PDB-7jm0: Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme ApmA, apoenzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jm0

タイトル

Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme ApmA, apoenzyme

要素

Aminocyclitol acetyltransferase ApmA

キーワード

TRANSFERASE / XAT / xenobiotic acetyltransferase / left-handed beta helix / LBH / antibiotic resistance / aminoglycoside / structural genomics / CSGID / center for structural genomics of infectious diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

: / Trimeric LpxA-like superfamily / transferase activity / metal ion binding / Aminocyclitol acetyltransferase ApmA

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Bordeleau, E. / Wright, G.D. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme ApmA, apoenzyme
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2020年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jm0.cif.gz	392.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jm0.ent.gz	284.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jm0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7jm0_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jm0_full_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示
XML形式データ	7jm0_validation.xml.gz	35.7 KB	表示
CIF形式データ	7jm0_validation.cif.gz	52.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jm0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7jm1S 7jm2 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7jm1-d 7jm2-d 5f1k-d 2awo-1 6mpr-d 1lk5-d 5v13-d 20051 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP96425

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA

B: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA

C: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA

ヘテロ分子

93.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.544, 76.916, 96.572
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.121, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Aminocyclitol acetyltransferase ApmA 分子量: 31196.191 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: apmA / プラスミド: pET19bTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: A0A1D0AST6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.81 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 5% 2-Propanol, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 6% PEG 20K cryoprotectant 25% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年1月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→25 Å / Num. obs: 58261 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 33.18 Å² / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 19.39
反射シェル	解像度: 2.08→2.12 Å / R_merge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 2886 / CC_1/2: 0.771 / R_pim(I) all: 0.297

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3448	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JM1

7jm1

解像度: 2.08→25 Å / SU ML: 0.2235 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.6242
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2223	2000	3.43 %	RANDOM
R_work	0.1883	56230	-	-
obs	0.1894	58230	98.32 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6573	0	5	581	7159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	6769
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.526	9185
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0459	984
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0032	1202
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.7097	2474

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.13	0.2712	138	0.2202	3867	X-RAY DIFFRACTION	95.36
2.13-2.19	0.285	145	0.2112	4079	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.19-2.25	0.2765	144	0.2063	4051	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.25-2.32	0.2529	143	0.1975	4031	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.32-2.41	0.2615	145	0.2032	4074	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.41-2.5	0.2431	144	0.1983	4055	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.5-2.62	0.2374	144	0.1948	4043	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.62-2.76	0.2474	145	0.1957	4079	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.76-2.93	0.2181	143	0.1937	4012	X-RAY DIFFRACTION	98.81
2.93-3.15	0.2143	142	0.1932	3994	X-RAY DIFFRACTION	98.15
3.15-3.47	0.2076	141	0.1858	3974	X-RAY DIFFRACTION	97.07
3.47-3.97	0.1935	140	0.1703	3930	X-RAY DIFFRACTION	95.7
3.97-5	0.192	140	0.1647	3932	X-RAY DIFFRACTION	95.45
5-25	0.2343	146	0.2001	4109	X-RAY DIFFRACTION	97.88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.37000261133	1.11169444256	-0.593228934248	2.6567470851	1.06412443774	1.66918915676	-0.0278448515046	0.118645709006	0.208141450503	-0.568862510839	-0.0454401519577	-0.165663953069	-0.39580014031	0.0123269355575	-0.000790529906624	0.410766863335	0.0232832059128	-0.0344621911539	0.303693258598	-0.0143865436563	0.256756710834	-11.5888326225	-18.3479020189	-5.11844921448
2	0.465066399983	0.118547173722	-0.504647802137	0.755295363189	-0.213416407825	0.613302274994	0.0233467487765	0.13950883595	0.00508437185165	0.13237412777	-0.512907200611	0.840394786817	0.0310652140249	-0.660984404319	-0.00721895672148	0.332014039373	0.0360722596716	-0.0863185435329	0.475468880097	-0.136574696332	0.478690987624	-22.9396869259	-19.9069423379	-0.796633254378
3	0.0849192125527	0.028845069881	0.0669310219562	0.326546292883	-0.386440410953	0.518166247994	0.0104477684486	-0.0933382037698	0.195639037937	-0.0382428036965	0.0627522463788	-0.170991006012	-0.399608215655	0.295603543806	2.4577939433E-8	0.289750515219	0.0141325220459	-0.00453652340082	0.367454539316	-0.000422066617086	0.266995560801	-8.77120728426	-30.4797332817	4.49199422405
4	1.35473980949	-0.257085421501	-0.594644034326	0.982915412204	-0.895486597163	1.58994264987	-0.0146853077022	0.0762275595338	0.164661526962	0.230324727998	-0.00958501592931	-0.127376745815	-0.290332725418	0.192047489129	-5.17299322075E-7	0.257510036221	0.00117367612743	-0.0206197354015	0.254208697954	-0.0284423884131	0.230236526897	-8.35686024249	-33.1565075614	13.3587370776
5	1.73149766027	1.39124996354	0.902931913768	0.722513443169	0.840540182063	0.380793211723	0.100933505609	-0.0547734810588	-0.360482613466	0.0710722861708	-0.0260603073843	-0.189319397457	0.0236331627139	0.048760341029	-0.000115618375567	0.349161602623	0.0142250536692	-0.0339977660432	0.310307038347	0.000401823997777	0.340701753947	0.584548268713	-36.3561499055	23.9213651175
6	0.970514650514	-0.119136031214	-0.736191121569	1.25555308918	0.175016129068	0.583719178773	-0.0465104537408	0.258796518602	-0.622975480554	-0.166880209856	-0.0832263484902	0.315523826691	0.276761636877	-0.15711882838	-3.3687429134E-5	0.402501393788	-0.0152344655178	-0.0452148313356	0.328185879849	-0.112605917567	0.521328444549	-20.8557011553	-53.846992558	8.22594576424
7	0.739142865316	-0.307802482504	0.493166579234	0.823183671648	-0.402500147953	0.396782666179	-0.0631419339541	-0.103896676576	-0.00912654777269	0.189162366107	0.116944878689	-0.0142996839786	-0.614005921615	-0.105245204885	-1.31611579236E-7	0.367478620149	0.00604521186751	-0.0372860667354	0.320893193016	0.0364533246101	0.282897236457	6.65693212068	-1.3866071244	18.5604581773
8	0.603022989105	-0.366055491538	0.290778267294	0.240194546886	-0.169865220415	0.106709136414	-0.0629742682657	-0.158797887285	0.984960152216	0.18329428327	0.0920767392814	-0.351198345649	-0.612210712321	0.0508675085545	1.5020106056E-7	0.389454785328	0.00162770520843	-0.0795107536555	0.386636024556	-0.0644104098606	0.545642545561	-2.27840301685	1.90292244515	13.1112564829
9	0.629821975316	0.079982672494	0.359756512457	0.896203669506	-0.338048808321	0.71427390785	0.0146776610844	0.289554370675	-0.478842080099	-0.00495276438821	-0.0369850484842	-0.0936338737661	0.396247665987	0.25873509694	-1.9594948376E-5	0.308678928534	0.049090909376	-0.0154922875504	0.318360912548	0.00748129000871	0.297442102766	7.6492901914	-9.68411010735	9.48140277168
10	0.635414489963	0.0639727028202	-0.224683804059	0.334625266855	-0.50421013163	0.562849499597	-0.0419019281129	0.203876940956	0.210744219911	0.081933071742	0.155871933521	0.173191072566	-0.214698414197	-0.270425092656	-1.10003271539E-7	0.317709142649	0.0352325300849	-0.0308341365783	0.343573002984	0.0458090837085	0.267684255361	1.82677551165	-10.2397886112	28.689546075
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12	2.32204444229	-0.732113914234	-0.273868565711	-0.0766115794162	-0.0554166965716	-0.517855389209	-0.173019900322	-0.171031851805	0.020507816187	0.0904550579527	0.0500357237664	-0.0039166767137	-0.0379263254748	0.0959482358572	-0.000951904772321	0.308671390841	0.03604675652	0.0082553723989	0.356657301615	-0.0105049157624	0.307063412512	-16.6183338316	-10.7805538289	42.6378624631
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16	2.33840763322	0.559969150633	-1.1072135504	1.78199260308	-1.09994138136	2.59852981244	0.00970386947975	0.0181151372296	0.173457150362	-0.0120221586774	0.00972590061526	0.0759849740105	0.0025896615125	-0.0924338125057	-9.95372346031E-8	0.334134746683	0.0170836967006	0.0124839084548	0.270189102767	-0.0504070114493	0.345546195331	-25.1333998647	-0.970553603631	17.2273358892
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18	1.64328363804	1.31228565399	0.305917793418	1.90316478717	-0.442751771729	2.73934814653	-0.0256153678761	-0.389801846053	-0.0744737277072	0.310266738023	-0.00431901524389	-0.0638225805175	0.261098671155	-0.10031108953	-0.000195461391021	0.237320931794	-0.0335051569713	0.0226524115553	0.331053927048	2.80392527886E-5	0.268968557243	-33.3111606428	-18.2133120196	44.4008098687

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 1 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 55 through 78 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 79 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 98 through 132 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 133 through 234 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 235 through 274 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1 through 21 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 22 through 39 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 40 through 78 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 79 through 112 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 113 through 132 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 133 through 189 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 190 through 234 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 235 through 250 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 251 through 273 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 0 through 97 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 98 through 207 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 208 through 273 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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