86.08
4.42-37.570.19151560.16132694X-RAY DIFFRACTION98.51
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.769563393860.447769453623-0.5210450991742.863349151141.203734047041.10562173206-0.2217878231990.370285067293-0.423010619353-0.6446350134870.631875155926-0.855085407066-0.3376704073420.4861684375830.0304757972510.180030447681-0.06531072627650.07173948755140.24856568507-0.1624155621910.33453164284662.99402870145.3696684536468.7918991562
23.290747684390.158812858486-0.2751393143673.950521433020.7181698396414.48728238837-0.06004151143980.00220360084404-0.290189032680.02561207910240.1445889968060.447046341783-0.00467758082402-0.211791140608-0.1007476520350.127629415287-0.001553476910720.006180863732230.113361458377-0.02704773871710.18054006492347.7480573482.167697303875.7818525957
33.058810879240.565495710223-0.5367697595473.980371371570.7270549378772.65512220703-0.0405928039311-0.316868361825-0.7267887969690.370262060720.189874956512-0.07113639857480.5664435663960.1265441225890.003376308439850.2374461434310.028855713574-0.05038208416760.171024290494-0.009612970359680.35559760394451.36370104-11.42367908875.528025635
43.43114277487-0.381703567675-0.2432794697872.253850888280.8634621888471.65577338052-0.243511528445-0.414976950821-0.5022047505350.414667742897-0.0510664040510.5287712067610.20834262431-0.275149562870.01997221273960.2268237142650.03066492028060.09412331424170.2300692365960.03207118547670.24197120386341.95700813368.5309667422288.2280038707
50.6293402745090.522061609481-0.04666750148672.85041811149-1.638599455021.769572246120.0061873599181-0.687376346609-0.2441549362110.396327518604-0.0977252665593-0.4412324292240.244892552660.3889969266170.3767015709090.3957652546050.101540129412-0.07127217405270.4490925848260.09873190387690.18838874644563.7943230698.0787135492295.1146656762
62.276988546410.579863085962-0.1083027803122.292240730970.792505540422.208545497380.089940628835-0.8712490970270.6992991205210.5196094333040.03294858469510.126568642458-0.1314989112750.264582909719-0.03514532014410.278871595850.07123455172320.01667789152190.323259641277-0.09273485083870.069201997460452.193942788320.847316884293.0889062534
73.878038300781.359669020630.7046351231479.37700212355-1.371900507728.656765256370.863779328361-0.466707273916-0.6211967974690.747689595284-0.220658735310.471936001360.702900446778-0.530055691787-0.5798614604920.5293989579540.1265170702750.06059348851620.7659117928280.2062677018090.40291092777149.99403720033.7031461672597.9340378736
89.135289893726.342201509858.387758775917.003360932047.865995381929.308196931780.2564902918230.702181544824-0.9477651620620.5511769104760.884518552675-0.105201059719-0.5042933632271.52894957566-0.9688853842180.357060579302-0.002789808100940.06057704381860.6622430998750.1836379599460.76614745429264.3287008579-3.8723539092479.1578434479
94.625699338063.524009827951.788557859138.82787917767-0.8186614228297.43081455676-0.545766261675-0.762971064217-1.184312331090.278254643780.422872326739-1.6250335462-0.4633853225690.3251819123530.04828928673520.367012744060.128597720304-0.1390498789180.370237305083-0.1467743914830.59652111169563.82557424023.1447446972879.6376984144
101.461339829931.401426300571.442832273021.74843227990.9617378144281.886050957330.0815403956785-0.923389706995-0.3009003944960.72509930139-0.469505226561-0.05610150522330.256061028022-0.0429864548486-0.01672564562691.026048126360.2895101274260.6147110791750.5585230627820.578572476588-0.19162680883646.80284935780.12305656612992.7019114753
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 63 )AA0 - 631 - 64
22chain 'A' and (resid 64 through 104 )AA64 - 10465 - 105
33chain 'A' and (resid 105 through 199 )AA105 - 199106 - 200
44chain 'B' and (resid 0 through 104 )BB0 - 1041 - 112
55chain 'B' and (resid 105 through 135 )BB105 - 135113 - 146
66chain 'B' and (resid 136 through 199 )BB136 - 199147 - 210
77chain 'L' and resid 1LE1
88chain 'L' and resid 2LF2
99chain 'G' and resid 1GC1
1010chain 'G' and resid 2GD2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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