ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.17.1_3660精密化 | Coot | | モデル構築 | SCALEPACK | | データスケーリング | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | PHENIX | | 位相決定 | HKL-2000 | | データ削減 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1QUB 解像度: 2.69→48.93 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.64 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2383 | 2013 | 4.6 % |
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Rwork | 0.221 | 41736 | - |
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obs | 0.2218 | 43749 | 99.71 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 180.23 Å2 / Biso mean: 89.694 Å2 / Biso min: 44.22 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.69→48.93 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2496 | 0 | 115 | 0 | 2611 |
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Biso mean | - | - | 133.91 | - | - |
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残基数 | - | - | - | - | 321 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.69-2.76 | 0.3929 | 138 | 0.3826 | 2928 | 3066 | 100 | 2.76-2.83 | 0.4154 | 143 | 0.3636 | 2953 | 3096 | 100 | 2.83-2.92 | 0.4248 | 142 | 0.3818 | 2969 | 3111 | 100 | 2.92-3.01 | 0.3454 | 136 | 0.3621 | 2961 | 3097 | 100 | 3.01-3.12 | 0.3527 | 145 | 0.2985 | 2942 | 3087 | 100 | 3.12-3.24 | 0.3158 | 140 | 0.2872 | 2978 | 3118 | 100 | 3.24-3.39 | 0.2691 | 139 | 0.2671 | 2969 | 3108 | 100 | 3.39-3.57 | 0.2627 | 149 | 0.2478 | 2984 | 3133 | 100 | 3.57-3.79 | 0.2318 | 148 | 0.208 | 2968 | 3116 | 100 | 3.79-4.08 | 0.209 | 135 | 0.1876 | 2998 | 3133 | 100 | 4.08-4.49 | 0.1961 | 139 | 0.1672 | 2972 | 3111 | 100 | 4.49-5.14 | 0.1724 | 139 | 0.1562 | 2986 | 3125 | 99 | 5.14-6.48 | 0.1877 | 148 | 0.1881 | 3003 | 3151 | 99 | 6.48-48.93 | 0.2449 | 172 | 0.2229 | 3125 | 3297 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 2.713 | -0.8637 | -2.3726 | 0.621 | 0.5898 | 3.6973 | 0.0594 | -0.2157 | -0.2297 | -0.0209 | -0.2299 | 0.0135 | 0.3553 | 0.2588 | 0.1996 | 0.7632 | -0.0578 | 0.0184 | 0.7163 | 0.0202 | 0.6973 | 235.0879 | 227.3758 | 153.4604 | 2 | 2.4007 | 1.7746 | 1.5833 | 1.3947 | 1.2193 | 3.6234 | -0.1698 | 0.1579 | 0.0689 | -0.2043 | 0.1782 | -0.0212 | -0.5412 | 0.4036 | -0.0504 | 0.6037 | -0.0076 | 0.0241 | 0.5871 | 0.0151 | 0.5865 | 167.7754 | 158.246 | 92.2601 | 3 | 1.2387 | 0.2181 | -0.0978 | 0.8686 | 1.1485 | 3.9545 | -0.0154 | -0.0922 | 0.1466 | -0.188 | 0.006 | -0.0682 | -0.3731 | 0.2579 | 0.0346 | 0.6079 | -0.1249 | -0.0332 | 0.6323 | 0.0281 | 0.7156 | 174.8555 | 195.2928 | 120.6346 | 4 | 2.3144 | 1.9562 | 3.1492 | 0.3881 | 1.5177 | 1.4335 | 0.1548 | -0.7303 | 0.0547 | -0.0229 | -0.392 | -0.012 | 0.0382 | -0.6266 | 0.2588 | 0.8955 | -0.3621 | -0.0463 | 1.1987 | -0.1934 | 0.8732 | 194.2965 | 220.8612 | 155.0984 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 241 through 326 )A241 - 326 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 1 through 61 )A1 - 61 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 62 through 149 )A62 - 149 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resid 150 through 240 )A150 - 240 | | | | | | | | |
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