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万見
- PDB-7jl6: Heme binding to SrrB PAS domain plays a role in redox regulation ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jl6
タイトルHeme binding to SrrB PAS domain plays a role in redox regulation of S. aureus SrrAB two-component system
要素Sensor protein SrrB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / metal binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ResE, histidine kinase sensor domain / Histidine kinase sensor domain / : / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain ...ResE, histidine kinase sensor domain / Histidine kinase sensor domain / : / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor protein SrrB
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tiwari, N. / Sun, Y.J. / Gakhar, L. / Fuentes, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI135305 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Heme binding to SrrB PAS domain plays a role in redox regulation of S. aureus SrrAB two-component system
著者: Tiwari, N. / Sun, Y.J. / Fuentes, E.J.
履歴
登録2020年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein SrrB
B: Sensor protein SrrB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6592
ポリマ－23,6592
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.072, 65.140, 37.513
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein SrrB / Staphylococcal respiratory response protein B


分子量: 11829.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: srrB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L523, histidine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4M sodium malonate pH 7.0 / PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→51.49 Å / Num. obs: 10615 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 25.18 Å2 / Rrim(I) all: 0.2348 / Net I/σ(I): 3.28
反射 シェル解像度: 2.1→51.49 Å / Num. unique obs: 1041 / Rrim(I) all: 0.2348 / % possible all: 94.13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.1→51.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 6.369 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23437 592 5.3 %RANDOM
Rwork0.19211 ---
obs0.19444 10615 94.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.401 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.99 Å20 Å20.4 Å2
2---1.64 Å2-0 Å2
3----3.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→51.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1535 0 0 27 1562
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191544
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3051.9022069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0152.9343401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.855192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.06125.76978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6715314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7481511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6023.099774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5853.095773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1124.629964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.114.634965
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4623.636770
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4593.64771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5365.2411106
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.436.6541615
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.40136.6911614
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 34 -
Rwork0.258 720 -
obs--86.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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