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- PDB-7fgd: A naturally-occurring neuraminidase-inhibitors-resistant NA from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fgd
タイトルA naturally-occurring neuraminidase-inhibitors-resistant NA from asiatic toad influenza B-like virus
要素toad NA (OSE)
キーワードVIRAL PROTEIN / neuraminidase
機能・相同性Chem-G39
機能・相同性情報
生物種unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chai, Y. / Wu, Y. / Gao, F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31872745 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structural and inhibitor sensitivity analysis of influenza B-like viral neuraminidases derived from Asiatic toad and spiny eel.
著者: Li, L. / Chai, Y. / Peng, W. / Li, D. / Sun, L. / Gao, G.F. / Qi, J. / Xiao, H. / Liu, W.J. / von Itzstein, M. / Gao, F.
履歴
登録2021年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: toad NA (OSE)
B: toad NA (OSE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8166
ポリマ－107,1682
非ポリマー6494
水11,944663
1
A: toad NA (OSE)
B: toad NA (OSE)
ヘテロ分子

A: toad NA (OSE)
B: toad NA (OSE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,63312
ポリマ－214,3354
非ポリマー1,2988
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area14880 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area45020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.991, 142.275, 120.556
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-868-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 80 - 466 / Label seq-ID: 103 - 489

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.000244111562515, -0.0075643481082, 0.999971360113), (-0.000186416839343, 0.999971372877, 0.00756430269694), (-0.999999952829, -0.000184564966635, -0.00024551469617) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.000244111562515, -0.0075643481082, 0.999971360113), (-0.000186416839343, 0.999971372877, 0.00756430269694), (-0.999999952829, -0.000184564966635, -0.00024551469617)
ベクター: 29.9612144405, -0.182301696911, 90.1622508608)

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要素

#1: タンパク質 toad NA (OSE)


分子量: 53583.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
#2: 化合物 ChemComp-G39 / (3R,4R,5S)-4-(acetylamino)-5-amino-3-(pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1-carboxylic acid / Oseltamivir carboxylate / オセルタミビルカルボキシラ-ト


分子量: 284.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H24N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 26% v/v polyethylene 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 60226 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5980 / CC1/2: 0.772 / Rpim(I) all: 0.389

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B9S

1b9s


解像度: 2.1→18.35 Å / SU ML: 0.241 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.2531
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 1995 3.41 %
Rwork0.204 56578 -
obs0.2054 58573 97.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→18.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5842 0 42 663 6547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00825986
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98758110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0575930
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00621046
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6729838
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.408508224935 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.30531200.26413373X-RAY DIFFRACTION81.54
2.15-2.210.30971320.26483757X-RAY DIFFRACTION91.68
2.21-2.280.2941390.25873943X-RAY DIFFRACTION95.6
2.28-2.350.30921400.25433964X-RAY DIFFRACTION97.16
2.35-2.430.31191440.25824086X-RAY DIFFRACTION98.97
2.43-2.530.2611450.2454119X-RAY DIFFRACTION99.46
2.53-2.640.28231450.23264104X-RAY DIFFRACTION99.39
2.64-2.780.28781440.22744101X-RAY DIFFRACTION99.11
2.78-2.960.24681460.21624111X-RAY DIFFRACTION99.7
2.96-3.180.26031460.20024155X-RAY DIFFRACTION99.56
3.18-3.50.24631470.18644140X-RAY DIFFRACTION99.74
3.5-4.010.18951480.16754204X-RAY DIFFRACTION99.91
4.01-5.030.1851480.15344186X-RAY DIFFRACTION99.59
5.03-18.350.24031510.19914335X-RAY DIFFRACTION99.53
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 78.5181247455 Å / Origin y: 20.1939961068 Å / Origin z: 22.7059816648 Å
111213212223313233
T0.160097914138 Å2-0.0173712873287 Å20.00828148343806 Å2-0.188239382511 Å2-0.00651408420583 Å2--0.210881445978 Å2
L0.321484901631 °20.0320032744074 °20.107208598992 °2-0.192950524127 °20.0016312796168 °2--0.751706179651 °2
S-0.00459659086165 Å °0.0255583361275 Å °0.0198380937213 Å °-0.0155346332272 Å °0.00854086167032 Å °-0.0510607362831 Å °-0.0259704058356 Å °0.17955411125 Å °-0.0017738489058 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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