PDB-7fiv: Crystal structure of the complex formed by Wolbachia cytoplasmic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fiv

タイトル

Crystal structure of the complex formed by Wolbachia cytoplasmic incompatibility factors CidA and CidBND1-ND2 from wPip(Tunis)

要素

CidA_I gamma/2 protein
CidB_I b/2 protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Wolbachia / cytoplasmic incompatibility / antitoxin

機能・相同性

Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / cysteine-type peptidase activity / Papain-like cysteine peptidase superfamily / proteolysis / CidA_I gamma/2 protein / CidB_I b/2 protein

機能・相同性情報

生物種

Wolbachia endosymbiont of Culex pipiens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Xiao, Y.J. / Wang, W. / Chen, X. / Ji, X.Y. / Yang, H.T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Crystal Structures of Wolbachia CidA and CidB Reveal Determinants of Bacteria-induced Cytoplasmic Incompatibility and Rescue.
著者: Wang, H. / Xiao, Y. / Chen, X. / Zhang, M. / Sun, G. / Wang, F. / Wang, L. / Zhang, H. / Zhang, X. / Yang, X. / Li, W. / Wei, Y. / Yao, D. / Zhang, B. / Li, J. / Cui, W. / Wang, F. / Chen, C. ...

履歴

登録	2021年8月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fiv.cif.gz	485 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fiv.ent.gz	395.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fiv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7fiv_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7fiv_full_validation.pdf.gz	453.3 KB	表示
XML形式データ	7fiv_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	7fiv_validation.cif.gz	56.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fiv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fiv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fitC 7fiuC 7fiwC 7esyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CidA_I gamma/2 protein

B: CidB_I b/2 protein

146 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.577, 181.577, 54.596
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	CidA_I gamma/2 protein 分子量: 57510.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Wolbachia endosymbiont of Culex pipiens (バクテリア) 遺伝子: cidA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K9VS01
#2: タンパク質	CidB_I b/2 protein 分子量: 88883.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Wolbachia endosymbiont of Culex pipiens (バクテリア) 遺伝子: cidB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K9VS18
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.24 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: batch mode 詳細: 0.1M BICINE pH 8.5, 15% w/v Polyethylene glycol 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 56251 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / B_iso Wilson estimate: 55.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.19 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.199 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 4.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.6-2.64	6.8	1.312	2772	0.411	0.506	1.414	1.008	99.6
2.64-2.69	8.5	1.182	2788	0.539	0.413	1.255	1.022	100
2.69-2.74	9.9	1.101	2803	0.615	0.359	1.16	1.058	100
2.74-2.8	10.8	0.965	2761	0.737	0.303	1.012	1.033	100
2.8-2.86	11	0.829	2798	0.764	0.257	0.869	1.067	100
2.86-2.93	11.1	0.744	2767	0.817	0.231	0.78	1.058	100
2.93-3	10.9	0.615	2801	0.863	0.193	0.645	1.066	100
3-3.08	10.4	0.545	2781	0.881	0.176	0.574	1.066	100
3.08-3.17	10.7	0.457	2788	0.909	0.144	0.479	1.073	100
3.17-3.28	11.5	0.37	2816	0.94	0.113	0.387	1.04	100
3.28-3.39	11.7	0.31	2801	0.965	0.093	0.324	1.007	100
3.39-3.53	11.7	0.27	2787	0.971	0.081	0.282	1.006	100
3.53-3.69	11.8	0.23	2817	0.981	0.07	0.241	1.019	100
3.69-3.88	11.6	0.201	2833	0.985	0.061	0.21	1.035	100
3.88-4.13	11.3	0.184	2794	0.982	0.058	0.193	0.999	100
4.13-4.45	12.3	0.157	2821	0.99	0.046	0.163	1.025	100
4.45-4.89	12.8	0.143	2826	0.992	0.041	0.149	1.023	100
4.89-5.6	12.6	0.136	2855	0.993	0.04	0.142	1.006	100
5.6-7.05	12.1	0.131	2864	0.992	0.039	0.137	1.002	100
7.05-50	11.4	0.089	2978	0.997	0.027	0.093	1.005	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ESY

7esy

解像度: 2.59→35.61 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2443	1998	3.56 %
R_work	0.1963	54172	-
obs	0.198	56170	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 160.76 Å² / B_iso mean: 71.8334 Å² / B_iso min: 25.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.59→35.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9156	0	0	183	9339
B_iso mean	-	-	-	56.8	-
残基数	-	-	-	-	1149

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.59-2.65	0.3528	142	0.3227	3718	3860	98
2.65-2.72	0.3344	139	0.2872	3864	4003	100
2.72-2.8	0.2921	139	0.284	3818	3957	100
2.8-2.89	0.3297	146	0.2663	3870	4016	100
2.89-3	0.354	143	0.2584	3836	3979	100
3-3.12	0.3134	140	0.2368	3854	3994	100
3.12-3.26	0.2708	143	0.2312	3859	4002	100
3.26-3.43	0.262	145	0.2105	3869	4014	100
3.43-3.65	0.2672	144	0.1906	3895	4039	100
3.65-3.93	0.206	141	0.1756	3847	3988	100
3.93-4.32	0.1985	146	0.1702	3874	4020	100
4.32-4.95	0.2284	142	0.1548	3926	4068	100
4.95-6.22	0.2278	145	0.1857	3928	4073	100
6.23-35.61	0.1976	143	0.166	4014	4157	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7251	0.7491	0.3964	4.1869	-0.5277	1.3229	0.0395	0.0638	0.279	0.0483	-0.1971	-0.3773	-0.126	0.4413	0.1482	0.3472	-0.1024	0.0182	0.5526	0.0707	0.4475	-48.1364	28.8524	0.9335
2	3.2413	-0.2618	-0.3022	1.9556	0.0456	1.2427	-0.1501	0.183	1.3759	-0.0171	-0.0942	0.2856	-0.4452	0.1832	0.1764	0.7055	-0.16	-0.0793	0.5262	0.151	1.241	-67.4839	54.4241	-9.6153
3	4.0889	-2.2261	1.4906	3.8233	-0.0681	1.7272	0.0882	0.2355	0.3668	0.0072	0.0695	0.7091	-0.2488	-0.4063	-0.1408	0.4194	0.1255	0.0556	0.5421	0.1279	0.7798	-109.2353	34.7742	-12.7423
4	6.9601	-0.2072	-1.3958	1.0984	-0.8928	2.5746	0.0655	-0.0532	-0.087	0.3231	0.2075	0.3551	-0.6453	-0.7454	-0.2375	0.6651	0.1835	0.1475	0.7232	0.078	0.9829	-119.0223	37.2884	-2.5075
5	6.6426	-0.4346	0.0521	2.8166	-0.0143	3.3657	0.0493	-0.0001	0.8186	0.1752	-0.0567	0.0532	-0.2878	0.0506	-0.0022	0.3564	-0.0188	0.0168	0.2789	0.0788	0.4757	-86.0975	36.2557	-6.7492
6	2.1251	-0.4256	0.4976	1.3432	-0.6207	0.8102	0.1524	-0.1619	0.4717	0.1177	-0.106	-0.0261	-0.147	0.1215	-0.033	0.4112	-0.0454	0.0174	0.3867	-0.0092	0.2963	-72.2406	20.1603	5.095
7	6.955	-4.1387	2.6828	5.2791	-0.5897	3.3891	-0.0858	-0.5898	-0.2607	0.3469	0.1196	0.4208	0.2394	0.1584	-0.0467	0.4595	-0.056	0.0068	0.3926	0.0762	0.1997	-68.9374	2.4489	15.2699
8	0.8986	0.0381	1.2248	1.5957	0.2516	4.9165	0.0892	-0.0827	-0.0676	0.2197	-0.0719	-0.2	0.3497	0.6525	-0.0188	0.3696	0.0141	0.0178	0.4861	0.0203	0.2913	-65.3667	3.0504	7.6895
9	3.0084	-0.7453	1.3236	2.4605	0.0997	2.4401	-0.0965	-0.0875	0.1887	-0.1286	0.0624	0.5138	-0.1813	-0.2419	0.0002	0.415	-0.0195	-0.0304	0.3961	0.0313	0.3252	-87.0229	12.2438	-10.2132
10	4.3238	0.7159	0.3232	4.8373	-1.848	5.684	0.1164	0.2144	-0.1537	-0.3812	0.0232	0.1621	0.2296	-0.0429	-0.138	0.3538	0.0091	0.0322	0.3227	-0.0936	0.1734	-79.0683	4.0875	-15.4397

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 196 )	A	2 - 196
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 197 through 427 )	A	197 - 427
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 4 through 168 )	B	4 - 168
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 169 through 235 )	B	169 - 235
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 236 through 365 )	B	236 - 365
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 366 through 462 )	B	366 - 462
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 463 through 505 )	B	463 - 505
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 506 through 604 )	B	506 - 604
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 605 through 662 )	B	605 - 662
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 663 through 758 )	B	663 - 758

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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