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万見
- PDB-7ifd: Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ifd
タイトルCrystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS102782 from ECBL-96
要素Endothiapepsin
キーワードHYDROLASE / crystallographic fragment screening / Endothiapepsin / ECBL-96 fragment library
機能・相同性
機能・相同性情報


endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Endothiapepsin
類似検索 - 構成要素
生物種Cryphonectria parasitica (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Wollenhaupt, J. / Benz, L.S. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Commission871037European Union
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.
履歴
登録2025年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothiapepsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9872
ポリマ－33,8141
非ポリマー1731
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.300, 72.970, 52.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endothiapepsin / Aspartate protease


分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物 ChemComp-A1CF0 / N-[(1H-imidazol-4-yl)methyl]aniline


分子量: 173.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 29 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M ammonium acetate and 0.1 M sodium acetate, pH 4.6
Time: 2-3 days

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→42.71 Å / Num. obs: 107929 / % possible obs: 94.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 8.59 / Num. measured all: 376779
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.15-1.2289.61.3558314165620.3371.5910.84
1.22-1.392.6153943160760.4581.1881.11
1.3-1.4194.70.65554303152640.6910.771.82
1.41-1.5495.80.37150187142300.8680.4383.2
1.54-1.7294.90.20244395127660.9580.2395.75
1.72-1.9997.20.09841359115610.9910.11511.78
1.99-2.4395.60.0563248796200.9960.06620.26
2.43-3.44980.0342735976620.9980.0431.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.15→42.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 1.104 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19459 2101 1.9 %RANDOM
Rwork0.17148 ---
obs0.17192 105828 94.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.284 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0 Å2-0.26 Å2
2--0.2 Å2-0 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.15→42.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 13 284 2666
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0156247
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0560.0185112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7051.6326131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9771.5768578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.695677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.62225.533150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.0415584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.502151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0250.021005
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7481.2843528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7591.2393406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4091.8353195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4091.8353196
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0921.2822719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0921.2822720
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.861.8672937
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.01315.8435230
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.57615.3225098
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.149→1.179 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 145 -
Rwork0.33 7279 -
obs--87.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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