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- PDB-7fiu: Crystal structure of the DUB domain of Wolbachia cytoplasmic inco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fiu
タイトルCrystal structure of the DUB domain of Wolbachia cytoplasmic incompatibility factor CidB from wMel
要素ULP_PROTEASE domain-containing protein
キーワードTOXIN / Wolbachia / cytoplasmic incompatibility / Deubiquitinase
機能・相同性Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / cysteine-type peptidase activity / Papain-like cysteine peptidase superfamily / proteolysis / Ubiquitin-like protease family profile domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Xiao, Y.J. / Wang, W. / Chen, X. / Ji, X.Y. / Yang, H.T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81772204 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Crystal Structures of Wolbachia CidA and CidB Reveal Determinants of Bacteria-induced Cytoplasmic Incompatibility and Rescue.
著者: Wang, H. / Xiao, Y. / Chen, X. / Zhang, M. / Sun, G. / Wang, F. / Wang, L. / Zhang, H. / Zhang, X. / Yang, X. / Li, W. / Wei, Y. / Yao, D. / Zhang, B. / Li, J. / Cui, W. / Wang, F. / Chen, C. ...著者: Wang, H. / Xiao, Y. / Chen, X. / Zhang, M. / Sun, G. / Wang, F. / Wang, L. / Zhang, H. / Zhang, X. / Yang, X. / Li, W. / Wei, Y. / Yao, D. / Zhang, B. / Li, J. / Cui, W. / Wang, F. / Chen, C. / Shen, W. / Su, D. / Bai, F. / Huang, J. / Ye, S. / Zhang, L. / Ji, X. / Wang, W. / Wang, Z. / Hochstrasser, M. / Yang, H.
履歴
登録2021年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ULP_PROTEASE domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2591
ポリマ－33,2591
非ポリマー00
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.110, 60.590, 85.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ULP_PROTEASE domain-containing protein / bacteria factor B


分子量: 33259.301 Da / 分子数: 1 / 断片: DUB domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster (バクテリア)
遺伝子: WD_0632 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q73HD4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.19 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 10mM Nickel (II) Chloride hexahydrate, 100mM TRIS pH 8.5, 20% w/v Polyethylene Glycol Monomethyl Ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→49.45 Å / Num. obs: 22187 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 36.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 190236 / Scaling rejects: 144
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.84-1.899.11.0631451315900.680.3691.1262.198.6
8.23-49.456.50.05619733020.9960.0220.06126.598.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.84→49.45 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 1008 4.55 %
Rwork0.2092 21140 -
obs0.2105 22148 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.28 Å2 / Biso mean: 46.7845 Å2 / Biso min: 21.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→49.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2111 0 0 68 2179
Biso mean---49.48 -
残基数----270
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.84-1.940.39691380.31132928306698
1.94-2.060.27931450.24422954309999
2.06-2.220.27991280.23143002313099
2.22-2.440.26831500.20932982313299
2.44-2.790.25311400.213330403180100
2.79-3.520.22071540.207430443198100
3.52-49.450.21961530.19643190334399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5562.72660.79512.2792-0.98952.2819-0.4380.504-0.0708-1.44610.1346-0.3683-0.2382-0.43410.25280.63790.05750.04150.3312-0.08060.2422-29.27016.7983-42.3209
24.07060.95282.4653.47940.35746.93680.116-0.32770.0834-0.2247-0.312-0.0932-0.0835-0.10330.19440.29250.0589-0.02550.2722-0.00250.3-23.424810.8151-26.1959
35.89442.16760.67844.9473-0.63286.1801-0.08920.55060.3914-0.34710.1134-0.3983-0.68860.6077-0.05350.38720.0040.00290.37890.03670.2974-1.822817.3214-17.2586
45.8810.67480.13434.6187-0.64284.64530.01020.3495-0.3456-0.2941-0.1535-0.54480.21420.54250.06080.27250.02840.00650.2698-0.01670.2565-2.29364.7991-13.6391
52.99430.39711.2851.7660.00443.13350.0036-0.0998-0.14480.0809-0.03010.0380.0633-0.08420.03040.27990.02430.01430.1873-0.01230.2215-13.37928.4102-4.9517
64.436-0.1921.3113.915-2.04395.8379-0.05540.19610.24080.1266-0.01630.03820.1445-0.0490.09740.42090.0826-0.01030.2862-0.02280.2909-29.054413.6895-32.0616
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 837 through 852 )A837 - 852
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 853 through 891 )A853 - 891
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 892 through 952 )A892 - 952
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 953 through 1015 )A953 - 1015
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1016 through 1085 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1086 through 1121 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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