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- PDB-7xvr: Structure of neuraminidase from influenza B-like viruses derived ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xvr
タイトルStructure of neuraminidase from influenza B-like viruses derived from spiny eel
要素Neuraminidase
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Wuhan spiny eel influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chai, Y. / Gao, F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31872745 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structural and inhibitor sensitivity analysis of influenza B-like viral neuraminidases derived from Asiatic toad and spiny eel.
著者: Li, L. / Chai, Y. / Peng, W. / Li, D. / Sun, L. / Gao, G.F. / Qi, J. / Xiao, H. / Liu, W.J. / von Itzstein, M. / Gao, F.
履歴
登録2022年5月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2256
ポリマ－87,7022
非ポリマー5234
水5,747319
1
A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,44912
ポリマ－175,4044
非ポリマー1,0458
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area15160 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area44290 Å2
手法PISA
2
B: Neuraminidase
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,44912
ポリマ－175,4044
非ポリマー1,0458
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area15080 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area44990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.513, 126.513, 111.173
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

HOH

21B-601-

HOH

31B-743-

HOH

41B-744-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
d_1ens_1
d_2ens_1

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.505372877498, -0.862900956325, 0.000440752284132), (-0.862900990769, 0.505372548476, -0.000683649468857), (0.000367177675389, -0.000725823481938, -0.99999966918) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.505372877498, -0.862900956325, 0.000440752284132), (-0.862900990769, 0.505372548476, -0.000683649468857), (0.000367177675389, -0.000725823481938, -0.99999966918)
ベクター: 63.2097901169, 63.1240080241, -87.7860767264)

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要素

#1: タンパク質 Neuraminidase


分子量: 43851.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Wuhan spiny eel influenza virus (インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA / プラスミド: pFastBac1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: A0A2P1GNP4, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 4.0 M Potassium formate, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 9.0, 2% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 35110 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 33.14 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rpim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 4 / CC1/2: 0.811 / Rpim(I) all: 0.384

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K36

3k36


解像度: 2.4→35.56 Å / SU ML: 0.2503 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.0753
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1973 1669 4.93 %
Rwork0.1547 32207 -
obs0.1569 33876 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5910 0 30 319 6259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00836084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9948275
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056937
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00781075
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.01542211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.470.22891350.18162556X-RAY DIFFRACTION94.65
2.47-2.550.24431150.17832664X-RAY DIFFRACTION97.92
2.55-2.640.26121120.182691X-RAY DIFFRACTION98.56
2.64-2.750.24781410.17552679X-RAY DIFFRACTION99.75
2.75-2.870.22461210.1832715X-RAY DIFFRACTION99.79
2.87-3.020.23291340.16162715X-RAY DIFFRACTION99.93
3.02-3.210.1941530.16112695X-RAY DIFFRACTION99.86
3.21-3.460.20461420.14812704X-RAY DIFFRACTION99.86
3.46-3.810.17541610.14622685X-RAY DIFFRACTION99.75
3.81-4.360.17981470.12132689X-RAY DIFFRACTION99.16
4.36-5.490.15551490.12662676X-RAY DIFFRACTION98.36
5.49-35.560.20411590.18082738X-RAY DIFFRACTION99.38
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.8605256714 Å / Origin y: 46.7461024726 Å / Origin z: -43.8890188106 Å
111213212223313233
T0.19819921168 Å20.00966464471915 Å20.00735617118903 Å2-0.213117214592 Å2-0.0088063992652 Å2--0.193130713356 Å2
L0.301921364991 °20.403304434284 °2-0.0835970578079 °2-0.568687737216 °2-0.144009082276 °2--0.0523251869962 °2
S0.00179574442212 Å °-0.00439327276226 Å °0.0309582618339 Å °0.0208549983758 Å °-0.00541910670152 Å °0.0507619980497 Å °-0.00658453839384 Å °0.00236236120029 Å °0.00536307003913 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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