PDB-7ieu: Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ieu

タイトル

Crystal structure of Endothiapepsin in complex with fragment EOS102483 from ECBL-96

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / crystallographic fragment screening / Endothiapepsin / ECBL-96 fragment library

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.18 Å

データ登録者

Wollenhaupt, J. / Benz, L.S. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: From fragments to follow-ups: rapid hit expansion by making use of EU-OPENSCREEN resources.
著者: Benz, L.S. / Wollenhaupt, J. / Jirgensons, A. / Miletic, T. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2025年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ieu.cif.gz	188.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ieu.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ieu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ieu_validation.pdf.gz	704.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ieu_full_validation.pdf.gz	704.8 KB	表示
XML形式データ	7ieu_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	7ieu_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/7ieu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/7ieu	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002349 (142エントリ) 7iep 7ieq 7ier 7ies 7iet 7ieu 7iev 7iew 7iex 7iey
タイトル	Endothiapepsin vs. ECBL-96
タイプ	changed state
解説	Endothiapepsin in complex with fragments of the ECBL-96 fragment library. PanDDA analysis including auto-refined models with ligands placed according to PanDDA map, for weak binders event- and z-maps are included in the mmcif and are the determining evidence for the ligands. 2Fo-Fc and Fo-Fc maps will be mostly not useful to consider here. Ground state datasets used in PanDDA analysis are included in the deposition.

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.280, 73.370, 52.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-A1CFE / (S)-1-(4-methoxyphenyl)-1-(1-methyl-1H-imidazol-2-yl)methanamine 分子量: 217.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 29 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M ammonium acetate and 0.1 M sodium acetate, pH 4.6 Time: 2-3 days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.18→40.95 Å / Num. obs: 99304 / % possible obs: 93.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 346618

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
1.18-1.25	90.4	1.217	53583	15456	0.39	1.439	0.98
1.25-1.34	91.4	0.882	50029	14687	0.614	1.044	1.34
1.34-1.44	94.1	0.544	50321	14071	0.797	0.639	2.28
1.44-1.58	94.5	0.307	44984	13034	0.911	0.363	3.96
1.58-1.77	94.7	0.166	42217	11842	0.97	0.195	7.39
1.77-2.04	96.1	0.075	37605	10586	0.995	0.088	15.71
2.04-2.5	93.4	0.042	29465	8721	0.998	0.05	27.38
2.5-3.53	97.4	0.023	24932	7054	0.999	0.027	45.22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.18→40.95 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1752	2101	2.12 %
R_work	0.1576	-	-
obs	0.158	99277	93.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.18→40.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2373	0	16	260	2649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2503
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.902	3445
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.708	827
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	410
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	441

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.18-1.21	0.3306	133	0.3027	6134	X-RAY DIFFRACTION	89
1.21-1.24	0.3082	135	0.2994	6267	X-RAY DIFFRACTION	91
1.24-1.27	0.2825	138	0.2771	6348	X-RAY DIFFRACTION	92
1.27-1.31	0.309	134	0.2672	6198	X-RAY DIFFRACTION	89
1.31-1.35	0.246	139	0.2412	6444	X-RAY DIFFRACTION	94
1.35-1.4	0.2416	139	0.2223	6452	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4-1.45	0.2224	143	0.1974	6579	X-RAY DIFFRACTION	95
1.45-1.52	0.1598	140	0.1678	6480	X-RAY DIFFRACTION	95
1.52-1.6	0.1626	137	0.1507	6372	X-RAY DIFFRACTION	92
1.6-1.7	0.1607	143	0.1342	6624	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7-1.83	0.1364	145	0.1234	6705	X-RAY DIFFRACTION	97
1.83-2.02	0.1316	144	0.1161	6670	X-RAY DIFFRACTION	96
2.02-2.31	0.1403	138	0.124	6354	X-RAY DIFFRACTION	92
2.31-2.91	0.1356	146	0.1375	6784	X-RAY DIFFRACTION	97
2.91-40.95	0.189	147	0.1523	6765	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3153	0.097	0.1643	0.6311	0.2381	1.1525	-0.0293	-0.0665	0.0336	0.0514	-0.0224	0.0586	-0.0179	-0.1106	0.0362	0.0789	0.0035	0.0005	0.1392	-0.0012	0.1376	30.4747	-5.6543	67.4569
2	0.3865	-0.0024	-0.018	0.8192	-0.5245	1.1494	-0.0031	-0.0182	0.0167	0.0097	-0.0183	-0.079	-0.0095	0.0589	0.001	0.0552	0.0024	0	0.1282	0.0012	0.158	42.1284	-1.0729	51.4035
3	1.0375	-0.1658	0.3884	0.6467	-0.1349	0.4667	-0.0164	-0.015	0.0183	-0.0075	-0.0214	-0.0468	-0.0249	-0.0073	0.0339	0.0697	0.0006	0.0083	0.1049	-0.0024	0.1138	28.1379	6.7841	43.5948

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 143 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 144 through 204 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 205 through 330 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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