PDB-7if8: Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7if8

タイトル

Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS102857 from ECBL-96

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / crystallographic fragment screening / Endothiapepsin / ECBL-96 fragment library

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Wollenhaupt, J. / Benz, L.S. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2025年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7if8.cif.gz	192.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7if8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7if8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7if8_validation.pdf.gz	760.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7if8_full_validation.pdf.gz	760.1 KB	表示
XML形式データ	7if8_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	7if8_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/7if8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/7if8	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002349 (142エントリ) 7iep 7ieq 7ier 7ies 7iet 7ieu 7iev 7iew 7iex 7iey
タイトル	Endothiapepsin vs. ECBL-96
タイプ	changed state
解説	Endothiapepsin in complex with fragments of the ECBL-96 fragment library. PanDDA analysis including auto-refined models with ligands placed according to PanDDA map, for weak binders event- and z-maps are included in the mmcif and are the determining evidence for the ligands. 2Fo-Fc and Fo-Fc maps will be mostly not useful to consider here. Ground state datasets used in PanDDA analysis are included in the deposition.

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.480, 73.210, 52.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.44, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-A1CFX / 3-{[(pyridin-2-yl)amino]methyl}phenol 分子量: 200.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₂N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 29 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M ammonium acetate and 0.1 M sodium acetate, pH 4.6 Time: 2-3 days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.31→34.85 Å / Num. obs: 76792 / % possible obs: 97.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_rim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 8.37 / Num. measured all: 260823

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
1.31-1.39	95	1.244	40683	12064	0.37	1.477	0.9
1.39-1.48	98.6	0.772	40134	11698	0.603	0.915	1.51
1.48-1.6	97.7	0.466	35688	10895	0.799	0.558	2.49
1.6-1.75	98.7	0.284	35101	10098	0.915	0.336	4.3
1.75-1.96	98.5	0.148	31842	9129	0.977	0.176	8.01
1.96-2.26	96.3	0.088	25190	7872	0.99	0.106	12.91
2.26-2.77	98	0.06	23992	6798	0.995	0.07	18.87
2.77-3.9	97.8	0.038	18110	5274	0.997	0.045	27.08

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.31→34.85 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1736	2101	2.74 %
R_work	0.1574	-	-
obs	0.1579	76785	97.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.31→34.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2369	0	27	260	2656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2564
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9	3541
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.8	855
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	420
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	456

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.31-1.34	0.3545	129	0.3319	4563	X-RAY DIFFRACTION	90
1.34-1.37	0.2924	140	0.2942	4987	X-RAY DIFFRACTION	98
1.37-1.41	0.2798	142	0.2694	5043	X-RAY DIFFRACTION	99
1.41-1.45	0.2448	139	0.2472	4956	X-RAY DIFFRACTION	98
1.45-1.5	0.2472	142	0.2266	5065	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5-1.55	0.2219	141	0.2062	4998	X-RAY DIFFRACTION	98
1.55-1.61	0.205	139	0.1826	4922	X-RAY DIFFRACTION	97
1.61-1.68	0.1863	142	0.1629	5058	X-RAY DIFFRACTION	99
1.68-1.77	0.1662	141	0.1443	5035	X-RAY DIFFRACTION	99
1.77-1.88	0.1612	142	0.1348	5036	X-RAY DIFFRACTION	99
1.88-2.03	0.1516	141	0.1263	5004	X-RAY DIFFRACTION	98
2.03-2.23	0.1545	136	0.1277	4867	X-RAY DIFFRACTION	96
2.23-2.56	0.1458	142	0.1292	5020	X-RAY DIFFRACTION	98
2.56-3.22	0.1469	142	0.1374	5047	X-RAY DIFFRACTION	98
3.22-34.85	0.1622	143	0.1506	5083	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3516	-0.0351	-0.0457	0.4632	0.096	1.1188	-0.0174	-0.046	0.0319	0.0304	-0.0094	0.0115	0.0027	-0.0433	0.0274	0.1262	0.0024	-0.0304	0.1056	-0.002	0.1468	33.568	-5.9612	64.062
2	1.4634	-0.0838	0.6563	0.5128	-0.2171	0.7903	-0.0436	0.0156	0.0924	-0.0185	-0.0209	-0.0415	-0.0364	-0.021	0.0753	0.1403	0.0037	-0.0101	0.0826	-0.0067	0.1314	29.1814	9.9808	43.7933
3	2.068	-0.5871	0.3443	0.71	-0.2621	0.5481	-0.0024	-0.0051	-0.0254	0.0211	-0.0213	-0.0899	-0.0239	0.0024	0.0293	0.1088	-0.0041	-0.0145	0.0716	0.0026	0.1046	31.2378	3.7695	45.5178

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 183 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 184 through 261 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 262 through 330 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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