[日本語] English
万見
- PDB-7jmw: Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding do... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jmw
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain in complex with cross-neutralizing antibody COVA1-16 Fab
要素
  • COVA1-16 heavy chain
  • COVA1-16 light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / Antibody / Spike / Coronavirus / COVID-19 / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Liu, H. / Yuan, M. / Zhu, X. / Wu, N.C. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI139445 米国
引用
ジャーナル: Immunity / 年: 2020
タイトル: Cross-Neutralization of a SARS-CoV-2 Antibody to a Functionally Conserved Site Is Mediated by Avidity.
著者: Hejun Liu / Nicholas C Wu / Meng Yuan / Sandhya Bangaru / Jonathan L Torres / Tom G Caniels / Jelle van Schooten / Xueyong Zhu / Chang-Chun D Lee / Philip J M Brouwer / Marit J van Gils / ...著者: Hejun Liu / Nicholas C Wu / Meng Yuan / Sandhya Bangaru / Jonathan L Torres / Tom G Caniels / Jelle van Schooten / Xueyong Zhu / Chang-Chun D Lee / Philip J M Brouwer / Marit J van Gils / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
要旨: Most antibodies isolated from individuals with coronavirus disease 2019 (COVID-19) are specific to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). However, COVA1-16 is a relatively rare ...Most antibodies isolated from individuals with coronavirus disease 2019 (COVID-19) are specific to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). However, COVA1-16 is a relatively rare antibody that also cross-neutralizes SARS-CoV. Here, we determined a crystal structure of the COVA1-16 antibody fragment (Fab) with the SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) and negative-stain electron microscopy reconstructions with the spike glycoprotein trimer to elucidate the structural basis of its cross-reactivity. COVA1-16 binds a highly conserved epitope on the SARS-CoV-2 RBD, mainly through a long complementarity-determining region (CDR) H3, and competes with the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor because of steric hindrance rather than epitope overlap. COVA1-16 binds to a flexible up conformation of the RBD on the spike and relies on antibody avidity for neutralization. These findings, along with the structural and functional rationale for epitope conservation, provide insights for development of more universal SARS-like coronavirus vaccines and therapies.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Cross-neutralization of a SARS-CoV-2 antibody to a functionally conserved site is mediated by avidity.
著者: Liu, H. / Wu, N.C. / Yuan, M. / Bangaru, S. / Torres, J.L. / Caniels, T.G. / van Schooten, J. / Zhu, X. / Lee, C.D. / Brouwer, P.J.M. / van Gils, M.J. / Sanders, R.W. / Ward, A.B. / Wilson, I.A.
#2: ジャーナル: Immunity / 年: 2020
タイトル: Cross-Neutralization of a SARS-CoV-2 Antibody to a Functionally Conserved Site Is Mediated by Avidity.
著者: Hejun Liu / Nicholas C Wu / Meng Yuan / Sandhya Bangaru / Jonathan L Torres / Tom G Caniels / Jelle van Schooten / Xueyong Zhu / Chang-Chun D Lee / Philip J M Brouwer / Marit J van Gils / ...著者: Hejun Liu / Nicholas C Wu / Meng Yuan / Sandhya Bangaru / Jonathan L Torres / Tom G Caniels / Jelle van Schooten / Xueyong Zhu / Chang-Chun D Lee / Philip J M Brouwer / Marit J van Gils / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
要旨: Most antibodies isolated from individuals with coronavirus disease 2019 (COVID-19) are specific to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). However, COVA1-16 is a relatively rare ...Most antibodies isolated from individuals with coronavirus disease 2019 (COVID-19) are specific to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). However, COVA1-16 is a relatively rare antibody that also cross-neutralizes SARS-CoV. Here, we determined a crystal structure of the COVA1-16 antibody fragment (Fab) with the SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) and negative-stain electron microscopy reconstructions with the spike glycoprotein trimer to elucidate the structural basis of its cross-reactivity. COVA1-16 binds a highly conserved epitope on the SARS-CoV-2 RBD, mainly through a long complementarity-determining region (CDR) H3, and competes with the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor because of steric hindrance rather than epitope overlap. COVA1-16 binds to a flexible up conformation of the RBD on the spike and relies on antibody avidity for neutralization. These findings, along with the structural and functional rationale for epitope conservation, provide insights for development of more universal SARS-like coronavirus vaccines and therapies.
履歴
登録2020年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
H: COVA1-16 heavy chain
L: COVA1-16 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8644
ポリマ－75,4403
非ポリマー4241
水00
1
A: Spike protein S1
ヘテロ分子

H: COVA1-16 heavy chain
L: COVA1-16 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8644
ポリマ－75,4403
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area30240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.403, 124.905, 57.614
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.101, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 26095.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 COVA1-16 heavy chain


分子量: 25928.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 COVA1-16 light chain


分子量: 23415.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Na-iodide, pH 6.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→50 Å / Num. obs: 17656 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 42.71 Å2 / CC1/2: 0.963 / Rpim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.153 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.89→2.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 845 / CC1/2: 0.668 / Rpim(I) all: 0.429 / Rsym value: 0.691

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XC4,4IMK,2Q20

6xc4

4imk

2q20


解像度: 2.89→42.77 Å / SU ML: 0.4316 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.5748
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2908 948 5.38 %
Rwork0.2379 16684 -
obs0.2407 17632 97.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→42.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4845 0 28 0 4873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00324997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67726811
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0463752
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046884
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.35982932
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-3.040.40691340.34392303X-RAY DIFFRACTION93.84
3.04-3.240.3741470.30882378X-RAY DIFFRACTION99.29
3.24-3.480.38371240.28092421X-RAY DIFFRACTION98.83
3.48-3.840.29361470.24372396X-RAY DIFFRACTION97.81
3.84-4.390.25711450.21582292X-RAY DIFFRACTION95.01
4.39-5.530.21761280.18552438X-RAY DIFFRACTION99.5
5.53-42.770.24321230.21082456X-RAY DIFFRACTION97.76
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.6080084968 Å / Origin y: -24.9837704453 Å / Origin z: 36.0594463637 Å
111213212223313233
T0.214786587051 Å2-0.0135792487966 Å20.0451746390434 Å2-0.249682092207 Å2-0.0149511558925 Å2--0.190897084349 Å2
L1.18378408502 °2-0.8917676739 °20.799448836275 °2-2.09716116091 °2-0.855910033547 °2--0.746241807055 °2
S-0.0618338377179 Å °-0.00603823682263 Å °-0.0210872369265 Å °0.238075470953 Å °0.051558372584 Å °-0.136428441125 Å °-0.0736445443033 Å °-0.00866351442939 Å °0.0334929928762 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る