PDB-7fi1: Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt14...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fi1

タイトル

Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt1473 (WT) from Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) in ManA bound form at pH-7.0

要素

Polysaccharide lyase

キーワード

LYASE / Anionic Polysaccharide lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucuronan lyase / glucuronan lyase activity / mannuronate-specific alginate lyase / poly(beta-D-mannuronate) lyase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / hyaluronate lyase / hyaluronate lyase activity / polysaccharide catabolic process / cell outer membrane / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Pandey, S. / Berger, B.W. / Acharya, R.

資金援助

インド,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the mechanism of pH-selective substrate specificity of the polysaccharide lyase Smlt1473.
著者: Pandey, S. / Mahanta, P. / Berger, B.W. / Acharya, R.

履歴

登録	2021年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fi1.cif.gz	80.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fi1.ent.gz	55 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fi1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7fi1_validation.pdf.gz	768 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7fi1_full_validation.pdf.gz	769.9 KB	表示
XML形式データ	7fi1_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	7fi1_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fi1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fhuSC 7fhvC 7fhwC 7fhxC 7fhyC 7fhzC 7fi0C 7fi2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7fhw-1 7fhw-2 7fhy-1 7fhy-2 7fhv-2 7fhz-d 7fi0-d 3amc-1 1v6y-d 4j3d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Polysaccharide lyase

ヘテロ分子

36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.139, 160.228, 46.878
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-810- HOH

#1: タンパク質

Polysaccharide lyase / PL / Alginate lyase / Endolytic polysaccharide lyase / Hyaluronate lyase / Multifunctional ...

分子量: 35428.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア)
株: K279a / 遺伝子: Smlt1473 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: B2FHL8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する

#2: 多糖

beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpAb1-4DManpAb1-4DManpAb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122A-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M LiSo4 Monohydrate, 0.1M Sodium Cacodylate pH-7.0, 30%(w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2018年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→35.76 Å / Num. obs: 13632 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 20.24
反射シェル	解像度: 2.43→2.53 Å / 冗長度: 2.47 % / R_merge(I) obs: 0.5379 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 1217 / CC_1/2: 0.338 / % possible all: 76.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7FHU

7fhu

解像度: 2.43→35.723 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.874 / SU B: 12.399 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.538 / ESU R Free: 0.296 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2669	620	4.583 %
R_work	0.2286	12908	-
all	0.23	-	-
obs	-	13528	94.37 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.248 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.316 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.123 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.439 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→35.723 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2414	0	42	54	2510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	2283
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.504	1.664	3442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.47	1.6	5222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.498	5	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.217	20.833	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.79	15	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.111	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	640
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	664
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.022	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.156	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.241	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.094	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.873	3.358	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.87	3.357	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.991	5.029	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.99	5.031	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.735	3.531	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.717	3.523	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.767	5.244	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.761	5.232	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.577	40.147	2994
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.569	40.151	2992

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.43-2.493	0.426	38	0.353	626	0.357	1031	0.659	0.658	64.4035	0.34
2.493-2.561	0.344	39	0.333	855	0.334	995	0.818	0.749	89.8492	0.319
2.561-2.635	0.288	29	0.304	905	0.303	983	0.81	0.799	95.0153	0.284
2.635-2.715	0.392	42	0.303	866	0.307	945	0.707	0.786	96.0847	0.274
2.715-2.804	0.276	39	0.284	861	0.284	935	0.823	0.83	96.2567	0.259
2.804-2.902	0.381	41	0.268	818	0.273	891	0.811	0.863	96.4085	0.24
2.902-3.01	0.32	30	0.255	809	0.257	868	0.839	0.89	96.659	0.221
3.01-3.132	0.226	38	0.257	770	0.255	830	0.896	0.893	97.3494	0.228
3.132-3.27	0.342	34	0.253	758	0.257	813	0.839	0.881	97.417	0.223
3.27-3.429	0.306	33	0.227	727	0.231	774	0.854	0.9	98.1912	0.207
3.429-3.612	0.214	30	0.214	700	0.214	743	0.941	0.936	98.2503	0.192
3.612-3.829	0.241	30	0.208	643	0.21	686	0.932	0.943	98.1049	0.194
3.829-4.09	0.252	27	0.181	629	0.184	667	0.937	0.951	98.3508	0.162
4.09-4.413	0.222	37	0.17	582	0.173	629	0.945	0.961	98.4102	0.156
4.413-4.827	0.201	27	0.172	549	0.174	584	0.952	0.961	98.6301	0.161
4.827-5.384	0.197	26	0.189	484	0.19	520	0.948	0.95	98.0769	0.171
5.384-6.194	0.231	26	0.206	441	0.208	477	0.959	0.946	97.9036	0.189
6.194-7.529	0.217	23	0.175	378	0.178	405	0.944	0.96	99.0123	0.161
7.529-10.419	0.157	19	0.162	307	0.162	329	0.973	0.975	99.0881	0.163
10.419-35.723	0.57	12	0.284	200	0.294	222	0.817	0.934	95.4955	0.275

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