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万見
- PDB-7ins: STRUCTURE OF PORCINE INSULIN COCRYSTALLIZED WITH CLUPEINE Z -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ins
タイトルSTRUCTURE OF PORCINE INSULIN COCRYSTALLIZED WITH CLUPEINE Z
要素
  • (INSULIN (CHAIN ...) x 2
  • GENERAL PROTAMINE CHAIN
キーワードHORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lipoprotein lipase activity / Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process ...positive regulation of lipoprotein lipase activity / Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine / lactate biosynthetic process / positive regulation of glucose metabolic process / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / lipoprotein biosynthetic process / COPI-mediated anterograde transport / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of feeding behavior / negative regulation of fatty acid metabolic process / lipid biosynthetic process / positive regulation of respiratory burst / negative regulation of acute inflammatory response / alpha-beta T cell activation / positive regulation of dendritic spine maintenance / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of glycogen biosynthetic process / fatty acid homeostasis / negative regulation of lipid catabolic process / regulation of protein localization to plasma membrane / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / insulin-like growth factor receptor binding / neuron projection maintenance / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of cytokine production / positive regulation of DNA replication / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / positive regulation of D-glucose import / insulin receptor binding / wound healing / hormone activity / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of protein localization to nucleus / vasodilation / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / protease binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
M-CRESOL / Unknown ligand / Insulin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Balschmidt, P. / Hansen, F.B. / Dodson, E. / Dodson, G. / Korber, F.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1991
タイトル: Structure of porcine insulin cocrystallized with clupeine Z.
著者: Balschmidt, P. / Hansen, F.B. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Korber, F.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Phenol Stabilizes More Helix in a New Symmetrical Zinc Insulin Hexamer
著者: Derewenda, U. / Derewenda, Z. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Reynolds, C.D. / Smith, G.D. / Sparks, C. / Swenson, D.
#2: ジャーナル: Philos.Trans.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1988
タイトル: The Structure of 2Zn Pig Insulin Crystals at 1.5 Angstroms Resolution
著者: Baker, E.N. / Blundell, T.L. / Cutfield, J.F. / Cutfield, S.M. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Hodgkin, D.M.C. / Hubbard, R.E. / Isaacs, N.W. / Reynolds, C.D. / Sakabe, K. / Sakabe, N. / Vijayan, N.M.
履歴
登録1991年9月3日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年11月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 2.02025年2月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
Remark 650HELIX THE B CHAIN HELIX IS EXTENDED TO THE FIRST SIX RESIDUES OF THE B CHAIN, THEREBY RUNNING FROM ...HELIX THE B CHAIN HELIX IS EXTENDED TO THE FIRST SIX RESIDUES OF THE B CHAIN, THEREBY RUNNING FROM B 1 TO B 20.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: INSULIN (CHAIN A)
B: INSULIN (CHAIN B)
C: INSULIN (CHAIN A)
D: INSULIN (CHAIN B)
E: INSULIN (CHAIN A)
F: INSULIN (CHAIN B)
G: GENERAL PROTAMINE CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,33913
ポリマ－18,7437
非ポリマー5966
水1,964109
1
A: INSULIN (CHAIN A)
B: INSULIN (CHAIN B)
G: GENERAL PROTAMINE CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2754
ポリマ－7,1673
非ポリマー1081
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: INSULIN (CHAIN A)
D: INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1676
ポリマ－5,7882
非ポリマー3804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area4270 Å2
手法PISA
3
E: INSULIN (CHAIN A)
F: INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8963
ポリマ－5,7882
非ポリマー1081
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area4380 Å2
手法PISA
4
A: INSULIN (CHAIN A)
B: INSULIN (CHAIN B)
C: INSULIN (CHAIN A)
D: INSULIN (CHAIN B)
E: INSULIN (CHAIN A)
F: INSULIN (CHAIN B)
G: GENERAL PROTAMINE CHAIN
ヘテロ分子

A: INSULIN (CHAIN A)
B: INSULIN (CHAIN B)
C: INSULIN (CHAIN A)
D: INSULIN (CHAIN B)
E: INSULIN (CHAIN A)
F: INSULIN (CHAIN B)
G: GENERAL PROTAMINE CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,67726
ポリマ－37,48514
非ポリマー1,19212
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area27400 Å2
ΔGint-220 kcal/mol
Surface area11820 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8680 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area10940 Å2
手法PISA
6
G: GENERAL PROTAMINE CHAIN

G: GENERAL PROTAMINE CHAIN

C: INSULIN (CHAIN A)
D: INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子

C: INSULIN (CHAIN A)
D: INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子

E: INSULIN (CHAIN A)
F: INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子

E: INSULIN (CHAIN A)
F: INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,88620
ポリマ－25,91010
非ポリマー97610
水18010
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z+1/41
crystal symmetry operation6_455x-1/2,-y+1/2,-z+1/41
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z+1/21
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area9260 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
7
A: INSULIN (CHAIN A)
B: INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子

A: INSULIN (CHAIN A)
B: INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7926
ポリマ－11,5754
非ポリマー2162
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area6850 Å2
手法PISA
8
B: INSULIN (CHAIN B)
D: INSULIN (CHAIN B)
F: INSULIN (CHAIN B)
G: GENERAL PROTAMINE CHAIN
ヘテロ分子

B: INSULIN (CHAIN B)
D: INSULIN (CHAIN B)
F: INSULIN (CHAIN B)
G: GENERAL PROTAMINE CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,72614
ポリマ－23,1838
非ポリマー5436
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area14350 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area12250 Å2
手法PISA
9
C: INSULIN (CHAIN A)
D: INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子

E: INSULIN (CHAIN A)
F: INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0639
ポリマ－11,5754
非ポリマー4885
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area7050 Å2
手法PISA
10
B: INSULIN (CHAIN B)
D: INSULIN (CHAIN B)
F: INSULIN (CHAIN B)
G: GENERAL PROTAMINE CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8637
ポリマ－11,5914
非ポリマー2723
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area9930 Å2
手法PISA
11
C: INSULIN (CHAIN A)
D: INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子

C: INSULIN (CHAIN A)
D: INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,33512
ポリマ－11,5754
非ポリマー7608
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area7320 Å2
手法PISA
12
A: INSULIN (CHAIN A)
B: INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8963
ポリマ－5,7882
非ポリマー1081
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area4130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.900, 62.900, 85.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Atom site foot note1: GLY G 21 - GLY G 22 OMEGA ANGLE = 149.010 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: LYS G 33 - GLY G 35 OMEGA ANGLE = 303.917 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

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要素

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INSULIN (CHAIN ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質・ペプチド INSULIN (CHAIN A)


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P01315
#2: タンパク質・ペプチド INSULIN (CHAIN B)


分子量: 3403.927 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P01315

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 G

#3: タンパク質・ペプチド GENERAL PROTAMINE CHAIN


分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 115分子

#4: 化合物 ChemComp-CRS / M-CRESOL / m-クレゾ-ル


分子量: 108.138 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 103.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.72 %
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 7.3 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 Murea11
227 mMphosphoric acid11
321 mMm-cresol11
4120 mM11NaCl
53 mg/mlzinc-free pig insulin11
60.275 mM11ZnCl2

-
データ収集

反射
*PLUS
% possible obs: 75 % / Rmerge(I) obs: 0.071

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.194 / 最高解像度: 2 Å
詳細: CHAIN *G* IS THE GENERAL PROTAMINE CHAIN. THE PROTAMINE RESIDUES HAVE BEEN SELECTED TO FIT THE ELECTRON DENSITY WITHOUT ANY REFERENCE TO THE SEQUENCE OR CONTINUITY OF THE CLUPEINE Z. FOR THIS ...詳細: CHAIN *G* IS THE GENERAL PROTAMINE CHAIN. THE PROTAMINE RESIDUES HAVE BEEN SELECTED TO FIT THE ELECTRON DENSITY WITHOUT ANY REFERENCE TO THE SEQUENCE OR CONTINUITY OF THE CLUPEINE Z. FOR THIS REASON SOME ATOMS HAVE ZERO OCCUPANCY. THE SEQRES RECORDS FOR CHAIN *G* PRESENT THE ACTUAL SEQUENCE OF CLUPEINE Z. THE ATOM RECORDS FOR CHAIN *G* HAVE BEEN PRESENTED WITH RESIDUE NAME *UNK*. THE FOLLOWING PROTAMINE RESIDUES BELONG (LOOSELY) TOGETHER: ASSOCIATED WITH THE DIMER-DIMER INTERFACE G41, G 25, G 5, G 6, G 43; ASSOCIATED WITH THE TOP OF THE CENTRAL CAVITY G 8, G 21 - G 23, G 33. G 35 CA, C, O HAVE BEEN FITTED INTO DENSITY FOR THE UNIDENTIFIED ZINC LIGAND, NOTE THE OCCUPANCY FOR THE OTHER ATOMS OF G 35 IS ZERO. THERE IS AN APPROXIMATE THREEFOLD AXIS THROUGH (26.72, 26.72, 0) WITH DIRECTION COSINES (0.543, -0.543, 0.640).
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1343 0 40 109 1492
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 11522 / Rfactor obs: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33.7 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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