PDB-7fhu: Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt14...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fhu

タイトル

Crystal structure of Multi-functional Polysaccharide lyase Smlt1473 from Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) in apo form at pH 8.5

要素

Polysaccharide lyase

キーワード

LYASE / Anionic Polysaccharide lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucuronan lyase / glucuronan lyase activity / mannuronate-specific alginate lyase / poly(beta-D-mannuronate) lyase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / hyaluronate lyase / hyaluronate lyase activity / polysaccharide catabolic process / cell outer membrane / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Pandey, S. / Berger, B.W. / Acharya, R.

資金援助

インド,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the mechanism of pH-selective substrate specificity of the polysaccharide lyase Smlt1473.
著者: Pandey, S. / Mahanta, P. / Berger, B.W. / Acharya, R.

履歴

登録	2021年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fhu.cif.gz	139.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fhu.ent.gz	103.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fhu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7fhvC 7fhwC 7fhxC 7fhyC 7fhzC 7fi0C 7fi1C 7fi2C 1qazS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7fi0-d 7fhz-d 7fhw-2 1v6y-d 7fhw-1 5j5d-d 1mpl-d 3pb0-1 7fhu-2 7fhy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Polysaccharide lyase

B: Polysaccharide lyase

ヘテロ分子

71.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polysaccharide lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polysaccharide lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.022, 66.804, 103.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.386, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Polysaccharide lyase / PL / Alginate lyase / Endolytic polysaccharide lyase / Hyaluronate lyase / Multifunctional ...PL / Alginate lyase / Endolytic polysaccharide lyase / Hyaluronate lyase / Multifunctional polysaccharide lyase / Poly-beta-D-glucuronate lyase 分子量: 35428.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia K279a (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: Smlt1473 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: B2FHL8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.76 % 解説: Long rod-shaped THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M lithium sulfate monohydrate, 0.1M Tris-HCl pH-8.5, 30% (w/v) PEG 4000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2016年3月26日 / 詳細: HELIOS-MX
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→43.89 Å / Num. obs: 22678 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.66 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1232 / Net I/σ(I): 19.97
反射シェル	解像度: 2.43→2.53 Å / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.4421 / Mean I/σ(I) obs: 5.11 / Num. unique obs: 2531 / CC_1/2: 0.948 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QAZ

1qaz

解像度: 2.43→43.854 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / WR_factor R_free: 0.227 / WR_factor R_work: 0.186 / SU B: 10.567 / SU ML: 0.24 / Average fsc free: 0.8887 / Average fsc work: 0.9159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.026 / ESU R Free: 0.327 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2737	1033	4.596 %
R_work	0.2273	21443	-
all	0.229	-	-
obs	-	22476	99.153 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.892 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.836 Å²	-0 Å²	-0.475 Å²
2-	-	-1.864 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.099 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→43.854 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4782	0	25	179	4986

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	4938
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.227	1.638	6735
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.429	1.585	10159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.532	5	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.583	21.133	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.168	15	711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.319	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5801
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	4292
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.075	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.659	2.261	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.659	2.261	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.643	3.389	3064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.643	3.389	3065
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.88	2.448	2484
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.877	2.439	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.403	3.597	3671
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.396	3.582	3642
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.589	26.105	5739
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.546	26.093	5721

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.43-2.493	0.349	99	0.296	1536	0.299	1643	0.819	0.848	99.5131	0.236
2.493-2.561	0.323	91	0.285	1556	0.287	1654	0.846	0.87	99.5768	0.227
2.561-2.635	0.327	64	0.269	1450	0.272	1538	0.864	0.894	98.4395	0.214
2.635-2.716	0.373	59	0.269	1453	0.273	1544	0.825	0.894	97.9275	0.208
2.716-2.805	0.248	46	0.253	1400	0.253	1473	0.875	0.911	98.167	0.199
2.805-2.903	0.285	56	0.254	1381	0.255	1450	0.909	0.913	99.1035	0.203
2.903-3.012	0.296	64	0.25	1296	0.252	1370	0.902	0.912	99.2701	0.209
3.012-3.134	0.289	60	0.25	1286	0.252	1354	0.894	0.911	99.4092	0.214
3.134-3.273	0.301	62	0.248	1189	0.251	1257	0.883	0.917	99.5227	0.213
3.273-3.431	0.316	61	0.246	1180	0.249	1248	0.888	0.922	99.4391	0.21
3.431-3.616	0.317	44	0.213	1116	0.217	1167	0.886	0.943	99.4002	0.181
3.616-3.833	0.194	47	0.194	1053	0.194	1108	0.946	0.952	99.278	0.162
3.833-4.096	0.27	57	0.186	976	0.19	1044	0.912	0.953	98.9464	0.159
4.096-4.421	0.22	58	0.166	923	0.169	991	0.944	0.963	98.9909	0.149
4.421-4.838	0.179	40	0.17	827	0.17	876	0.962	0.959	98.9726	0.151
4.838-5.401	0.269	36	0.197	782	0.201	819	0.927	0.943	99.8779	0.176
5.401-6.22	0.181	37	0.215	688	0.213	725	0.93	0.932	100	0.194
6.22-7.58	0.204	25	0.182	588	0.183	613	0.946	0.946	100	0.164
7.58-10.564	0.233	19	0.174	470	0.177	489	0.946	0.963	100	0.168
10.564-43.854	0.542	8	0.348	293	0.352	301	0.799	0.911	100	0.298

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