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万見
- PDB-7jh1: Solution structure of a reconstructed XCL1 ancestor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jh1
タイトルSolution structure of a reconstructed XCL1 ancestor
要素XCL1 ancestor
キーワードCYTOKINE / metamorphic protein / chemokine / ancestral reconstruction
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Tyler, R.C. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI103225 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI058072 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10 OD020000 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F30 CA236182 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM080202 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Evolution of fold switching in a metamorphic protein.
著者: Dishman, A.F. / Tyler, R.C. / Fox, J.C. / Kleist, A.B. / Prehoda, K.E. / Babu, M.M. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F.
履歴
登録2020年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XCL1 ancestor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4831
ポリマ－7,4831
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 XCL1 ancestor


分子量: 7483.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
121isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
141isotropic13D HNCO

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Anc.0, 20 mM sodium phosphate, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O
Label: 15N/13C_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMAnc.0[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 29 mM / Label: Conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE DRX / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE DRX / 磁場強度: 600.13 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
GARANTBartels, Guntert, Billeter and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 5
詳細: Structure are based on a total of 1098 restraints, 1006 are NOE-derived distance contraints and 92 are dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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