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- PDB-7jqr: Abeta 16-36 beta-hairpin mimic with E22G Arctic mutation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jqr
タイトルAbeta 16-36 beta-hairpin mimic with E22G Arctic mutation
要素Abeta 16-36 beta-hairpin mimic VAL-ORN-LYS-LEU-VAL-MEA-PHE-ALA-GLY-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / Alzheimer's disease (アルツハイマー病) / amyloid (アミロイド) / Abeta (アミロイドβ) / oligomer (オリゴマー) / familial mutant
機能・相同性IODIDE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Kreutzer, A.G. / McKnelly, K.J. / Nowick, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097562 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Effects of Familial Alzheimer's Disease Mutations on the Assembly of a beta-Hairpin Peptide Derived from A beta 16-36 .
著者: McKnelly, K.J. / Kreutzer, A.G. / Howitz, W.J. / Haduong, K. / Yoo, S. / Hart, C. / Nowick, J.S.
履歴
登録2020年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Abeta 16-36 beta-hairpin mimic VAL-ORN-LYS-LEU-VAL-MEA-PHE-ALA-GLY-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1034
ポリマ－1,7221
非ポリマー3813
水28816
1
A: Abeta 16-36 beta-hairpin mimic VAL-ORN-LYS-LEU-VAL-MEA-PHE-ALA-GLY-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,61824
ポリマ－10,3336
非ポリマー2,28418
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_456z-1/2,-x+1/2,-y+11
crystal symmetry operation12_565-y+1/2,-z+1,x+1/21
crystal symmetry operation13_456y-1/4,x+1/4,-z+5/41
crystal symmetry operation18_545-x+1/4,z-1/4,y+1/41
crystal symmetry operation24_555-z+3/4,-y+3/4,-x+3/41
Buried area4830 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area6050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.219, 47.219, 47.219
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

IOD

21A-102-

IOD

31A-212-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Abeta 16-36 beta-hairpin mimic VAL-ORN-LYS-LEU-VAL-MEA-PHE-ALA-GLY-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-MET


分子量: 1722.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: calcium chloride, sodium acetate, isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 123.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月13日
放射モノクロメーター: Cu anode / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→19.28 Å / Num. obs: 2070 / % possible obs: 99.37 % / 冗長度: 90.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01235 / Rrim(I) all: 0.01747 / Net I/σ(I): 65.87
反射 シェル解像度: 2.075→2.149 Å / Num. unique obs: 126 / CC1/2: 0.999 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3908精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.07→19.28 Å / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 203 9.81 %
Rwork0.2029 1867 -
obs0.208 2070 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.73 Å2 / Biso mean: 40.8307 Å2 / Biso min: 20.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.07→19.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数120 0 3 16 139
Biso mean--81.87 43.12 -
残基数----16
LS精密化 シェル解像度: 2.075→2.149 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 203 -
Rwork0.2381 1867 -
all-2070 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.6285 Å / Origin y: 13.1734 Å / Origin z: 27.118 Å
111213212223313233
T0.2413 Å20.0003 Å20.0146 Å2-0.2553 Å2-0.0506 Å2--0.2632 Å2
L7.1898 °21.0568 °2-1.8825 °2-9.0501 °2-4.2409 °2--5.7066 °2
S-0.1453 Å °-0.1334 Å °-0.3466 Å °0.4806 Å °0.1761 Å °-0.2847 Å °0.0287 Å °0.4571 Å °0.0589 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A' and (resid 1 through 16 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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