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- PDB-7fi7: Crystal structure of human MICA mutants in complex with natural k... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fi7
タイトルCrystal structure of human MICA mutants in complex with natural killer cell receptor NKG2D
要素
  • MHC class I polypeptide-related sequence A
  • NKG2-D type II integral membrane protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / NKG2D / MICA / thermal stability
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response to tumor cell / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / gamma-delta T cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity ...immune response to tumor cell / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / gamma-delta T cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / natural killer cell mediated cytotoxicity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / MHC class I protein binding / nitric oxide biosynthetic process / T cell costimulation / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / peptide antigen binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / DAP12 signaling / signaling receptor activity / response to heat / cellular response to lipopolysaccharide / carbohydrate binding / defense response to virus / killing of cells of another organism / adaptive immune response / cell differentiation / defense response to Gram-positive bacterium / receptor ligand activity / defense response to bacterium / immune response / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / DNA damage response / cell surface / signal transduction / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NKG2-D type II integral membrane protein / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : ...NKG2-D type II integral membrane protein / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
NKG2-D type II integral membrane protein / MHC class I polypeptide-related sequence A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Cai, W. / Peng, S. / Xu, T. / Tian, Y. / Li, Y. / Liu, J.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of human MICA mutants in complex with natural killer cell receptor NKG2D
著者: Cai, W. / Peng, S. / Xu, T. / Tian, Y. / Li, Y. / Liu, J.
履歴
登録2021年7月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NKG2-D type II integral membrane protein
B: NKG2-D type II integral membrane protein
C: MHC class I polypeptide-related sequence A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0063
ポリマ－64,0063
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area25840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.254, 124.254, 184.676
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 93 - 215 / Label seq-ID: 16 - 138

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 NKG2-D type II integral membrane protein / Killer cell lectin-like receptor subfamily K member 1 / NK cell receptor D / NKG2-D-activating NK receptor


分子量: 16110.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLRK1, D12S2489E, NKG2D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26718
#2: タンパク質 MHC class I polypeptide-related sequence A / MIC-A


分子量: 31785.590 Da / 分子数: 1 / Mutation: S14M, Q109I, Q121G, L147W, Y158W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICA, PERB11.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q29983
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.82 % / Mosaicity: 0.25 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 2.25 M Ammonium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→19.835 Å / Num. obs: 18507 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 25.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.78-2.9326.81.1467121326540.9070.2241.1683.6100
8.79-19.83220.0321326960210.0070.03383.291.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1hyr

1hyr


解像度: 2.78→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 13.328 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.395 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 902 4.9 %RANDOM
Rwork0.1915 ---
obs0.194 17564 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 201.11 Å2 / Biso mean: 66.986 Å2 / Biso min: 38.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.63 Å20 Å2-0 Å2
2---1.63 Å20 Å2
3---3.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.78→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4225 0 0 6 4231
Biso mean---47.69 -
残基数----521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5941.6435897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2321.5748796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.6515517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.70823.136236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.74615746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3031522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02920
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3536 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.16 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.78→2.851 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 61 -
Rwork0.267 1268 -
all-1329 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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