[日本語] English
万見
- PDB-7jlh: Structure of Centromeric Satellite III Non-canonical Duplex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jlh
タイトルStructure of Centromeric Satellite III Non-canonical Duplex
要素DNA AATGG
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / non-canonical DNA / duplex / fiber (繊維) / Satellite III (人工衛星)
機能・相同性酢酸塩 / デオキシリボ核酸
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Yatsunyk, L.A. / Chen, E.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1R15CA208676-01A1 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of 4-repeat Satellite III Sequence with Non-Canonical Base Interactions
著者: Yatsunyk, L.A. / Chen, E.V. / Lee, H.
履歴
登録2020年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA AATGG
B: DNA AATGG
C: DNA AATGG
D: DNA AATGG
E: DNA AATGG
F: DNA AATGG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3488
ポリマ－9,2646
非ポリマー832
水1,33374
1
A: DNA AATGG
B: DNA AATGG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1714
ポリマ－3,0882
非ポリマー832
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA AATGG
D: DNA AATGG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0882
ポリマ－3,0882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: DNA AATGG
F: DNA AATGG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0882
ポリマ－3,0882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.522, 40.217, 55.379
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: DNA鎖
DNA AATGG


分子量: 1544.061 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA consists of four ATGGA repeats. Packing of DNA into crystal structure leads to the presence of three antiparallel AATGG duplexes in the asymmetric unit.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細The full DNA sequence is d(ATGGA)4 which forms self complimentary duplex. Due to the repetitive ...The full DNA sequence is d(ATGGA)4 which forms self complimentary duplex. Due to the repetitive nature and symmetry of such duplex, the asymmetric unit only includes 1/4 of the duplex, with the sequences AATGG. There are three such duplexes in the ASU.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Tris-Acetate, potassium acetate, magnesium acetate, MES monohydrate, 2-Methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 196 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1.0711 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月23日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0711 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→32.54 Å / Num. obs: 12855 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 31.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 643 / CC1/2: 0.991 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
XDSJan 31, 2020データスケーリング
pointlessv7.1.002データスケーリング
Aimlessv7.1.002データスケーリング
PHASER1.18_3845位相決定
Cootv0.8.9.2モデル構築
XDSJan 31, 2020データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 175D

175d


解像度: 1.57→32.54 Å / SU ML: 0.2088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.2896
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2551 1257 9.93 %
Rwork0.2206 11402 -
obs0.224 12659 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→32.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 636 5 74 715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017717
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6681095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1189120
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.016631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d33.668282
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.57-1.630.37851290.30421226X-RAY DIFFRACTION95.69
1.63-1.710.29661330.27081188X-RAY DIFFRACTION94.7
1.71-1.80.30251440.25421233X-RAY DIFFRACTION98.15
1.8-1.910.3141360.25351247X-RAY DIFFRACTION99.14
1.91-2.060.30961430.2611266X-RAY DIFFRACTION99.51
2.06-2.260.28271410.25771276X-RAY DIFFRACTION99.86
2.26-2.590.34041390.26781282X-RAY DIFFRACTION99.79
2.59-3.260.24681440.24071307X-RAY DIFFRACTION99.59
3.26-32.540.21771480.18251377X-RAY DIFFRACTION99.48
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.832115918806 Å / Origin y: -19.1431532399 Å / Origin z: -3.07229969381 Å
111213212223313233
T0.170302751642 Å20.00521666156345 Å2-0.0236401051334 Å2-0.350078478293 Å20.040265444824 Å2--0.359974141002 Å2
L3.88126699329 °2-0.938888015653 °20.101154490172 °2-3.55499803258 °20.0377720632787 °2--3.3709083206 °2
S0.0897456756304 Å °-0.571024576797 Å °-0.558741408613 Å °0.1074646575 Å °0.0595539543837 Å °-0.056717361214 Å °0.0212668735776 Å °0.213822502467 Å °-0.160687112359 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る