+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jqs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Abeta 16-36 beta-hairpin mimic with E22delta Osaka mutation | ||||||
要素 | Abeta 16-36 beta-hairpin mimic VAL-ORN-LYS-LEU-VAL-MEA-PHE-ALA-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / Alzheimer's disease / amyloid / Abeta / oligomer / familial mutant | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.127 Å | ||||||
データ登録者 | Kreutzer, A.G. / McKnelly, K.J. / Nowick, J.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022 タイトル: Effects of Familial Alzheimer's Disease Mutations on the Assembly of a beta-Hairpin Peptide Derived from A beta 16-36 . 著者: McKnelly, K.J. / Kreutzer, A.G. / Howitz, W.J. / Haduong, K. / Yoo, S. / Hart, C. / Nowick, J.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jqs.cif.gz | 21.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7jqs.ent.gz | 13.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jqs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jqs_validation.pdf.gz | 420.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7jqs_full_validation.pdf.gz | 420.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jqs_validation.xml.gz | 3.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jqs_validation.cif.gz | 3.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/7jqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/7jqs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| x 6||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1780.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: calcium chloride, sodium acetate, isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123.15 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月21日 |
放射 | モノクロメーター: Cu anode / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.127→21.13 Å / Num. obs: 1928 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 156.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.003903 / Net I/σ(I): 52.34 |
反射 シェル | 解像度: 2.127→2.203 Å / Rmerge(I) obs: 0.02676 / Num. unique obs: 110 / CC1/2: 0.998 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7JQR 解像度: 2.127→21.126 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.58 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 187.04 Å2 / Biso mean: 62.8721 Å2 / Biso min: 28.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.127→21.126 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1275→21.126 Å / Rfactor Rfree error: 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.8749 Å / Origin y: 13.4856 Å / Origin z: 27.2153 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: chain 'A' and (resid 1 through 16 ) |