PDB-7fi0: Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt14...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fi0

タイトル

Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt1473 (WT) from Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) in ManA bound form at pH-5.0

要素

Polysaccharide lyase

キーワード

LYASE / Anionic Polysaccharide lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucuronan lyase / glucuronan lyase activity / mannuronate-specific alginate lyase / poly(beta-D-mannuronate) lyase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / hyaluronate lyase / hyaluronate lyase activity / polysaccharide catabolic process / cell outer membrane / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Pandey, S. / Berger, B.W. / Acharya, R.

資金援助

インド,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the mechanism of pH-selective substrate specificity of the polysaccharide lyase Smlt1473.
著者: Pandey, S. / Mahanta, P. / Berger, B.W. / Acharya, R.

履歴

登録	2021年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fi0.cif.gz	82.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fi0.ent.gz	57.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fi0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7fi0_validation.pdf.gz	790.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7fi0_full_validation.pdf.gz	792.2 KB	表示
XML形式データ	7fi0_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	7fi0_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fi0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fhuSC 7fhvC 7fhwC 7fhxC 7fhyC 7fhzC 7fi1C 7fi2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7fhw-2 7fhz-d 7fhw-1 7fhx-2 7fhy-2 3pb0-1 1v6y-d 7fhu-1 1nar-d 7fhv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Polysaccharide lyase

ヘテロ分子

36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.757, 160.662, 48.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-630- HOH

#1: タンパク質

Polysaccharide lyase / PL / Alginate lyase / Endolytic polysaccharide lyase / Hyaluronate lyase / Multifunctional ...

分子量: 35428.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア)
株: K279a / 遺伝子: Smlt1473 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: B2FHL8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する

#2: 多糖

beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpAb1-4DManpAb1-4DManpAb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122A-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.4 % / 解説: rod-shaped
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2M LiSo4 Monohydrate, 0.1M Sodium acetate pH-5.0, 30% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2018年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→29.45 Å / Num. obs: 17710 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 6.39 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 10.04
反射シェル	解像度: 2.31→2.41 Å / 冗長度: 2.88 % / R_merge(I) obs: 0.5597 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique obs: 1763 / CC_1/2: 0.578 / % possible all: 80.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7FHU

7fhu

解像度: 2.31→29.402 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.238 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2515	892	5.042 %
R_work	0.2049	16800	-
all	0.207	-	-
obs	-	17692	95.726 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.624 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.726 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.397 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.672 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→29.402 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2418	0	49	173	2640

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.604	1.663	3455
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.668	1.599	5246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.45	5	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.332	20.833	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.484	15	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.311	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	642
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	642
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.222	0.2	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.157	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.24	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.362	2.043	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.361	2.042	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.197	3.062	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.196	3.063	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.792	2.279	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.77	2.273	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.951	3.335	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.93	3.325	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.294	24.36	3028
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.226	24.24	3001

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.31-2.37	0.372	55	0.303	987	0.306	1313	0.773	0.808	79.3602	0.262
2.37-2.434	0.288	63	0.273	1037	0.274	1316	0.86	0.843	83.5866	0.231
2.434-2.504	0.313	52	0.253	1071	0.256	1270	0.813	0.872	88.4252	0.211
2.504-2.581	0.264	50	0.24	1097	0.241	1219	0.907	0.893	94.0935	0.195
2.581-2.665	0.255	58	0.211	1157	0.213	1215	0.889	0.921	100	0.172
2.665-2.757	0.269	58	0.218	1115	0.221	1173	0.895	0.909	100	0.175
2.757-2.861	0.304	61	0.208	1035	0.214	1096	0.882	0.913	100	0.175
2.861-2.976	0.292	52	0.225	1034	0.228	1086	0.877	0.907	100	0.191
2.976-3.107	0.288	35	0.211	1003	0.214	1038	0.902	0.908	100	0.175
3.107-3.257	0.278	45	0.214	953	0.217	998	0.909	0.923	100	0.183
3.257-3.431	0.253	47	0.188	909	0.191	957	0.925	0.945	99.8955	0.164
3.431-3.636	0.22	61	0.196	823	0.198	889	0.953	0.948	99.4376	0.17
3.636-3.883	0.213	39	0.196	813	0.197	853	0.946	0.948	99.8828	0.17
3.883-4.188	0.257	42	0.178	757	0.182	799	0.926	0.956	100	0.155
4.188-4.578	0.189	54	0.158	695	0.16	749	0.958	0.964	100	0.139
4.578-5.103	0.187	30	0.162	644	0.163	676	0.968	0.968	99.7041	0.147
5.103-5.863	0.195	32	0.187	564	0.187	596	0.959	0.963	100	0.163
5.863-7.11	0.277	24	0.183	500	0.187	526	0.944	0.954	99.6198	0.166
7.11-9.774	0.213	23	0.162	404	0.165	427	0.964	0.969	100	0.148
9.774-29.402	0.251	11	0.232	203	0.233	271	0.948	0.956	78.9668	0.207

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