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万見
- PDB-7fig: luteinizing hormone/choriogonadotropin receptor(S277I)-chorionic ... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7fig
タイトルluteinizing hormone/choriogonadotropin receptor(S277I)-chorionic gonadotropin-Gs complex
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 2
  • Camelid antibody VHH fragment Nb35
  • Choriogonadotropin subunit beta 3
  • Engineered guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha
  • Glycoprotein hormones alpha chain
  • Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / glycoprotein hormone receptor / luteinizing hormone / chorionic gonadotropin / GPCR / Gs-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


luteinizing hormone receptor activity / choriogonadotropin hormone receptor activity / choriogonadotropin hormone binding / regulation of steroid hormone biosynthetic process / development of secondary male sexual characteristics / luteinizing hormone signaling pathway / positive regulation of steroid biosynthetic process / follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex ...luteinizing hormone receptor activity / choriogonadotropin hormone receptor activity / choriogonadotropin hormone binding / regulation of steroid hormone biosynthetic process / development of secondary male sexual characteristics / luteinizing hormone signaling pathway / positive regulation of steroid biosynthetic process / follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex / luteinizing hormone secretion / follicle-stimulating hormone secretion / Thyroxine biosynthesis / Mineralocorticoid biosynthesis / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / Glycoprotein hormones / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / Hormone ligand-binding receptors / Androgen biosynthesis / ovulation cycle process / follicle-stimulating hormone signaling pathway / female gamete generation / cellular response to gonadotropin stimulus / negative regulation of organ growth / cellular response to luteinizing hormone stimulus / regulation of signaling receptor activity / male genitalia development / thyroid hormone generation / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G protein-coupled peptide receptor activity / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / organ growth / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / spectrin binding / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / seminiferous tubule development / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / uterus development / thyroid gland development / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / photoreceptor outer segment / ovarian follicle development / hormone-mediated signaling pathway / cardiac muscle cell apoptotic process / photoreceptor inner segment / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / hormone activity / Golgi lumen / centriolar satellite / cognition / male gonad development / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex
類似検索 - 分子機能
Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor / Gonadotropin, beta subunit, conserved site / Glycoprotein hormones beta chain signature 1. / Glycoprotein hormones beta chain signature 2. / Glycoprotein hormone beta chain homologues. / Glycoprotein hormone alpha chain / Glycoprotein hormone / Glycoprotein hormones alpha chain signature 1. / Glycoprotein hormones alpha chain signature 2. / Glycoprotein hormones alpha chain family profile. ...Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor / Gonadotropin, beta subunit, conserved site / Glycoprotein hormones beta chain signature 1. / Glycoprotein hormones beta chain signature 2. / Glycoprotein hormone beta chain homologues. / Glycoprotein hormone alpha chain / Glycoprotein hormone / Glycoprotein hormones alpha chain signature 1. / Glycoprotein hormones alpha chain signature 2. / Glycoprotein hormones alpha chain family profile. / Glycoprotein hormone alpha chain homologues. / Gonadotropin, beta subunit / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Glycoprotein hormone receptor family / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Cystine-knot cytokine / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Leucine-rich repeat domain superfamily / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein hormones alpha chain / Choriogonadotropin subunit beta 3 / Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Duan, J. / Xu, P. / Cheng, X. / Mao, C. / Croll, T. / He, X. / Shi, J. / Luan, X. / Yin, W. / You, E. ...Duan, J. / Xu, P. / Cheng, X. / Mao, C. / Croll, T. / He, X. / Shi, J. / Luan, X. / Yin, W. / You, E. / Liu, Q. / Zhang, S. / Jiang, H. / Zhang, Y. / Jiang, Y. / Xu, H.E.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0507002 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structures of full-length glycoprotein hormone receptor signalling complexes.
著者: Jia Duan / Peiyu Xu / Xi Cheng / Chunyou Mao / Tristan Croll / Xinheng He / Jingjing Shi / Xiaodong Luan / Wanchao Yin / Erli You / Qiufeng Liu / Shuyang Zhang / Hualiang Jiang / Yan Zhang / ...著者: Jia Duan / Peiyu Xu / Xi Cheng / Chunyou Mao / Tristan Croll / Xinheng He / Jingjing Shi / Xiaodong Luan / Wanchao Yin / Erli You / Qiufeng Liu / Shuyang Zhang / Hualiang Jiang / Yan Zhang / Yi Jiang / H Eric Xu /
要旨: Luteinizing hormone and chorionic gonadotropin are glycoprotein hormones that are related to follicle-stimulating hormone and thyroid-stimulating hormone. Luteinizing hormone and chorionic ...Luteinizing hormone and chorionic gonadotropin are glycoprotein hormones that are related to follicle-stimulating hormone and thyroid-stimulating hormone. Luteinizing hormone and chorionic gonadotropin are essential to human reproduction and are important therapeutic drugs. They activate the same G-protein-coupled receptor, luteinizing hormone-choriogonadotropin receptor (LHCGR), by binding to the large extracellular domain. Here we report four cryo-electron microscopy structures of LHCGR: two structures of the wild-type receptor in the inactive and active states; and two structures of the constitutively active mutated receptor. The active structures are bound to chorionic gonadotropin and the stimulatory G protein (G), and one of the structures also contains Org43553, an allosteric agonist. The structures reveal a distinct 'push-and-pull' mechanism of receptor activation, in which the extracellular domain is pushed by the bound hormone and pulled by the extended hinge loop next to the transmembrane domain. A highly conserved 10-residue fragment (P10) from the hinge C-terminal loop at the interface between the extracellular domain and the transmembrane domain functions as a tethered agonist to induce conformational changes in the transmembrane domain and G-protein coupling. Org43553 binds to a pocket of the transmembrane domain and interacts directly with P10, which further stabilizes the active conformation. Together, these structures provide a common model for understanding the signalling of glycoprotein hormone receptors and a basis for drug discovery for endocrine diseases.
履歴
登録2021年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31596
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Engineered guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
N: Camelid antibody VHH fragment Nb35
R: Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor
X: Glycoprotein hormones alpha chain
Y: Choriogonadotropin subunit beta 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,67712
ポリマ－212,5717
非ポリマー1,1065
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ARXY

#1: タンパク質 Engineered guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha


分子量: 41879.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#5: タンパク質 Lutropin-choriogonadotropic hormone receptor / LH/CG-R / Luteinizing hormone receptor / LHR / LSH-R


分子量: 78655.875 Da / 分子数: 1 / Mutation: S277I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LHCGR, LCGR, LGR2, LHRHR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P22888
#6: タンパク質 Glycoprotein hormones alpha chain / Anterior pituitary glycoprotein hormones common subunit alpha / Choriogonadotropin alpha chain / ...Anterior pituitary glycoprotein hormones common subunit alpha / Choriogonadotropin alpha chain / Chorionic gonadotrophin subunit alpha / CG-alpha / Follicle-stimulating hormone alpha chain / FSH-alpha / Follitropin alpha chain / Luteinizing hormone alpha chain / LSH-alpha / Lutropin alpha chain / Thyroid-stimulating hormone alpha chain / TSH-alpha / Thyrotropin alpha chain


分子量: 13091.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01215
#7: タンパク質 Choriogonadotropin subunit beta 3 / Choriogonadotropin subunit beta / CG-beta / Chorionic gonadotropin chain beta


分子量: 17755.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGB3, CGB, CGB5, CGB8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DN86

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 2種, 2分子 BG

#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 38613.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gnb1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P54311
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63212

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抗体 / 糖 , 2種, 6分子 N

#4: 抗体 Camelid antibody VHH fragment Nb35


分子量: 14714.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1luteinizing hormone/choriogonadotropin receptor(S277I)-chorionic gonadotropin-Gs complexCOMPLEX#1-#70MULTIPLE SOURCES
2luteinizing hormoneCOMPLEX#61RECOMBINANT
3choriogonadotropin receptorCOMPLEX#51RECOMBINANT
4chorionic gonadotropinCOMPLEX#71RECOMBINANT
5Gs proteinCOMPLEX#1-#31MULTIPLE SOURCES
6antibodyCOMPLEX#41RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
45Bos taurus (ウシ)9913
55Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
66Lama glama (ラマ)9844
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
34Homo sapiens (ヒト)9606
45Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
56Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 70 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 355345 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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