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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fhk | ||||||||||||
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タイトル | Structure of AtTPC1 with 1 mM Ca2+ | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / non-selective cation channel / dimer / vacuole | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of jasmonic acid biosynthetic process / seed germination / regulation of stomatal movement / plant-type vacuole / vacuole / vacuolar membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy ...regulation of jasmonic acid biosynthetic process / seed germination / regulation of stomatal movement / plant-type vacuole / vacuole / vacuolar membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / calcium-mediated signaling / calcium ion transport / calcium ion binding / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Human respiratory syncytial virus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ye, F. / Xu, L. / Li, X. / Jiang, Y. / Guo, J. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Voltage-gating and cytosolic Ca activation mechanisms of two-pore channel AtTPC1. 著者: Fan Ye / Lingyi Xu / Xiaoxiao Li / Weizhong Zeng / Ninghai Gan / Cheng Zhao / Wei Yang / Youxing Jiang / Jiangtao Guo / 要旨: two-pore channel AtTPC1 is a voltage-gated, Ca-modulated, nonselective cation channel that is localized in the vacuolar membrane and responsible for generating slow vacuolar (SV) current. Under ... two-pore channel AtTPC1 is a voltage-gated, Ca-modulated, nonselective cation channel that is localized in the vacuolar membrane and responsible for generating slow vacuolar (SV) current. Under depolarizing membrane potential, cytosolic Ca activates AtTPC1 by binding at the EF-hand domain, whereas luminal Ca inhibits the channel by stabilizing the voltage-sensing domain II (VSDII) in the resting state. Here, we present 2.8 to 3.3 Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of AtTPC1 in two conformations, one in closed conformation with unbound EF-hand domain and resting VSDII and the other in a partially open conformation with Ca-bound EF-hand domain and activated VSDII. Structural comparison between the two different conformations allows us to elucidate the structural mechanisms of voltage gating, cytosolic Ca activation, and their coupling in AtTPC1. This study also provides structural insight into the general voltage-gating mechanism among voltage-gated ion channels. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fhk.cif.gz | 288 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fhk.ent.gz | 223.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fhk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7fhk_validation.pdf.gz | 857.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7fhk_full_validation.pdf.gz | 871.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7fhk_validation.xml.gz | 38.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7fhk_validation.cif.gz | 58.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/7fhk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 114644.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The fusion protein of AtTPC1 (UNP residues 1-733), LINKER and GFP (UNP residues 2-239) 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ), (組換発現) Human respiratory syncytial virus (ウイルス) 遺伝子: TPC1, CCH1, FOU2, At4g03560, F9H3.19, T5L23.5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q94KI8, UniProt: A0A5P9VSM6 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1039.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | 配列の詳細 | Authors know the sequence of Chain B/D, but don't know how the coordinates align with the sequence. ...Authors know the sequence of Chain B/D, but don't know how the coordinates align with the sequence. The sequence is: CQGQDSQEKR | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: AtTPC1 homodimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 64 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1106424 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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