PDB-7jmr: Crystal structure of the pea pathogenicity protein 2 from Madurel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jmr

タイトル

Crystal structure of the pea pathogenicity protein 2 from Madurella mycetomatis

要素

Pea pathogenicity protein 2

キーワード

LYASE / Gallic acid decarboxylase

機能・相同性

SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / WW/rsp5/WWP domain profile. / WW domain / NTF2-like domain superfamily / metal ion binding / : / Pea pathogenicity protein 2

機能・相同性情報

生物種

Madurella mycetomatis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Zeug, M. / Markovic, N. / Iancu, C.V. / Tripp, J. / Oreb, M. / Choe, J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of non-oxidative decarboxylases reveal a new mechanism of action with a catalytic dyad and structural twists.
著者: Zeug, M. / Markovic, N. / Iancu, C.V. / Tripp, J. / Oreb, M. / Choe, J.Y.

履歴

登録	2020年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jmr.cif.gz	100.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jmr.ent.gz	76.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jmr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7jmr_validation.pdf.gz	880 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jmr_full_validation.pdf.gz	880.2 KB	表示
XML形式データ	7jmr_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	7jmr_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jmr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jmr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6w54C 7jmvC 7kd9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7jmv-1 7kd9-1 7kd9-3 6w54-1 7kd9-2 3zwu-2 1rfz-d 1y9i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pea pathogenicity protein 2

ヘテロ分子

27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pea pathogenicity protein 2

ヘテロ分子

A: Pea pathogenicity protein 2

ヘテロ分子

A: Pea pathogenicity protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
83.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.853, 98.853, 62.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-478- HOH
2	1	A-533- HOH
3	1	A-537- HOH
4	1	A-540- HOH
5	1	A-541- HOH

#1: タンパク質	Pea pathogenicity protein 2 分子量: 27641.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Madurella mycetomatis (菌類) / 遺伝子: MMYC01_201259, MMYC01_203104 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A175WC91
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.75 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15 % PEG 3350, 0.2 M Calcium Chloride, 0.1 M MES / PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→38.74 Å / Num. obs: 78547 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 40
反射シェル	解像度: 1.67→1.69 Å / Num. unique obs: 2702 / R_sym value: 0.704 / % possible all: 96

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELX		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.67→38.74 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.63 / 位相誤差: 19.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1955	3942	5.02 %
R_work	0.1773	74605	-
obs	0.1782	78547	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.31 Å² / B_iso mean: 35.6067 Å² / B_iso min: 17.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.67→38.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1813	0	4	143	1960
B_iso mean	-	-	41.59	36.8	-
残基数	-	-	-	-	224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1863
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.029	2518
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.869	243
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	256
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	323

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.67-1.69	0.3701	135	0.2989	2567	2702	96
1.69-1.71	0.2941	164	0.2718	2680	2844	100
1.71-1.74	0.279	152	0.2488	2666	2818	100
1.74-1.76	0.2988	118	0.2403	2639	2757	100
1.76-1.78	0.2679	126	0.2274	2713	2839	100
1.78-1.81	0.2367	176	0.2186	2621	2797	100
1.81-1.84	0.2803	134	0.2024	2708	2842	100
1.84-1.87	0.2108	142	0.2025	2672	2814	100
1.87-1.9	0.2294	144	0.1947	2699	2843	100
1.9-1.94	0.191	138	0.1892	2699	2837	100
1.94-1.97	0.232	153	0.1943	2621	2774	100
1.97-2.01	0.2078	106	0.1841	2768	2874	100
2.01-2.06	0.203	156	0.1799	2633	2789	100
2.06-2.11	0.1959	136	0.1878	2641	2777	100
2.11-2.16	0.2016	176	0.1795	2682	2858	100
2.16-2.22	0.2027	150	0.188	2645	2795	100
2.22-2.28	0.1975	130	0.1769	2686	2816	100
2.28-2.36	0.1934	148	0.1724	2663	2811	100
2.36-2.44	0.1999	152	0.1776	2691	2843	100
2.44-2.54	0.162	130	0.1703	2691	2821	100
2.54-2.65	0.2019	138	0.1709	2664	2802	100
2.65-2.79	0.1624	140	0.1765	2659	2799	100
2.79-2.97	0.1748	114	0.1755	2687	2801	100
2.97-3.2	0.1952	139	0.1835	2694	2833	99
3.2-3.52	0.2062	153	0.1798	2627	2780	99
3.52-4.03	0.169	77	0.1547	2622	2699	96
4.03-5.07	0.1585	151	0.1454	2607	2758	98
5.07-38.74	0.2079	164	0.1878	2660	2824	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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