PDB-7jqh: Structure of wild type Glyoxylate/Hydroxypyruvate reductase A fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jqh

タイトル

Structure of wild type Glyoxylate/Hydroxypyruvate reductase A from Escherichia Coli in complex with phosphate and NADP+

要素

Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxypyruvate reductase (NADPH) activity / hydroxypyruvate reductase / glyoxylate reductase (NADP+) / hydroxypyruvate reductase (NADH) activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Vuksanovic, N. / Silvaggi, N.R.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of wild type Glyoxylate/Hydroxypyruvate reductase A from Escherichia Coli in complex with phosphate and NADP+
著者: Vuksanovic, N. / Silvaggi, N.R.

履歴

登録	2020年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jqh.cif.gz	240.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jqh.ent.gz	160 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7jqh_validation.pdf.gz	747.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jqh_full_validation.pdf.gz	747.9 KB	表示
XML形式データ	7jqh_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	7jqh_validation.cif.gz	25.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/7jqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/7jqh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kboS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7jqi-1 6ovl-1 6p35-1 3kbo-2 6oxn-1 3kbo-1 3cx6-d 3n7u-6 3mgx-d 4m0u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A

ヘテロ分子

38.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A

ヘテロ分子

A: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.768, 158.768, 97.699
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-582- HOH

#1: タンパク質	Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A / 2-ketoacid reductase 分子量: 37038.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 株: BL21(DE3) / 遺伝子: ghrA, ECBD_2566 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A140NAE3, glyoxylate reductase (NADP+), hydroxypyruvate reductase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.49 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.4M NaH2PO4/K2HPO4 pH 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.999→46.03 Å / Num. obs: 49378 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.45 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 28.3
反射シェル	解像度: 1.999→2.07 Å / Num. unique obs: 4836 / CC_1/2: 0.979 / CC star: 0.995

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KBO

3kbo

解像度: 2→46.03 Å / SU ML: 0.1353 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.0221
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1737	2000	4.05 %
R_work	0.1528	47370	-
obs	0.1536	49370	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→46.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2480	0	69	306	2855

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0144	2617
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2797	3577
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	384
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0101	457
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.645	1539

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.206	139	0.1699	3314	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.05-2.1	0.1865	141	0.1598	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.17	0.1803	141	0.1558	3356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.1956	140	0.1448	3321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.32	0.176	141	0.1353	3341	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.41	0.1682	142	0.1376	3344	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.52	0.1682	142	0.1449	3362	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.52-2.65	0.1703	140	0.1463	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.82	0.1959	143	0.159	3362	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.03	0.2108	143	0.1648	3380	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.34	0.1644	143	0.1652	3397	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.82	0.1585	144	0.148	3427	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.82	0.1399	147	0.1286	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
4.82-46.03	0.1957	154	0.1785	3645	X-RAY DIFFRACTION	99.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0173814300659	0.0197025757174	0.0124343782276	0.0205144594189	0.0057771808501	0.0203435811423	0.162375544341	0.352185249441	0.00507055567627	-0.125548740828	0.0205922510861	-0.0175322611779	-0.113324600977	-0.221674302995	-2.20916806534E-8	0.0472510150304	0.015877819642	-0.0188291489982	0.320921839433	0.0769383797457	0.112809931296	-15.5014034597	66.7334600012	-43.682831741
2	-0.00570802267642	0.00447067162825	-0.00986836986571	0.00461317436644	-0.00505926306301	0.00585209310613	0.000117168819634	0.138030128275	0.0345367690037	0.0645052603496	0.0453339368408	0.0138406062176	0.0258400487511	-0.0371395420035	6.17884858082E-8	0.0681818409761	-0.025143921258	0.00220984925306	0.157101614008	-0.0395218113624	0.0965055144909	-11.3649672889	59.0293589039	-32.8571231362
3	0.0315930578781	-0.0395584761152	-0.00633190785109	0.105578902152	0.0220538886208	0.0199307008958	0.0150085638264	-0.017737932977	0.0116831238449	0.0301500438343	-0.00554240907556	-0.00724039958693	0.0438438307074	0.0232707588026	-2.38600570457E-9	0.0726955579348	-0.023425667584	0.00673132858008	0.103893652778	-0.00178747525691	0.0830651407464	-20.1935639704	67.9867180649	-4.15367081045
4	0.0160816058203	-0.0113672039185	0.0174517339071	0.0297017868015	0.000634262732526	0.0126066245622	-0.0145538094644	0.054671500032	-0.155720337351	0.0373612846909	-0.00668185872493	0.0893122321116	0.138729953933	-0.00143695880625	7.41044622445E-8	0.114872808324	-0.0270464901894	0.0175551359226	0.0921739193057	0.00836657958637	0.15802772899	-22.0044967871	54.2400352612	-9.92164533391
5	0.003215888055	-0.00389155987401	0.00106511042512	0.00498774957205	-0.00372126360794	0.00300557908701	-0.00308256315355	0.0372287161018	-0.0805984467489	0.0230884596265	0.027265491857	0.0828961327724	0.000695856991744	-0.00723975557223	-5.54568012065E-7	0.128955436643	-0.0422957644836	0.00754504245608	0.123965986731	-0.0154519922577	0.132349858246	-30.0479247351	57.7732638336	-13.6038994083
6	0.0226376741568	-0.0223545751042	0.000546779843655	0.0162687439908	0.00259964437886	0.00940280785933	0.0656621357782	-0.00582710550159	-0.00340223986432	-0.0835333264507	-0.0839712364078	0.00817144859363	-0.00986343662288	-0.0997720982928	-2.16111804979E-7	0.104683092499	-0.0463035676351	-0.00211498957228	0.158717360086	-0.0212679379454	0.124230055032	-32.1300301295	62.0599077979	-16.5446651523
7	-0.000471572299256	-0.00220402600333	-0.0187569851115	-0.000720599675307	-0.0111453004034	0.00705511789336	0.060899921242	0.00524044837741	0.012904143151	0.108370525152	0.0758562613044	0.00318983037446	-0.0992627402017	0.00482431938266	1.66068191617E-7	0.131932271893	0.00763355505232	0.032988496652	0.174462544799	0.0089280785484	0.164180945696	-6.26109167832	69.3515661551	-31.1820189622

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 58 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 94 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 95 through 196 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 197 through 241 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 242 through 260 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 261 through 281 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 282 through 312 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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