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- PDB-7ifb: Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ifb
タイトルCrystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS103292 from ECBL-96
要素Endothiapepsin
キーワードHYDROLASE / crystallographic fragment screening / Endothiapepsin / ECBL-96 fragment library
機能・相同性
機能・相同性情報


endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ACETATE ION / Endothiapepsin
類似検索 - 構成要素
生物種Cryphonectria parasitica (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Wollenhaupt, J. / Benz, L.S. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Commission871037European Union
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.
履歴
登録2025年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothiapepsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4026
ポリマ－33,8141
非ポリマー5885
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.480, 73.430, 52.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Endothiapepsin / Aspartate protease


分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

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非ポリマー , 5種, 258分子

#2: 化合物 ChemComp-A1CDQ / (3R,4S)-4-phenoxypyrrolidin-3-ol


分子量: 179.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 29 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M ammonium acetate and 0.1 M sodium acetate, pH 4.6
Time: 2-3 days

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→42.92 Å / Num. obs: 93417 / % possible obs: 97.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 9.55 / Num. measured all: 311665
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.22-1.392.41.50744821142540.2971.8140.66
1.3-1.3997.90.86947762142510.581.0361.28
1.39-1.599.30.47445765134000.8060.5632.44
1.5-1.6497.50.25439891121430.9290.3034.35
1.64-1.8499.30.14439767112240.9790.178.04
1.84-2.1298.90.0763318398210.9930.0915.09
2.12-2.5997.40.052682882330.9960.0622.37
2.59-3.6699.10.0342166864760.9980.0432.09

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.22→42.92 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1683 2099 2.25 %
Rwork0.1572 --
obs0.1575 93400 97.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→42.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 40 253 2662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072591
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9133577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.268861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076426
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.22-1.250.37971230.44445351X-RAY DIFFRACTION86
1.25-1.280.35611390.35496037X-RAY DIFFRACTION97
1.28-1.320.30241330.30695809X-RAY DIFFRACTION94
1.32-1.360.29771440.26956233X-RAY DIFFRACTION100
1.36-1.40.25571410.24596155X-RAY DIFFRACTION99
1.4-1.450.26061430.22496193X-RAY DIFFRACTION99
1.45-1.510.2571430.21476229X-RAY DIFFRACTION99
1.51-1.580.17831400.16136100X-RAY DIFFRACTION98
1.58-1.660.15951390.14436033X-RAY DIFFRACTION97
1.66-1.770.15721420.12656195X-RAY DIFFRACTION99
1.77-1.90.13991430.12256223X-RAY DIFFRACTION99
1.9-2.090.12171430.11586187X-RAY DIFFRACTION99
2.09-2.40.131390.1196063X-RAY DIFFRACTION97
2.4-3.020.14171440.13286231X-RAY DIFFRACTION100
3.02-42.920.15781430.15116262X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.259-0.0284-0.02720.3684-0.0990.8565-0.0154-0.0390.02820.044-0.0023-0.00710.0005-0.03140.02010.11710.0026-0.02830.1387-0.00430.108334.427-4.194762.6558
21.5264-0.18170.33620.8107-0.1540.5448-0.0161-0.00810.0307-0.0121-0.0192-0.0552-0.0282-0.01130.03750.1183-0.0002-0.01070.1181-0.00380.076228.39986.668443.8921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 204 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 205 through 330 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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