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- PDB-7fit: Crystal structure of Wolbachia cytoplasmic incompatibility factor... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7fit | ||||||
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Title | Crystal structure of Wolbachia cytoplasmic incompatibility factor CidA from wMel | ||||||
![]() | bacteria factor 1 | ||||||
![]() | ANTITOXIN / Wolbachia / cytoplasmic incompatibility | ||||||
Function / homology | Cytoplasmic incompatibility factor CifA![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xiao, Y.J. / Wang, W. / Chen, X. / Ji, X.Y. / Yang, H.T. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structures of Wolbachia CidA and CidB Reveal Determinants of Bacteria-induced Cytoplasmic Incompatibility and Rescue. Authors: Wang, H. / Xiao, Y. / Chen, X. / Zhang, M. / Sun, G. / Wang, F. / Wang, L. / Zhang, H. / Zhang, X. / Yang, X. / Li, W. / Wei, Y. / Yao, D. / Zhang, B. / Li, J. / Cui, W. / Wang, F. / Chen, C. ...Authors: Wang, H. / Xiao, Y. / Chen, X. / Zhang, M. / Sun, G. / Wang, F. / Wang, L. / Zhang, H. / Zhang, X. / Yang, X. / Li, W. / Wei, Y. / Yao, D. / Zhang, B. / Li, J. / Cui, W. / Wang, F. / Chen, C. / Shen, W. / Su, D. / Bai, F. / Huang, J. / Ye, S. / Zhang, L. / Ji, X. / Wang, W. / Wang, Z. / Hochstrasser, M. / Yang, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 163.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 127.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 426.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 428.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7fiuC ![]() 7fivC ![]() 7fiwC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 55642.395 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: WD_0631 / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: batch mode Details: 0.2M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH 4.7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 3, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97852 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.75→50 Å / Num. obs: 14273 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 68.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.17 / Χ2: 2.05 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 249034 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 218.83 Å2 / Biso mean: 92.2452 Å2 / Biso min: 30 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.75→32.74 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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