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万見
- PDB-7ji1: NMR structure of the Streptococcus pyogenes NAD+-glycohydrolase t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ji1
タイトルNMR structure of the Streptococcus pyogenes NAD+-glycohydrolase translocation domain
要素ADP-ribosyl cyclase / cyclic ADP-ribose hydrolase
キーワードTOXIN / beta sandwich
機能・相同性Nicotine adenine dinucleotide glycohydrolase / NAD glycohydrolase, helical linker domain / Nicotine adenine dinucleotide glycohydrolase (NADase) / Galactose-binding-like domain superfamily / transferase activity / hydrolase activity / ADP-ribosyl cyclase / cyclic ADP-ribose hydrolase
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Velarde, J.J. / Piai, A. / Chou, J.J. / Wessels, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K08 AI112823 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI130019 米国
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2022
タイトル: Structure of the Streptococcus pyogenes NAD + Glycohydrolase Translocation Domain and Its Essential Role in Toxin Binding to Oropharyngeal Keratinocytes.
著者: Velarde, J.J. / Piai, A. / Lichtenstein, I.J. / Lynskey, N.N. / Chou, J.J. / Wessels, M.R.
履歴
登録2020年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl cyclase / cyclic ADP-ribose hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8021
ポリマ－17,8021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 15015 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase / cyclic ADP-ribose hydrolase / N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase / Nicotine adenine dinucleotide glycohydrolase


分子量: 17801.998 Da / 分子数: 1 / 断片: Translocation domain, residues 38-194 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: nga, E0F66_06235, GQY31_00740, GTK53_00835 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9R2Y9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic13D 15N-edited NOESY-TROSY-HSQC
121anisotropic13D 13C-edited NOESY
232anisotropic22D 1H-15N TROSY HSQC
242anisotropic23D TROSY HNCA
252anisotropic23D TROSY HN(CA)CB
262anisotropic23D TROSY HN(CA)CO
272anisotropic23D TROSY HNCO
282anisotropic23D TROSY HN(CO)CA

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-13C; U-15N] NADase translocation domain, 20mM MES, 50mM NaCl, 90% H2O/10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution20.56 mM [U-13C; U-15N; U-2H] NADase translocation domain, 20mM MES, 80mM NaCl, 0.5mM EDTA, 90% H2O/10% D2Osample_290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMNADase translocation domain[U-13C; U-15N]1
0.56 mMNADase translocation domain[U-13C; U-15N; U-2H]2
20 mMMESnatural abundance1
50 mMNaClnatural abundance1
20 mMMESnatural abundance2
80 mMNaClnatural abundance2
0.5 mMEDTAnatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150mM NaCl mMconditions_15.5 ambient 303 K
280mM NaCl mMconditions_25.5 ambient 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 15 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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