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- PDB-7jor: Neutron structure of ferric Dehaloperoxidase B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jor
タイトルNeutron structure of ferric Dehaloperoxidase B
要素Dehaloperoxidase B
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxidase / peroxygenase / substrate / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Dehaloperoxidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Amphitrite ornata (無脊椎動物)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Carey, L.M. / Ghiladi, R.A. / Meilleur, F. / Myles, D.A.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1150709 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Complementarity of neutron, XFEL and synchrotron crystallography for defining the structures of metalloenzymes at room temperature.
著者: Moreno-Chicano, T. / Carey, L.M. / Axford, D. / Beale, J.H. / Doak, R.B. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ebrahim, A. / Henning, R.W. / Monteiro, D.C.F. / Myles, D.A. / Owada, S. / Sherrell, D.A. / ...著者: Moreno-Chicano, T. / Carey, L.M. / Axford, D. / Beale, J.H. / Doak, R.B. / Duyvesteyn, H.M.E. / Ebrahim, A. / Henning, R.W. / Monteiro, D.C.F. / Myles, D.A. / Owada, S. / Sherrell, D.A. / Straw, M.L. / Srajer, V. / Sugimoto, H. / Tono, K. / Tosha, T. / Tews, I. / Trebbin, M. / Strange, R.W. / Weiss, K.L. / Worrall, J.A.R. / Meilleur, F. / Owen, R.L. / Ghiladi, R.A. / Hough, M.A.
履歴
登録2020年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehaloperoxidase B
B: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1825
ポリマ－30,8292
非ポリマー1,3533
水82946
1
A: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1513
ポリマ－15,4141
非ポリマー7372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0312
ポリマ－15,4141
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.444, 66.120, 68.377
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dehaloperoxidase B


分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: mPEG 2000, ammonium sulfate, cacodylate buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: ORNL High Flux Isotope Reactor / ビームライン: CG4D / 波長: 2-4.5
検出器タイプ: MAATEL IMAGINE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年7月7日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
121
24.51
反射解像度: 1.95→17.23 Å / Num. obs: 15930 / % possible obs: 79.2 % / 冗長度: 5.4 % / Rpim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 3.7 % / Num. unique obs: 1900 / Rpim(I) all: 20.3 / % possible all: 66.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.0精密化
SCALAv1.0データスケーリング
PHASERv1.0位相決定
LAUEGENデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: room temperature x-ray structure

解像度: 2.05→17.23 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 -11 %
Rwork0.2491 --
obs-15930 77.6 %
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0254937
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.5738788
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.0931367
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056318
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.005920
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0501-2.12320.31931330.28591072NEUTRON DIFFRACTION69
2.1232-2.20810.30621140.30761157NEUTRON DIFFRACTION73
2.2081-2.30830.37041270.2771173NEUTRON DIFFRACTION75
2.3083-2.42970.3311360.28571194NEUTRON DIFFRACTION76
2.4297-2.58150.30211240.26541175NEUTRON DIFFRACTION75
2.5815-2.780.3231310.27261206NEUTRON DIFFRACTION76
2.78-3.05840.29731480.27571292NEUTRON DIFFRACTION81
3.0584-3.49780.3131570.24261396NEUTRON DIFFRACTION87
3.4978-4.39470.22861640.19281497NEUTRON DIFFRACTION92
4.3947-17.23340.22651760.20171552NEUTRON DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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