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- PDB-7jms: Structure of the Hazara virus OTU bound to ubiquitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jms
タイトルStructure of the Hazara virus OTU bound to ubiquitin
要素
  • Polyubiquitin-B
  • Replicase
キーワードHYDROLASE / DUB / OTU
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / ubiquitinyl hydrolase 1 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / OTU-like cysteine protease / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like ...: / OTU-like cysteine protease / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
prop-2-en-1-amine / RNA-directed RNA polymerase L / Tail fiber
類似検索 - 構成要素
生物種Hazara orthonairovirus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Dzimianski, J.V. / Pegan, S.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI109008 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Flipping the substrate preference of Hazara virus ovarian tumour domain protease through structure-based mutagenesis.
著者: Dzimianski, J.V. / Mace, S.L. / Williams, I.L. / Freitas, B.T. / Pegan, S.D.
履歴
登録2020年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicase
B: Polyubiquitin-B
C: Replicase
D: Polyubiquitin-B
E: Replicase
F: Polyubiquitin-B
G: Replicase
H: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,92123
ポリマ－114,1488
非ポリマー77315
水4,864270
1
A: Replicase
B: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8067
ポリマ－28,5372
非ポリマー2695
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area11120 Å2
手法PISA
2
C: Replicase
D: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8067
ポリマ－28,5372
非ポリマー2695
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11200 Å2
手法PISA
3
E: Replicase
F: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6745
ポリマ－28,5372
非ポリマー1373
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10920 Å2
手法PISA
4
G: Replicase
H: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6344
ポリマ－28,5372
非ポリマー972
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area10950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.850, 55.595, 97.434
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.203, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Replicase / Transcriptase


分子量: 20017.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hazara orthonairovirus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A6XA53, RNA-directed RNA polymerase, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質
Polyubiquitin-B


分子量: 8519.778 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47

-
非ポリマー , 4種, 285分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-AYE / prop-2-en-1-amine / ALLYLAMINE / アリルアミン


分子量: 57.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7N
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.3 M calcium chloride, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 22676 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 47.15 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.84
反射 シェル解像度: 2.78→2.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1993 / CC1/2: 0.641

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PRP, 4HXD, 5JZE, 6OAR

3prp

4hxd

5jze

6oar


解像度: 2.78→41.59 Å / SU ML: 0.426 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.0515
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 1082 4.91 %
Rwork0.2348 20970 -
obs0.2367 22052 96.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→41.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7361 0 37 270 7668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00597565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.950210238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06171164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00521317
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.49962796
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78-2.910.35421390.3032594X-RAY DIFFRACTION98.34
2.91-3.060.33341410.27342637X-RAY DIFFRACTION98.76
3.06-3.250.34471360.24792653X-RAY DIFFRACTION98.2
3.25-3.50.28081340.2332608X-RAY DIFFRACTION97.06
3.5-3.850.25331380.21532577X-RAY DIFFRACTION96.38
3.85-4.410.23311320.20462599X-RAY DIFFRACTION95.89
4.41-5.560.23461340.21252633X-RAY DIFFRACTION96.18
5.56-41.590.27721280.25632669X-RAY DIFFRACTION95.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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