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- PDB-7jli: Crystal structure of Bacillus subtilis UppS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jli
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis UppS
要素Isoprenyl transferase
キーワードTRANSFERASE / undecaprenyl / cis-prenyltransferase / carrier lipid
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / prenyltransferase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Isoprenyl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Workman, S.D. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into the Inhibition of Undecaprenyl Pyrophosphate Synthase from Gram-Positive Bacteria.
著者: Workman, S.D. / Day, J. / Farha, M.A. / El Zahed, S.S. / Bon, C. / Brown, E.D. / Organ, M.G. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2020年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoprenyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9202
ポリマ－29,8141
非ポリマー1061
水4,792266
1
A: Isoprenyl transferase
ヘテロ分子

A: Isoprenyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8404
ポリマ－59,6282
非ポリマー2122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area4910 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area22410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.539, 59.539, 161.798
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Isoprenyl transferase / Undecaprenyl pyrophosphate synthase


分子量: 29814.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: uppS, A3772_08985, B4122_2664, B4417_3501, BS16045_01759, ETA10_09020, ETK61_09295, GII79_08795, SC09_Contig19orf01203
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A063XDJ9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3000, sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.95 Å / Num. obs: 27983 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 343175
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.84132.4542084816050.5630.7042.5541.1100
9-47.95100.03129872990.9990.010.0325399.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WYI

3wyi


解像度: 1.8→42.1 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2123 1430 5.13 %
Rwork0.1869 26467 -
obs0.1882 27897 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 144.67 Å2 / Biso mean: 40.6529 Å2 / Biso min: 21.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→42.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1943 0 7 266 2216
Biso mean--49.09 49.14 -
残基数----241
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8-1.860.57391090.439526132722
1.86-1.940.31491400.289725652705
1.94-2.030.2881490.229625972746
2.03-2.130.24121460.217826032749
2.13-2.270.23791730.199125722745
2.27-2.440.18711240.197226272751
2.44-2.690.21061410.188226572798
2.69-3.080.21431560.190326362792
3.08-3.880.18521370.168827142851
3.88-42.10.19221550.161228833038
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.03762.1511-1.19784.677-1.48923.6662-0.0117-0.0874-0.0333-0.1143-0.2024-0.86130.03291.18280.23020.2892-0.00250.00510.56880.09640.40269.733111.6086-33.159
24.9123-4.97614.90655.0312-4.97254.91140.04830.4504-0.2114-0.2764-0.1403-0.14310.85720.43890.18470.37020.01450.06020.36250.03730.3216-1.3628-4.6359-17.1772
38.31417.1209-6.61535.9973-5.70775.20120.4363-0.5727-0.22030.961-0.5375-0.4311-0.46960.8090.1640.4351-0.0326-0.0560.38180.00170.34643.2699.3931-18.25
43.0162.6572-2.07733.5657-3.84445.4031-0.3430.58640.0131-0.11510.75780.66170.6969-0.9499-0.43370.3602-0.10440.03710.3870.02120.4492-7.52478.8888-24.5229
55.46674.7425-2.80654.3376-3.39695.80310.1462-0.6004-0.08010.4721-0.09880.0616-0.37840.3872-0.08920.36070.0697-0.0270.38350.00310.3993-4.292613.8907-11.846
68.39372.5494-2.21223.11340.23875.20840.2429-0.43330.63690.2416-0.16190.0177-0.71190.3102-0.08610.3499-0.032-0.02410.25120.0060.2503-6.003222.648-19.6627
72.5656-2.08770.95362.8149-0.86921.4299-0.0855-0.07050.1630.0061-0.0156-0.1722-0.08280.05190.11340.2231-0.0401-0.00320.2169-0.00770.2227-10.481517.1479-35.9971
81.71381.8033-2.64022.1232-2.03657.6943-0.149-0.072-0.3545-0.1881-0.2348-0.20580.52570.5190.43010.26560.07010.04480.47940.06250.39210.22688.1011-39.6186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 41 )A20 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 52 )A42 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 53 through 73 )A53 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 74 through 92 )A74 - 92
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 93 through 116 )A93 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 117 through 160 )A117 - 160
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 161 through 239 )A161 - 239
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 240 through 260 )A240 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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