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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jh4 | ||||||
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| タイトル | Crystal structure of NAD(P)H-flavin oxidoreductase (NfoR) from S. aureus complexed with reduced FMN and NAD+ | ||||||
要素 | NAD(P)H-dependent oxidoreductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / FMN / FMN reductase / chromate reductase | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報FMN reductase [NAD(P)H] / FMN reductase [NAD(P)H] activity / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors, with NAD or NADP as acceptor / 2,4,6-trinitrotoluene catabolic process / 酸化還元酵素 / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | ![]() | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, Y. / O'Neill, A.G. / Beaupre, B.A. / Liu, D. / Moran, G.R. | ||||||
| 資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2020タイトル: NfoR: Chromate Reductase or Flavin Mononucleotide Reductase? 著者: O'Neill, A.G. / Beaupre, B.A. / Zheng, Y. / Liu, D. / Moran, G.R. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 7jh4.cif.gz | 480.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb7jh4.ent.gz | 395.5 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 7jh4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/7jh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/7jh4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 2hayS S: 精密化の開始モデル |
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| 類似構造データ |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 単位格子 |
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| Components on special symmetry positions |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 25404.699 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LZ-01 / 遺伝子: nfoR, E5491_14200 / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0A220YLK3, UniProt: Q2FVA4*PLUS, 酸化還元酵素 #2: 化合物 | ChemComp-FNR / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG4000, 210 mM ammonium acetate, 100 mM sodium citrate, pH 5.6 |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97856 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 84335 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 8.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: PDB entry 2HAY 解像度: 2→36.1 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.61 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso max: 114.57 Å2 / Biso mean: 34.5193 Å2 / Biso min: 8.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→36.1 Å
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| LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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ムービー
コントローラー
万見について





X線回折
米国, 1件
引用










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