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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fgx | ||||||
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タイトル | Toxoplasma gondii dihydrofolate reductase thymidylate synthase (TgDHFR-TS) complexed with P39, NADPH and dUMP | ||||||
要素 | Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / dihydrofolate reductase (ジヒドロ葉酸レダクターゼ) / thymidylate synthase / antifolate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / ジヒドロ葉酸レダクターゼ / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / メチル化 / ミトコンドリア / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Vanichtanankul, J. / Yoomuang, A. / Taweechai, S. / Saeyang, T. / Yuvaniyama, J. / Tarnchompoo, B. / Yuthavong, Y. / Kamchonwongpaisan, S. | ||||||
資金援助 | タイ, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022 タイトル: Structural Insight into Effective Inhibitors' Binding to Toxoplasma gondii Dihydrofolate Reductase Thymidylate Synthase. 著者: Vanichtanankul, J. / Yoomuang, A. / Taweechai, S. / Saeyang, T. / Pengon, J. / Yuvaniyama, J. / Tarnchompoo, B. / Yuthavong, Y. / Kamchonwongpaisan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fgx.cif.gz | 595.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fgx.ent.gz | 389.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fgx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/7fgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/7fgx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68842.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q07422, ジヒドロ葉酸レダクターゼ, thymidylate synthase #2: 化合物 | ChemComp-NDP / #3: 化合物 | ChemComp-4RI / #4: 化合物 | ChemComp-UMP / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.77 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Lithium nitrate, 14% (w/v) PEG4000 and 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→30.065 Å / Num. obs: 170447 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.407 / Num. unique obs: 16489 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4EIL 解像度: 2.05→30.05 Å / SU ML: 0.2404 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.4972 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→30.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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