PDB-7fiw: Crystal structure of the complex formed by Wolbachia cytoplasmic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fiw

タイトル

Crystal structure of the complex formed by Wolbachia cytoplasmic incompatibility factors CidAwMel(ST) and CidBND1-ND2 from wPip(Pel)

要素

ULP_PROTEASE domain-containing protein
bacteria factor 4,CidA I(Zeta/1) protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Wolbachia / cytoplasmic incompatibility / antitoxin

機能・相同性

Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / cysteine-type peptidase activity / Papain-like cysteine peptidase superfamily / proteolysis / CidA I(Zeta/1) protein / ULP_PROTEASE domain-containing protein / Cytoplasmic incompatibility factor CifA

機能・相同性情報

生物種

Wolbachia endosymbiont of Culex quinquefasciatus Pel (バクテリア)

Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster (バクテリア)

Wolbachia endosymbiont of Culex pipiens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Xiao, Y.J. / Wang, W. / Chen, X. / Ji, X.Y. / Yang, H.T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Crystal Structures of Wolbachia CidA and CidB Reveal Determinants of Bacteria-induced Cytoplasmic Incompatibility and Rescue.
著者: Wang, H. / Xiao, Y. / Chen, X. / Zhang, M. / Sun, G. / Wang, F. / Wang, L. / Zhang, H. / Zhang, X. / Yang, X. / Li, W. / Wei, Y. / Yao, D. / Zhang, B. / Li, J. / Cui, W. / Wang, F. / Chen, C. ...

履歴

登録	2021年8月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fiw.cif.gz	498.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fiw.ent.gz	406.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fiw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fiw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fiw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fitC 7fiuC 7fivSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ULP_PROTEASE domain-containing protein

B: bacteria factor 4,CidA I(Zeta/1) protein

145 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.357, 98.690, 184.847
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ULP_PROTEASE domain-containing protein / bacteria factor 3 分子量: 88873.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Wolbachia endosymbiont of Culex quinquefasciatus Pel (バクテリア) 株: wPip / 遺伝子: WP0283 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3CP63
#2: タンパク質	bacteria factor 4,CidA I(Zeta/1) protein 分子量: 55964.977 Da / 分子数: 1 / Mutation: R7K,L47Y,P93R,Q288R,Y295S,N299D,G347E,E393R,I397L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimeric protein CidASTwMel 由来: (組換発現) Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster (バクテリア), (組換発現) Wolbachia endosymbiont of Culex pipiens (バクテリア) 遺伝子: WD_0631 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q73HD5, UniProt: A0A5B8WHG9
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: batch mode 詳細: 5% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1M HEPES pH 7.5, 10% w/v Polyethylene glycol 10000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 80310 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 38.53 Å² / R_merge(I) obs: 0.175 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.184 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 868431

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.15-2.19	6.2	1.048	3524	0.482	0.406	1.131	1.004	88
2.19-2.23	6.9	0.97	3711	0.559	0.361	1.04	1.009	93
2.23-2.27	7.2	0.849	3883	0.682	0.313	0.908	1.007	96.4
2.27-2.32	8.1	0.797	3983	0.757	0.28	0.848	1.004	99.2
2.32-2.37	9.4	0.719	4015	0.84	0.237	0.759	1.009	99.8
2.37-2.42	11	0.682	4010	0.878	0.211	0.715	1.001	100
2.42-2.48	11.5	0.638	4030	0.899	0.194	0.667	1.004	100
2.48-2.55	11.9	0.563	4017	0.93	0.169	0.588	1.008	100
2.55-2.62	11.8	0.489	4010	0.939	0.148	0.511	1.003	100
2.62-2.71	11.6	0.411	4047	0.953	0.125	0.43	1.002	100
2.71-2.81	10.9	0.346	4041	0.966	0.109	0.364	1.002	100
2.81-2.92	11.7	0.291	4047	0.975	0.088	0.304	1.016	100
2.92-3.05	12.7	0.255	4051	0.983	0.074	0.265	1.026	100
3.05-3.21	12.5	0.212	4030	0.987	0.062	0.221	0.998	100
3.21-3.41	12.2	0.179	4096	0.989	0.053	0.187	1.001	100
3.41-3.68	11.4	0.15	4076	0.991	0.046	0.157	1.025	100
3.68-4.05	12.3	0.132	4080	0.993	0.039	0.138	1.005	100
4.05-4.63	12.6	0.118	4139	0.995	0.034	0.123	1.017	100
4.63-5.83	11.4	0.109	4172	0.994	0.033	0.114	1.026	100
5.83-50	11.7	0.087	4348	0.997	0.027	0.091	1.018	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7FIV

7fiv

解像度: 2.16→31.62 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2196	2000	2.5 %
R_work	0.192	78142	-
obs	0.1926	80142	98.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.96 Å² / B_iso mean: 49.7114 Å² / B_iso min: 21.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.16→31.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9354	0	0	643	9997
B_iso mean	-	-	-	48.43	-
残基数	-	-	-	-	1151

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.16-2.21	0.3223	120	0.3091	4694	4814	84
2.21-2.27	0.3149	137	0.2881	5347	5484	95
2.27-2.34	0.3308	143	0.2681	5553	5696	99
2.34-2.42	0.3032	143	0.2511	5619	5762	100
2.42-2.5	0.2633	143	0.247	5584	5727	100
2.5-2.6	0.2614	144	0.2341	5630	5774	100
2.6-2.72	0.2723	144	0.2182	5637	5781	100
2.72-2.86	0.2395	144	0.2181	5638	5782	100
2.86-3.04	0.261	145	0.2156	5666	5811	100
3.04-3.28	0.2163	145	0.1984	5662	5807	100
3.28-3.61	0.2052	146	0.1855	5690	5836	100
3.61-4.13	0.1947	146	0.161	5720	5866	100
4.13-5.2	0.1762	147	0.1444	5783	5930	100
5.2-31.62	0.1757	153	0.1662	5919	6072	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3174	0.5228	-0.5688	2.5892	-0.9109	1.5323	-0.0428	-0.0964	-0.2611	0.1466	-0.0434	-0.0079	0.19	0.0171	0.0761	0.2049	0.005	0.024	0.2293	0.0042	0.241	57.4708	2.2628	113.2833
2	0.4537	-0.5804	-0.5011	1.5086	1.7354	2.0807	0.127	-0.0357	0.2445	0.0518	-0.1177	0.1345	-0.1442	-0.1532	-0.0188	0.3109	-0.0181	0.062	0.287	-0.0085	0.4013	49.0456	34.3544	113.0043
3	2.1666	-0.5461	-0.0824	1.9357	0.1507	1.5796	0.1071	-0.2941	0.4132	0.1537	-0.0757	0.0426	-0.2076	0.0104	-0.0313	0.4148	-0.0932	0.0852	0.3659	-0.0823	0.3847	54.4802	44.0769	128.3268
4	6.6395	0.379	0.3597	7.0489	7.3031	7.5742	-0.0042	0.2491	-0.03	0.2958	-0.0985	0.4871	0.4953	-0.4774	0.1029	0.3099	-0.0667	-0.0837	0.3918	0.2234	0.6094	44.639	45.449	89.2307
5	2.2601	0.7652	1.3209	1.1868	1.0844	2.1778	-0.215	-0.017	0.5933	-0.1982	0.1839	0.8091	-0.476	-0.5931	0.0235	0.4232	0.0524	-0.038	0.4731	0.2132	0.8208	45.495	58.3264	90.9196
6	2.3754	0.6764	-0.1512	0.3878	-0.6377	2.4471	0.062	-0.2299	0.3455	0.1853	-0.0982	0.4226	-1.2894	-0.437	0.0371	0.6817	0.0872	0.0878	0.3751	0.0796	0.9371	52.3312	70.6213	113.6456
7	0.4053	-0.8904	-1.1504	3.1201	3.4065	4.564	0.0485	0.0363	0.269	0.1581	0.1389	0.1034	-0.1091	0.0333	-0.1851	0.356	0.0073	-0.0029	0.3588	0.0796	0.6629	62.83	61.3717	101.1845
8	3.248	0.6075	-0.628	7.6931	1.8341	2.3671	-0.2312	0.341	0.177	-0.2072	0.4775	-0.5639	0.0874	0.0912	-0.2602	0.2628	-0.0554	-0.054	0.4102	0.0762	0.3293	68.975	41.1261	82.7323
9	1.8926	-0.2812	0.1445	2.3064	-0.2877	1.1966	-0.0653	0.5632	0.0355	-0.3003	0.0866	-0.1048	0.0971	0.338	-0.0212	0.2732	-0.0217	0.0011	0.5049	0.0021	0.174	57.1106	19.7382	79.0351
10	6.6257	-0.0426	0.3131	8.1066	-0.1409	3.4924	0.0508	0.2007	-0.598	-0.1288	0.1354	0.4411	0.2147	-0.1071	-0.1774	0.2297	-0.0349	-0.0317	0.3393	0.0486	0.3007	46.305	13.0444	81.8914

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 337 )	A	2 - 337
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 338 through 448 )	A	338 - 448
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 449 through 759 )	A	449 - 759
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 45 )	B	4 - 45
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 46 through 106 )	B	46 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 107 through 131 )	B	107 - 131
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 132 through 194 )	B	132 - 194
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 195 through 286 )	B	195 - 286
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 287 through 397 )	B	287 - 397
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 398 through 421 )	B	398 - 421

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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